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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11781 | |||||||||
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タイトル | Substrate-engaged type 3 secretion system needle complex from Salmonella enterica typhimurium - SpaR state 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | T3SS / Export Apparatus / Injectisome / Needle Complex / PROTEIN TRANSPORT / Substrate | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 The IPAF inflammasome / type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / protein transport / cell surface / extracellular region ...The IPAF inflammasome / type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / protein transport / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Marlovits T | |||||||||
資金援助 | オーストリア, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Substrate-engaged type III secretion system structures reveal gating mechanism for unfolded protein translocation. 著者: Sean Miletic / Dirk Fahrenkamp / Nikolaus Goessweiner-Mohr / Jiri Wald / Maurice Pantel / Oliver Vesper / Vadim Kotov / Thomas C Marlovits / 要旨: Many bacterial pathogens rely on virulent type III secretion systems (T3SSs) or injectisomes to translocate effector proteins in order to establish infection. The central component of the injectisome ...Many bacterial pathogens rely on virulent type III secretion systems (T3SSs) or injectisomes to translocate effector proteins in order to establish infection. The central component of the injectisome is the needle complex which assembles a continuous conduit crossing the bacterial envelope and the host cell membrane to mediate effector protein translocation. However, the molecular principles underlying type III secretion remain elusive. Here, we report a structure of an active Salmonella enterica serovar Typhimurium needle complex engaged with the effector protein SptP in two functional states, revealing the complete 800Å-long secretion conduit and unraveling the critical role of the export apparatus (EA) subcomplex in type III secretion. Unfolded substrates enter the EA through a hydrophilic constriction formed by SpaQ proteins, which enables side chain-independent substrate transport. Above, a methionine gasket formed by SpaP proteins functions as a gate that dilates to accommodate substrates while preventing leaky pore formation. Following gate penetration, a moveable SpaR loop first folds up to then support substrate transport. Together, these findings establish the molecular basis for substrate translocation through T3SSs and improve our understanding of bacterial pathogenicity and motility. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11781.map.gz | 744.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11781-v30.xml emd-11781.xml | 28 KB 28 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11781_fsc.xml | 21.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11781.png | 27.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-11781.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_11781_additional_1.map.gz emd_11781_additional_2.map.gz emd_11781_half_map_1.map.gz emd_11781_half_map_2.map.gz | 662.9 MB 749 MB 665.8 MB 665.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11781 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11781 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11781_validation.pdf.gz | 164.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11781_full_validation.pdf.gz | 164.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11781_validation.xml.gz | 498 B | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11781_validation.cif.gz | 373 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11781 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11781 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: postprocess Bfactor -30
ファイル | emd_11781_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | postprocess Bfactor -30 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: postprocess Bfactor -60
ファイル | emd_11781_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | postprocess Bfactor -60 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11781_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Refine3D
ファイル | emd_11781_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Refine3D | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Substrate-engaged T3SS needle complex
+超分子 #1: Substrate-engaged T3SS needle complex
+分子 #1: Surface presentation of antigens protein SpaP
+分子 #2: Surface presentation of antigens protein SpaR
+分子 #3: Surface presentation of antigens protein SpaQ
+分子 #4: Protein PrgJ
+分子 #5: SptP3x-GFP-FLAG
+分子 #6: Protein PrgI
+分子 #7: Type 3 secretion system secretin
+分子 #8: Lipoprotein PrgK
+分子 #9: Protein PrgH
+分子 #10: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
+分子 #11: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |