+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12228 | |||||||||
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タイトル | Red alga C.merolae Photosystem I | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plastid / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...thylakoid membrane / photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plastid / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cyanidioschyzon merolae strain 10D (真核生物) / Red alga (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Nelson N / Klaiman D / Hippler M | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Red alga C.merolae Photosystem I 著者: Nelson N / Klaiman D / Hippler M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12228.map.gz | 96.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12228-v30.xml emd-12228.xml | 34.8 KB 34.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12228_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12228.png | 253.4 KB | ||
その他 | emd_12228_half_map_1.map.gz emd_12228_half_map_2.map.gz | 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12228 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12228 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12228_validation.pdf.gz | 542.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12228_full_validation.pdf.gz | 542.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12228_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12228_validation.cif.gz | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12228 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12228 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12228.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.052 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12228_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12228_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Photosystem I
+超分子 #1: Photosystem I
+分子 #1: Similar to light harvesting protein
+分子 #2: Similar to chlorophyll a/b-binding protein, CP24
+分子 #3: Lhcr3
+分子 #4: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #6: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #7: Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A2
+分子 #8: Photosystem I iron-sulfur center subunit VII
+分子 #9: PSI-F
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #11: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #12: PSI-K
+分子 #13: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #14: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #15: PsaO
+分子 #16: CHLOROPHYLL A
+分子 #17: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...
+分子 #18: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
+分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #20: ERGOSTEROL
+分子 #21: BETA-CAROTENE
+分子 #22: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
+分子 #23: DIACYL GLYCEROL
+分子 #24: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
+分子 #25: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
+分子 #26: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #27: PHYLLOQUINONE
+分子 #28: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #29: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
+分子 #30: Phosphatidylinositol
+分子 #31: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #32: CALCIUM ION
+分子 #33: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 7220 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7blz: |