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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12035 | |||||||||
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タイトル | E. coli 70S containing suppressor tRNA in the A-site stabilized by a Negamycin analogue and P-site tRNA-nascent chain. | |||||||||
マップデータ | Post Process map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cryo-EM / 70S / P-site tRNA / E-site tRNA / Erythromycin / N6-(3aminopropyl)-negamycin / Antibiotics / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Albers S / Beckert B | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Harnessing evolutionarily flexibility in tRNAs to maximize nonsense suppression activities 著者: Albers S / Beckert B / Wilson ND / Ignatova Z | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12035.map.gz | 31.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12035-v30.xml emd-12035.xml | 89.3 KB 89.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12035_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12035.png | 278.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12035.cif.gz | 14.4 KB | ||
その他 | emd_12035_additional_1.map.gz emd_12035_additional_2.map.gz emd_12035_additional_3.map.gz emd_12035_additional_4.map.gz emd_12035_half_map_1.map.gz emd_12035_half_map_2.map.gz | 32.1 MB 32 MB 31.9 MB 139.7 MB 140.3 MB 140.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12035 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12035 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12035_validation.pdf.gz | 1005.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12035_full_validation.pdf.gz | 1005.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12035_validation.xml.gz | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12035_validation.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12035 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12035 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12035.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post Process map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Multi body LSU
ファイル | emd_12035_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi body LSU | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multi body SSU-body
ファイル | emd_12035_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi body SSU-body | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Multi body SSU-head
ファイル | emd_12035_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Multi body SSU-head | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: relion final 3D refine
ファイル | emd_12035_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | relion final 3D refine | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_12035_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_12035_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 70S ribosome with A,P,E-site tRNA
+超分子 #1: 70S ribosome with A,P,E-site tRNA
+超分子 #2: 70S ribosome with A,P,E-site tRNA
+超分子 #3: mRNA
+分子 #1: 23S rRNA
+分子 #2: 5S rRNA
+分子 #32: 16S rRNA
+分子 #54: P-site Isoleucine tRNA (77-MER)
+分子 #55: atRNA synthetic Stop tRNA (76-MER)
+分子 #56: E-site val tRNA (76-MER)
+分子 #57: mRNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L3
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L5
+分子 #7: 50S ribosomal protein L6
+分子 #8: 50S ribosomal protein L9
+分子 #9: 50S ribosomal protein L13
+分子 #10: 50S ribosomal protein L14
+分子 #11: 50S ribosomal protein L15
+分子 #12: 50S ribosomal protein L16
+分子 #13: 50S ribosomal protein L17
+分子 #14: 50S ribosomal protein L18
+分子 #15: 50S ribosomal protein L19
+分子 #16: 50S ribosomal protein L20
+分子 #17: 50S ribosomal protein L21
+分子 #18: 50S ribosomal protein L22
+分子 #19: 50S ribosomal protein L23
+分子 #20: 50S ribosomal protein L24
+分子 #21: 50S ribosomal protein L25
+分子 #22: 50S ribosomal protein L27
+分子 #23: 50S ribosomal protein L28
+分子 #24: 50S ribosomal protein L29
+分子 #25: 50S ribosomal protein L30
+分子 #26: 50S ribosomal protein L32
+分子 #27: 50S ribosomal protein L33
+分子 #28: 50S ribosomal protein L34
+分子 #29: 50S ribosomal protein L35
+分子 #30: 50S ribosomal protein L36
+分子 #31: 50S ribosomal protein L31
+分子 #33: 30S ribosomal protein S2
+分子 #34: 30S ribosomal protein S3
+分子 #35: 30S ribosomal protein S4
+分子 #36: 30S ribosomal protein S5
+分子 #37: 30S ribosomal protein S6
+分子 #38: 30S ribosomal protein S7
+分子 #39: 30S ribosomal protein S8
+分子 #40: 30S ribosomal protein S9
+分子 #41: 30S ribosomal protein S10
+分子 #42: 30S ribosomal protein S11
+分子 #43: 30S ribosomal protein S12
+分子 #44: 30S ribosomal protein S13
+分子 #45: 30S ribosomal protein S14
+分子 #46: 30S ribosomal protein S15
+分子 #47: 30S ribosomal protein S16
+分子 #48: 30S ribosomal protein S17
+分子 #49: 30S ribosomal protein S18
+分子 #50: 30S ribosomal protein S19
+分子 #51: 30S ribosomal protein S20
+分子 #52: 30S ribosomal protein S21
+分子 #53: ermC Nacent chain
+分子 #58: MAGNESIUM ION
+分子 #59: ERYTHROMYCIN A
+分子 #60: 2-[[[(3~{R},5~{R})-3-azanyl-6-(3-azanylpropylamino)-5-oxidanyl-he...
+分子 #61: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 600 / 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7b5k: |