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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12319 | |||||||||
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タイトル | Nematocida Huwe1 in open conformation | |||||||||
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![]() | Huwe1 / Nematocida / E3 Ligase / HECT / LIGASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() HECT-type E3 ubiquitin transferase / Golgi organization / base-excision repair / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / membrane fusion / Golgi membrane / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.37 Å | |||||||||
![]() | Petrova O / Grishkovskaya I | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of HUWE1: One ring to ubiquitinate them all 著者: Grabarrczyk DB / Petrova OA / Haselbach D / Kessler D / Clausen T | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 228 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 108.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 194.6 MB 194.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12319_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12319_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Huwe1
全体 | 名称: Huwe1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Huwe1
超分子 | 名称: Huwe1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 287 KDa |
-分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
分子 | 名称: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 287.751281 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKIERPMERR FSQPGKQISN TIKQLSNLPE EELPTYLNNI YEWRCAKTDL LYWVDVLDRF DEILKAVVTE YGLGQFQNKP MKESDKEMV YAILKFQKLL VENSSNKSMF SSFDVVEPFI YSFELDLAIE ALYLVSFFAS KIHIQRSIKT SMALMKMETL K TLIERVKE ...文字列: MKIERPMERR FSQPGKQISN TIKQLSNLPE EELPTYLNNI YEWRCAKTDL LYWVDVLDRF DEILKAVVTE YGLGQFQNKP MKESDKEMV YAILKFQKLL VENSSNKSMF SSFDVVEPFI YSFELDLAIE ALYLVSFFAS KIHIQRSIKT SMALMKMETL K TLIERVKE KPQSMYTYYD ETTNNCKRVS IKKAVKKGIY SISDKMLPSQ EIRRFIHAIR LHEMAEQHEK LKIIRMLAFS AL VYYNYTD LPIDSEFISR DLPETLAIIN TESYQMREAA VTMIDAIFRM RIRHSAVIAA MNAQSHEGMI MNLLKKVVNE DVP EHFAIV FFNFLSSCFA SGPCVSALFS AGIVQYVCNT LRDQPDISYR KRMRLVMGAN TFLFTLPAPF TWFISENGIR ILSK ELLLA VDVALGNIKD HDLLMYINSI MKIISQLFKN AGTAEAMRGF LEGEFPRAIS LILFHSEEFT PSILAYLFSA VGDYI HNEP SNLPFIIEAG IFDGFVMCMK KELPESPDFL LELPNLIEAF FLNSELIKKI DEENILDRIF ESFEIVNLSN IILMYD IGR AYGIFLENLV RHYPIISLTV KEKIYNTMKN LESMIPNTDP ELMRLLLGNL FRMMHRAVYR KTTNNQLITD KGLLNNR II SMLMLIEIPT ETELYTDVMN ILMEVFDEDQ TYVISYIAKV IDRVMKNKVT LENIEKIKRI LLIVNYLIFK NEETCEEF I KHCTSKGFLQ IVKRISQYFD NLKKDTALVS VAKNESLTNL YYSFTMGILK TVYRYSKTNA KEYLKIFGLL VEDLLSKTE QIDHLYYTQR MHGLKNYIMV DKSPQQYPQK NEFVVTQEYL MGINLSETLM EHAKNSVSML KDEKITMDAH KKVVSSILEV LSIYVRGIK NLFVPVKEPK KKVCEIEEHV LIIVELLMDY IDKSSIEHLL NIVKTAFFVT LRKQITKEMD RENEGSAEYK R RNILGSFF ISVFLNLPKE ETEAVLKSDI FTILVKNKKT FKQVYNKNCF GLLQYAAIKE SRVFSHLVSF IPKMTKQVGA ST DPAFLKL YAVGLVFVAM RDTLKKTTVL SRFIGNIVFA ESTCPAVVEA QGIVILAIVK LKIEYNLAIT IEDPIIHLNR IYA IVETAE QKEGLVILAN LLIRRVIESK EAAKEAVDTI IKNKHLGKSR MYTVHTVCSN LRNALFYSIS SFLEYLSSNF ECIS AGWEE IRHKLPDESA NPTESGQISE AVLETLSDGL FTKQIKIYSG LNAELFRTLF VHRATGKMEQ IVRIHSLCLL VVSFP QLIS TLVPEDYSFF MYFLENHAAY SKSLKPSAFQ QEDKTLAYWS GHFIMLIFNH TTYVEVKKYI LEKVLELLPT SINATV IFS ELIQEILTMR FSKNTFDENT ALVKEMNCLE VMIRSTMQID NRRKDYGSIM EILTKPMEYI TRILAVDEKE AFYEEVT QS EEEVYFEDID EGYMEDFDTD ETMDSDQVVY DDTEENSQEV GELCSEDSLT VYTAESNNYG EYLMSDEESS SEEEGMDE E QSSSEQSEKN EFLKSLCILP ISKLIGKEME IFNADERMPF VQKILEGSII SNLQEKEPSS TDEETFDSEE GSYRRHQYL MRREEENDDE ELNDYAIDPT DPDAHLDDEG PEEIDEGVDE YDDESQYDYD GNGSDDEEYD DEESFATGEE IAIGDENGEI PELDVEVLN NLPSSILEDT VENFYQDRIS SSTEYRAISL HFLNRLREEV RSVFEEHEAR YMETFAGEIV PRREEKKKKP Q EMPFIAER EAAASVPIDI VFGLIHMVLQ CGNRRNLYRI IHNISANKEV RIFSVETLVN SIYQAVVEGA SSSAGAGSST VN ASAGSSG NNEVIAPEVI TKRGFEALTY LCTKSSDFTT VFSYNTELIN KILQATNKRT ISESVKLLST VGDCFNNDKV AEP ENIEVR KYIGFLEYDM TDDTFKHFCE FIKKTDRFYR PMYLLYLMGG SKKSLEECLD KKAEFNSHTH HKGIIKLVRM LSLV NIMGI TETYLDSLME LREMPFWEYY FNIILPKEKE SLYASSILPL FKAFVIVHTI QMYIGRNENI NEFSEIPNSD SSIYY SVVE KEKDLINTFI QADPDLLFHA FAGLQKKILD FDNKRIYFYK KIREDVQLRP TISLMVQRGA VFEDTFHQLM RLNGEQ VRN AKFNIKFAGE EGVDAGGLTR EWYSELSKEM FNANYALFTP IGSSYQPNHI SHINPEHLVY FKFIGRIIGK AVYDEMT VD CHFTRAFYKR VLSIPVDLTD VEALDPEFHR SLVWILENDI ENVLDMTFSI EQDRFGITEI IDLKENGRNI AVTNENKR E YVELVCRFKL VRVIERQLSA FAEGFFEILD VDMLKMFNEK ELELLISGLP EIDVDDWRNN TIYFGYTSDS QVIRWYWRA VRNFSMEERA KLLQFATGTS KLPLEGFAGL RCQNGNQKFQ IHKASGGSSR LPTAHTCFNQ LDLPEYDSYE QLVKALLFSL EECTSGFGF A UniProtKB: HECT-type E3 ubiquitin transferase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |