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万見
- EMDB-12028: Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12028
タイトルStructure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor
マップデータThe complex of echovirus 18 virion with heterodimer of neonatal Fc receptor (FcRn) and beta-2-microglobulin
試料
  • 複合体: Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor
    • 複合体: Echovirus 18 native virion
      • タンパク質・ペプチド: Echovirus 18 viral protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Echovirus 18 viral protein 4
      • タンパク質・ペプチド: Echovirus 18 viral protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Echovirus 18 viral protein 2
    • 複合体: Heterodimer of neonatal Fc Receptor and beta-2-microglobulin
      • タンパク質・ペプチド: IgG receptor FcRn large subunit p51
      • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: GUANINE
キーワードcomplex / echovirus 18 virion / neonatal fc receptor / fcrn / beta-2-microglobulin / microglobulin / pocket factor / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / beta-2-microglobulin binding / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / beta-2-microglobulin binding / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / cytoplasmic vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / endocytosis involved in viral entry into host cell / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / nucleoside-triphosphate phosphatase / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / protein complex oligomerization / late endosome membrane / monoatomic ion channel activity / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / DNA replication / amyloid fibril formation / RNA helicase activity / learning or memory / endosome membrane / induction by virus of host autophagy / immune response / Amyloid fiber formation / RNA-directed RNA polymerase / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / viral RNA genome replication / Golgi membrane / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / focal adhesion / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Viral coat protein subunit / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
IgG receptor FcRn large subunit p51 / Beta-2-microglobulin / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Echovirus E18 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Buchta D / Levdansky Y
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech RepublicGX19-25982X チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor
著者: Buchta D / Levdansky Y / Fuzik T / Mukhamedova L / Moravcova J / Hrebik D / Andersen JT / Plevka P
履歴
登録2020年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年1月12日-
マップ公開2022年1月12日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b5f
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7b5f
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12028.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12028.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The complex of echovirus 18 virion with heterodimer of neonatal Fc receptor (FcRn) and beta-2-microglobulin
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.027 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.123589724 - 0.22674704
平均 (標準偏差)0.0023330182 (±0.014662678)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-220-220-220
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 466.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z466.840466.840466.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-220-220-220
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.1240.2270.002

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添付データ

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ハーフマップ: The complex of echovirus 18 virion with heterodimer...

ファイルemd_12028_half_map_1.map
注釈The complex of echovirus 18 virion with heterodimer of neonatal Fc receptor (FcRn) and beta-2-microglobulin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The complex of echovirus 18 virion with heterodimer...

ファイルemd_12028_half_map_2.map
注釈The complex of echovirus 18 virion with heterodimer of neonatal Fc receptor (FcRn) and beta-2-microglobulin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor

全体名称: Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor
要素
  • 複合体: Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor
    • 複合体: Echovirus 18 native virion
      • タンパク質・ペプチド: Echovirus 18 viral protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Echovirus 18 viral protein 4
      • タンパク質・ペプチド: Echovirus 18 viral protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Echovirus 18 viral protein 2
    • 複合体: Heterodimer of neonatal Fc Receptor and beta-2-microglobulin
      • タンパク質・ペプチド: IgG receptor FcRn large subunit p51
      • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: GUANINE

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超分子 #1: Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor

超分子名称: Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
分子量理論値: 2.49 MDa

+
超分子 #2: Echovirus 18 native virion

超分子名称: Echovirus 18 native virion / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Echovirus E18 (ウイルス)

+
超分子 #3: Heterodimer of neonatal Fc Receptor and beta-2-microglobulin

超分子名称: Heterodimer of neonatal Fc Receptor and beta-2-microglobulin
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Echovirus 18 viral protein 3

分子名称: Echovirus 18 viral protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Echovirus E18 (ウイルス) / 組織: Kidney
分子量理論値: 26.143783 KDa
配列文字列: GVPVLNTPGS NQFLTSDDYQ SPSAMPQFDE TPEMHIPGEV RNLMEIAEVD SVVPVNNVTG KTKSMDAYQI PVGTGNTDKT KPIFSFQMD PGYSSVLKRT LLGEMLNYYA HWSGSVKLTF LFCGSAMATG KLLISYSPPG ASVPTSRKDA MLGTHIVWDI G LQSSCVLC ...文字列:
GVPVLNTPGS NQFLTSDDYQ SPSAMPQFDE TPEMHIPGEV RNLMEIAEVD SVVPVNNVTG KTKSMDAYQI PVGTGNTDKT KPIFSFQMD PGYSSVLKRT LLGEMLNYYA HWSGSVKLTF LFCGSAMATG KLLISYSPPG ASVPTSRKDA MLGTHIVWDI G LQSSCVLC VPWISQSHYR MVQQDPYTSA GYITCWYQTN IVVPPGAPTS CDVLCFASAC NDFSVRLLRD TPFMAQPGKL Q

UniProtKB: Genome polyprotein

+
分子 #2: Echovirus 18 viral protein 4

分子名称: Echovirus 18 viral protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Echovirus E18 (ウイルス) / 器官: Kidney
分子量理論値: 7.475322 KDa
配列文字列:
MGAQVSTQKT GAHETSLSAK GNSIIHYTNI NFYKDAASSA SNRQDIQQDP GKFTDPVKDL MIKTLPALN

UniProtKB: Genome polyprotein

+
分子 #3: Echovirus 18 viral protein 1

分子名称: Echovirus 18 viral protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Echovirus E18 (ウイルス) / 組織: Kidney
分子量理論値: 32.564445 KDa
配列文字列: GDNQDRTVAN TQPSGPSNST EIPALTAVET GHTSQVDPSD TIQTRHVVNF HSRSESTIEN FMGRAACVFM DQYKINGEET STDRFAVWT INIREMAQLR RKCEMFTYMR FDIEMTMVIT SCQDQGTILD QDMPVLTHQI MYVPPGGPIP AKVDGYEWQT S TNPSVFWT ...文字列:
GDNQDRTVAN TQPSGPSNST EIPALTAVET GHTSQVDPSD TIQTRHVVNF HSRSESTIEN FMGRAACVFM DQYKINGEET STDRFAVWT INIREMAQLR RKCEMFTYMR FDIEMTMVIT SCQDQGTILD QDMPVLTHQI MYVPPGGPIP AKVDGYEWQT S TNPSVFWT EGNAPPRISI PFISVGNAYS SFYDGWSHFT QDGTYGYTTL NAMGKLYIRH VNRSSPHQIT STIRVYFKPK HI KAWVPRP PRLCPYINKR DVNFVVTEIT DSRTSITDTP HPEHSVLATH

UniProtKB: Genome polyprotein

+
分子 #4: Echovirus 18 viral protein 2

分子名称: Echovirus 18 viral protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Echovirus E18 (ウイルス) / 組織: Kidney
分子量理論値: 28.802328 KDa
配列文字列: SPSAEECGYS DRVRSMTLGN STITTQESAN VVVGYGEWPS YLSDREATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVQ WEKTSPGWWW KFPEALKNM GLFGQNMHYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCADTDT TFPATELTTE DTPHVFTSDS I TGKKVQAA ...文字列:
SPSAEECGYS DRVRSMTLGN STITTQESAN VVVGYGEWPS YLSDREATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVQ WEKTSPGWWW KFPEALKNM GLFGQNMHYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCADTDT TFPATELTTE DTPHVFTSDS I TGKKVQAA VCNAGMGVGV GNLTIFPHQW INLRTNNSAT IVIPYINSVP MDNMFRHYNF TLMIIPFAPL NFTDGATAYV PI TVTIAPM YAEYNGLRLA STQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: IgG receptor FcRn large subunit p51

分子名称: IgG receptor FcRn large subunit p51 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.720383 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: AESHLSLLYH LTAVSSPAPG TPAFWVSGWL GPQQYLSYNS LRGEAEPCGA WVWENQVSWY WEKETTDLRI KEKLFLEAFK ALGGKGPYT LQGLLGCELG PDNTSVPTAK FALNGEEFMN FDLKQGTWGG DWPEALAISQ RWQQQDKAAN KELTFLLFSC P HRLREHLE ...文字列:
AESHLSLLYH LTAVSSPAPG TPAFWVSGWL GPQQYLSYNS LRGEAEPCGA WVWENQVSWY WEKETTDLRI KEKLFLEAFK ALGGKGPYT LQGLLGCELG PDNTSVPTAK FALNGEEFMN FDLKQGTWGG DWPEALAISQ RWQQQDKAAN KELTFLLFSC P HRLREHLE RGRGNLEWKE PPSMRLKARP SSPGFSVLTC SAFSFYPPEL QLRFLRNGLA AGTGQGDFGP NSDGSFHASS SL TVKSGDE HHYCCIVQHA GLAQPLRVEL

UniProtKB: IgG receptor FcRn large subunit p51

+
分子 #6: Beta-2-microglobulin

分子名称: Beta-2-microglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.74816 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列:
IQRTPKIQVY SRHPAENGKS NFLNCYVSGF HPSDIEVDLL KNGERIEKVE HSDLSFSKDW SFYLLYYTEF TPTEKDEYAC RVNHVTLSQ PKIVKWDRDM

UniProtKB: Beta-2-microglobulin

+
分子 #7: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #8: GUANINE

分子名称: GUANINE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: GUN
分子量理論値: 151.126 Da
Chemical component information

ChemComp-GUN:
GUANINE / グアニン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.00 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol
118.5 mMNaClsodium chloride
1.35 mMKClpotassium chloride
4.0 mMNa2HPO4Disodium phosphate
1.0 mMKH2PO4Monopotassium phosphate

詳細: Mixed in 1:1 volume ratio {20 mM Tris (pH=7.2), 100 mM NaCl} and {8 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4 (pH=7.4), 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl}=PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 4531 / 平均露光時間: 1.27 sec. / 平均電子線量: 54.48 e/Å2 / 詳細: Images were collected in movie-mode at 50 frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 125031
初期モデル#0 - モデルのタイプ: EMDB MAP
#0 - EMDB ID:

0183


#0 - 詳細: Echovirus 18 empty particle / #1 - モデルのタイプ: PDB ENTRY
#1 - PDBモデル - PDB ID:

1exu


#2 - モデルのタイプ: PDB ENTRY
#2 - PDBモデル - PDB ID:

6hbg

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 13062
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化当てはまり具合の基準: R-factors
得られたモデル

PDB-7b5f:
Structure of echovirus 18 in complex with neonatal Fc receptor

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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