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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12218 | ||||||||||||
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タイトル | pre-50S-ObgE particle | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 23S rRNA pseudouridine1911/1915/1917 synthase / 23S rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / guanyl ribonucleotide binding / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / dormancy process / negative regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding ...23S rRNA pseudouridine1911/1915/1917 synthase / 23S rRNA pseudouridine(1911/1915/1917) synthase activity / rRNA pseudouridine synthase activity / guanyl ribonucleotide binding / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / dormancy process / negative regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / chromosome segregation / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / GDP binding / large ribosomal subunit / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hilal T / Nikolay R / Spahn CMT / Schmidt S | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Snapshots of native pre-50S ribosomes reveal a biogenesis factor network and evolutionary specialization. 著者: Rainer Nikolay / Tarek Hilal / Sabine Schmidt / Bo Qin / David Schwefel / Carlos H Vieira-Vieira / Thorsten Mielke / Jörg Bürger / Justus Loerke / Kazuaki Amikura / Timo Flügel / Takuya ...著者: Rainer Nikolay / Tarek Hilal / Sabine Schmidt / Bo Qin / David Schwefel / Carlos H Vieira-Vieira / Thorsten Mielke / Jörg Bürger / Justus Loerke / Kazuaki Amikura / Timo Flügel / Takuya Ueda / Matthias Selbach / Elke Deuerling / Christian M T Spahn / 要旨: Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process that culminates in the formation of ribosomal subunits, whose production and modification are regulated by numerous biogenesis factors. ...Ribosome biogenesis is a fundamental multi-step cellular process that culminates in the formation of ribosomal subunits, whose production and modification are regulated by numerous biogenesis factors. In this study, we analyze physiologic prokaryotic ribosome biogenesis by isolating bona fide pre-50S subunits from an Escherichia coli strain with the biogenesis factor ObgE, affinity tagged at its native gene locus. Our integrative structural approach reveals a network of interacting biogenesis factors consisting of YjgA, RluD, RsfS, and ObgE on the immature pre-50S subunit. In addition, our study provides mechanistic insight into how the GTPase ObgE, in concert with other biogenesis factors, facilitates the maturation of the 50S functional core and reveals both conserved and divergent evolutionary features of ribosome biogenesis between prokaryotes and eukaryotes. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12218.map.gz | 69.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12218-v30.xml emd-12218.xml | 47.7 KB 47.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12218_fsc.xml | 9.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12218.png | 150.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12218 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12218 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12218_validation.pdf.gz | 353.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12218_full_validation.pdf.gz | 353.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12218_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12218 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12218 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Assembly intermediate complex 3
+超分子 #1: Assembly intermediate complex 3
+分子 #1: 50S ribosomal protein L2
+分子 #2: 50S ribosomal protein L3
+分子 #3: 50S ribosomal protein L4
+分子 #4: 50S ribosomal protein L6
+分子 #5: 50S ribosomal protein L13
+分子 #6: 50S ribosomal protein L15
+分子 #7: 50S ribosomal protein L17
+分子 #8: 50S ribosomal protein L18
+分子 #9: 50S ribosomal protein L20
+分子 #10: 50S ribosomal protein L21
+分子 #11: 50S ribosomal protein L22
+分子 #12: 50S ribosomal protein L23
+分子 #13: 50S ribosomal protein L24
+分子 #14: 50S ribosomal protein L25
+分子 #15: 50S ribosomal protein L27
+分子 #16: 50S ribosomal protein L28
+分子 #17: 50S ribosomal protein L29
+分子 #18: 50S ribosomal protein L30
+分子 #19: 50S ribosomal protein L32
+分子 #20: 50S ribosomal protein L33
+分子 #21: 50S ribosomal protein L34
+分子 #23: 50S ribosomal protein L11
+分子 #24: 50S ribosomal protein L14
+分子 #25: 50S ribosomal protein L19
+分子 #26: Ribosomal silencing factor RsfS
+分子 #27: Ribosomal large subunit pseudouridine synthase D
+分子 #28: UPF0307 protein YjgA
+分子 #29: GTPase ObgE/CgtA
+分子 #30: 50S ribosomal protein L16
+分子 #32: 50S ribosomal protein L9
+分子 #33: 50S ribosomal protein L10
+分子 #34: 50S ribosomal protein L5
+分子 #35: 50S ribosomal protein L31
+分子 #22: 5S ribosomal RNA
+分子 #31: 23S ribosomal RNA
+分子 #36: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #37: MAGNESIUM ION
+分子 #38: ZINC ION
+分子 #39: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 8468 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 36000 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |