+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12274 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | EM structure of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-40 Fab | |||||||||
![]() | contour level 0.333 for better ordered regions | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | SARS-CoV-2 / antibody / germline / V-gene / receptor-binding-domain / spike / neutralisation / protection / glycosylation / valency / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
![]() | Duyvesteyn HME / Zhao Y / Ren J / Stuart D | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The antigenic anatomy of SARS-CoV-2 receptor binding domain. 著者: Wanwisa Dejnirattisai / Daming Zhou / Helen M Ginn / Helen M E Duyvesteyn / Piyada Supasa / James Brett Case / Yuguang Zhao / Thomas S Walter / Alexander J Mentzer / Chang Liu / Beibei Wang / ...著者: Wanwisa Dejnirattisai / Daming Zhou / Helen M Ginn / Helen M E Duyvesteyn / Piyada Supasa / James Brett Case / Yuguang Zhao / Thomas S Walter / Alexander J Mentzer / Chang Liu / Beibei Wang / Guido C Paesen / Jose Slon-Campos / César López-Camacho / Natasha M Kafai / Adam L Bailey / Rita E Chen / Baoling Ying / Craig Thompson / Jai Bolton / Alex Fyfe / Sunetra Gupta / Tiong Kit Tan / Javier Gilbert-Jaramillo / William James / Michael Knight / Miles W Carroll / Donal Skelly / Christina Dold / Yanchun Peng / Robert Levin / Tao Dong / Andrew J Pollard / Julian C Knight / Paul Klenerman / Nigel Temperton / David R Hall / Mark A Williams / Neil G Paterson / Felicity K R Bertram / C Alistair Siebert / Daniel K Clare / Andrew Howe / Julika Radecke / Yun Song / Alain R Townsend / Kuan-Ying A Huang / Elizabeth E Fry / Juthathip Mongkolsapaya / Michael S Diamond / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Antibodies are crucial to immune protection against SARS-CoV-2, with some in emergency use as therapeutics. Here, we identify 377 human monoclonal antibodies (mAbs) recognizing the virus spike and ...Antibodies are crucial to immune protection against SARS-CoV-2, with some in emergency use as therapeutics. Here, we identify 377 human monoclonal antibodies (mAbs) recognizing the virus spike and focus mainly on 80 that bind the receptor binding domain (RBD). We devise a competition data-driven method to map RBD binding sites. We find that although antibody binding sites are widely dispersed, neutralizing antibody binding is focused, with nearly all highly inhibitory mAbs (IC < 0.1 μg/mL) blocking receptor interaction, except for one that binds a unique epitope in the N-terminal domain. Many of these neutralizing mAbs use public V-genes and are close to germline. We dissect the structural basis of recognition for this large panel of antibodies through X-ray crystallography and cryoelectron microscopy of 19 Fab-antigen structures. We find novel binding modes for some potently inhibitory antibodies and demonstrate that strongly neutralizing mAbs protect, prophylactically or therapeutically, in animal models. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 13 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 277.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 342.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 342.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7nd3MC ![]() 7behC ![]() 7beiC ![]() 7bejC ![]() 7bekC ![]() 7belC ![]() 7bemC ![]() 7benC ![]() 7beoC ![]() 7bepC ![]() 7nd4C ![]() 7nd5C ![]() 7nd6C ![]() 7nd7C ![]() 7nd8C ![]() 7nd9C ![]() 7ndaC ![]() 7ndbC ![]() 7ndcC ![]() 7nddC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | contour level 0.333 for better ordered regions | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : Complex of SARS-COV-2 spike glycoprotein with COVOX-40 Fab
全体 | 名称: Complex of SARS-COV-2 spike glycoprotein with COVOX-40 Fab |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Complex of SARS-COV-2 spike glycoprotein with COVOX-40 Fab
超分子 | 名称: Complex of SARS-COV-2 spike glycoprotein with COVOX-40 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
分子量 | 理論値: 488 KDa |
-超分子 #2: SARS-COV-2 spike glycoprotein
超分子 | 名称: SARS-COV-2 spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: COVOX-40 Fab
超分子 | 名称: COVOX-40 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 142.399375 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHGSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSA WSHP QFEK UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: COVOX-40 heavy chain
分子 | 名称: COVOX-40 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.254402 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ILFLVATATG VHSQVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAVSGF TVSRNYMSWV RQAPGKGLEW VSLIYSGGST FYADSVKGRF TISRDNSKN TLYLQMNSLR AEDTAVYYCA RDLFHRSGYH DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列: ILFLVATATG VHSQVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAVSGF TVSRNYMSWV RQAPGKGLEW VSLIYSGGST FYADSVKGRF TISRDNSKN TLYLQMNSLR AEDTAVYYCA RDLFHRSGYH DYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDK |
-分子 #3: COVOX-40 light chain
分子 | 名称: COVOX-40 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.615336 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ILFLVATATG VHSVIWMTQS PSSLSASVGD RVTITCQASQ DINNYLNWYQ QKPGKAPKLL IFDASNLETG VPSRFSGSGS GTDFTFTIS SLQPEDIATY YCQQYDNLPA FGGGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ W KVDNALQS ...文字列: ILFLVATATG VHSVIWMTQS PSSLSASVGD RVTITCQASQ DINNYLNWYQ QKPGKAPKLL IFDASNLETG VPSRFSGSGS GTDFTFTIS SLQPEDIATY YCQQYDNLPA FGGGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ W KVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 27 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9622 / 平均電子線量: 43.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-7nd3: |