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- EMDB-11696: Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11696
タイトルHuman pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)
マップデータMasked/sharpened map of SF3b/U2 snRNP region of pre-Bact-2 spliceosome.
試料
  • 複合体: Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)
    • 複合体: Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)
      • タンパク質・ペプチド: x 14種
      • RNA: x 1種
    • 複合体: MINX M3 pre-mRNA
      • RNA: x 1種
キーワードComplex / spliceosome / catalytic activation / splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / miRNA processing / Prp19 complex / mRNA 3'-end processing / blastocyst formation / RNA splicing, via transesterification reactions / regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...U11/U12 snRNP / B-WICH complex / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / miRNA processing / Prp19 complex / mRNA 3'-end processing / blastocyst formation / RNA splicing, via transesterification reactions / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / transcription regulator inhibitor activity / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2 snRNP / SAGA complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RNA Polymerase II Transcription Termination / RHOBTB1 GTPase cycle / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / WD40-repeat domain binding / U2-type prespliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / localization / RHOBTB2 GTPase cycle / Protein methylation / U2 snRNA binding / regulation of DNA repair / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / DNA damage checkpoint signaling / stem cell differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / spliceosomal complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of protein catabolic process / mRNA processing / nuclear matrix / positive regulation of neuron projection development / mRNA splicing, via spliceosome / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / DNA recombination / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / chromatin remodeling / cell cycle / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / mRNA binding / DNA damage response / protein-containing complex binding / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA-binding protein Kin17, WH-like domain / KIN17-like protein / DNA/RNA-binding protein KIN17, WH-like domain superfamily / KN17, SH3-like C-terminal domain / Kin17, KOW domain / Domain of Kin17 curved DNA-binding protein / KN17 SH3-like C-terminal domain / Domain of Kin17 curved DNA-binding protein / : / Ist3-like, RNA recognition motif ...DNA/RNA-binding protein Kin17, WH-like domain / KIN17-like protein / DNA/RNA-binding protein KIN17, WH-like domain superfamily / KN17, SH3-like C-terminal domain / Kin17, KOW domain / Domain of Kin17 curved DNA-binding protein / KN17 SH3-like C-terminal domain / Domain of Kin17 curved DNA-binding protein / : / Ist3-like, RNA recognition motif / SF3B6, RNA recognition motif / SF3B4, RNA recognition motif 2 / Splicing factor SF3a60 binding domain / Splicing factor SF3a60 binding domain / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / SF3A2 domain / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / PWI domain / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3B4, RNA recognition motif 1 / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / PWI, domain in splicing factors / : / : / Splicing factor 3B, subunit 5 / Myb-like DNA-binding domain / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / pre-mRNA splicing factor component / Zinc-finger of C2H2 type / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / Myb domain / FHA domain / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA-binding protein KIN17 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3A subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 2 / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 4 / Splicing factor 3A subunit 2 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Serine/arginine repetitive matrix protein 1 / Smad nuclear-interacting protein 1 ...DNA/RNA-binding protein KIN17 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3A subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 2 / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 4 / Splicing factor 3A subunit 2 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Serine/arginine repetitive matrix protein 1 / Smad nuclear-interacting protein 1 / Cell division cycle 5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5 / RNA-binding motif protein, X-linked 2 / Splicing factor 3B subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Townsend C / Kastner B
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)860 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Mechanism of protein-guided folding of the active site U2/U6 RNA during spliceosome activation.
著者: Cole Townsend / Majety N Leelaram / Dmitry E Agafonov / Olexandr Dybkov / Cindy L Will / Karl Bertram / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Holger Stark / Reinhard Lührmann /
要旨: Spliceosome activation involves extensive protein and RNA rearrangements that lead to formation of a catalytically active U2/U6 RNA structure. At present, little is known about the assembly pathway ...Spliceosome activation involves extensive protein and RNA rearrangements that lead to formation of a catalytically active U2/U6 RNA structure. At present, little is known about the assembly pathway of the latter and the mechanism whereby proteins aid its proper folding. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of two human, activated spliceosome precursors (that is, pre-B complexes) at core resolutions of 3.9 and 4.2 angstroms. These structures elucidate the order of the numerous protein exchanges that occur during activation, the mutually exclusive interactions that ensure the correct order of ribonucleoprotein rearrangements needed to form the U2/U6 catalytic RNA, and the stepwise folding pathway of the latter. Structural comparisons with mature B complexes reveal the molecular mechanism whereby a conformational change in the scaffold protein PRP8 facilitates final three-dimensional folding of the U2/U6 catalytic RNA.
履歴
登録2020年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7abh
  • 表面レベル: 0.035
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11696.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11696.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked/sharpened map of SF3b/U2 snRNP region of pre-Bact-2 spliceosome.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.047 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.052662313 - 0.10835708
平均 (標準偏差)0.00020037475 (±0.0027742009)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 445.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z445.440445.440445.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0530.1080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)

全体名称: Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)
要素
  • 複合体: Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)
    • 複合体: Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)
      • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle 5-like protein
      • タンパク質・ペプチド: PHD finger-like domain-containing protein 5A
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3A subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3A subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 5
      • タンパク質・ペプチド: Splicing factor 3B subunit 6
      • タンパク質・ペプチド: Smad nuclear-interacting protein 1
      • タンパク質・ペプチド: RNA-binding motif protein, X-linked 2
      • タンパク質・ペプチド: Serine/arginine repetitive matrix protein 1
      • RNA: U2 snRNA
      • タンパク質・ペプチド: DNA/RNA-binding protein KIN17
    • 複合体: MINX M3 pre-mRNA
      • RNA: MINX M3 pre-mRNA

+
超分子 #1: Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)

超分子名称: Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16

+
超分子 #2: Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)

超分子名称: Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #4-#16
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: MINX M3 pre-mRNA

超分子名称: MINX M3 pre-mRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Cell division cycle 5-like protein

分子名称: Cell division cycle 5-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 92.406883 KDa
配列文字列: MPRIMIKGGV WRNTEDEILK AAVMKYGKNQ WSRIASLLHR KSAKQCKARW YEWLDPSIKK TEWSREEEEK LLHLAKLMPT QWRTIAPII GRTAAQCLEH YEFLLDKAAQ RDNEEETTDD PRKLKPGEID PNPETKPARP DPIDMDEDEL EMLSEARARL A NTQGKKAK ...文字列:
MPRIMIKGGV WRNTEDEILK AAVMKYGKNQ WSRIASLLHR KSAKQCKARW YEWLDPSIKK TEWSREEEEK LLHLAKLMPT QWRTIAPII GRTAAQCLEH YEFLLDKAAQ RDNEEETTDD PRKLKPGEID PNPETKPARP DPIDMDEDEL EMLSEARARL A NTQGKKAK RKAREKQLEE ARRLAALQKR RELRAAGIEI QKKRKRKRGV DYNAEIPFEK KPALGFYDTS EENYQALDAD FR KLRQQDL DGELRSEKEG RDRKKDKQHL KRKKESDLPS AILQTSGVSE FTKKRSKLVL PAPQISDAEL QEVVKVGQAS EIA RQTAEE SGITNSASST LLSEYNVTNN SVALRTPRTP ASQDRILQEA QNLMALTNVD TPLKGGLNTP LHESDFSGVT PQRQ VVQTP NTVLSTPFRT PSNGAEGLTP RSGTTPKPVI NSTPGRTPLR DKLNINPEDG MADYSDPSYV KQMERESREH LRLGL LGLP APKNDFEIVL PENAEKELEE REIDDTYIED AADVDARKQA IRDAERVKEM KRMHKAVQKD LPRPSEVNET ILRPLN VEP PLTDLQKSEE LIKKEMITML HYDLLHHPYE PSGNKKGKTV GFGTNNSEHI TYLEHNPYEK FSKEELKKAQ DVLVQEM EV VKQGMSHGEL SSEAYNQVWE ECYSQVLYLP GQSRYTRANL ASKKDRIESL EKRLEINRGH MTTEAKRAAK MEKKMKIL L GGYQSRAMGL MKQLNDLWDQ IEQAHLELRT FEELKKHEDS AIPRRLECLK EDVQRQQERE KELQHRYADL LLEKETLKS KF

UniProtKB: Cell division cycle 5-like protein

+
分子 #2: PHD finger-like domain-containing protein 5A

分子名称: PHD finger-like domain-containing protein 5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.427524 KDa
配列文字列:
MAKHHPDLIF CRKQAGVAIG RLCEKCDGKC VICDSYVRPC TLVRICDECN YGSYQGRCVI CGGPGVSDAY YCKECTIQEK DRDGCPKIV NLGSSKTDLF YERKKYGFKK R

UniProtKB: PHD finger-like domain-containing protein 5A

+
分子 #4: Splicing factor 3A subunit 2

分子名称: Splicing factor 3A subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.327355 KDa
配列文字列: MDFQHRPGGK TGSGGVASSS ESNRDRRERL RQLALETIDI NKDPYFMKNH LGSYECKLCL TLHNNEGSYL AHTQGKKHQT NLARRAAKE AKEAPAQPAP EKVKVEVKKF VKIGRPGYKV TKQRDSEMGQ QSLLFQIDYP EIAEGIMPRH RFMSAYEQRI E PPDRRWQY ...文字列:
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UniProtKB: Splicing factor 3A subunit 2

+
分子 #5: Splicing factor 3A subunit 3

分子名称: Splicing factor 3A subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.934844 KDa
配列文字列: METILEQQRR YHEEKERLMD VMAKEMLTKK STLRDQINSD HRTRAMQDRY MEVSGNLRDL YDDKDGLRKE ELNAISGPNE FAEFYNRLK QIKEFHRKHP NEICVPMSVE FEELLKAREN PSEEAQNLVE FTDEEGYGRY LDLHDCYLKY INLKASEKLD Y ITYLSIFD ...文字列:
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UniProtKB: Splicing factor 3A subunit 3

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分子 #6: Splicing factor 3B subunit 1

分子名称: Splicing factor 3B subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 146.024938 KDa
配列文字列: MAKIAKTHED IEAQIREIQG KKAALDEAQG VGLDSTGYYD QEIYGGSDSR FAGYVTSIAA TELEDDDDDY SSSTSLLGQK KPGYHAPVA LLNDIPQSTE QYDPFAEHRP PKIADREDEY KKHRRTMIIS PERLDPFADG GKTPDPKMNA RTYMDVMREQ H LTKEEREI ...文字列:
MAKIAKTHED IEAQIREIQG KKAALDEAQG VGLDSTGYYD QEIYGGSDSR FAGYVTSIAA TELEDDDDDY SSSTSLLGQK KPGYHAPVA LLNDIPQSTE QYDPFAEHRP PKIADREDEY KKHRRTMIIS PERLDPFADG GKTPDPKMNA RTYMDVMREQ H LTKEEREI RQQLAEKAKA GELKVVNGAA ASQPPSKRKR RWDQTADQTP GATPKKLSSW DQAETPGHTP SLRWDETPGR AK GSETPGA TPGSKIWDPT PSHTPAGAAT PGRGDTPGHA TPGHGGATSS ARKNRWDETP KTERDTPGHG SGWAETPRTD RGG DSIGET PTPGASKRKS RWDETPASQM GGSTPVLTPG KTPIGTPAMN MATPTPGHIM SMTPEQLQAW RWEREIDERN RPLS DEELD AMFPEGYKVL PPPAGYVPIR TPARKLTATP TPLGGMTGFH MQTEDRTMKS VNDQPSGNLP FLKPDDIQYF DKLLV DVDE STLSPEEQKE RKIMKLLLKI KNGTPPMRKA ALRQITDKAR EFGAGPLFNQ ILPLLMSPTL EDQERHLLVK VIDRIL YKL DDLVRPYVHK ILVVIEPLLI DEDYYARVEG REIISNLAKA AGLATMISTM RPDIDNMDEY VRNTTARAFA VVASALG IP SLLPFLKAVC KSKKSWQARH TGIKIVQQIA ILMGCAILPH LRSLVEIIEH GLVDEQQKVR TISALAIAAL AEAATPYG I ESFDSVLKPL WKGIRQHRGK GLAAFLKAIG YLIPLMDAEY ANYYTREVML ILIREFQSPD EEMKKIVLKV VKQCCGTDG VEANYIKTEI LPPFFKHFWQ HRMALDRRNY RQLVDTTVEL ANKVGAAEII SRIVDDLKDE AEQYRKMVME TIEKIMGNLG AADIDHKLE EQLIDGILYA FQEQTTEDSV MLNGFGTVVN ALGKRVKPYL PQICGTVLWR LNNKSAKVRQ QAADLISRTA V VMKTCQEE KLMGHLGVVL YEYLGEEYPE VLGSILGALK AIVNVIGMHK MTPPIKDLLP RLTPILKNRH EKVQENCIDL VG RIADRGA EYVSAREWMR ICFELLELLK AHKKAIRRAT VNTFGYIAKA IGPHDVLATL LNNLKVQERQ NRVCTTVAIA IVA ETCSPF TVLPALMNEY RVPELNVQNG VLKSLSFLFE YIGEMGKDYI YAVTPLLEDA LMDRDLVHRQ TASAVVQHMS LGVY GFGCE DSLNHLLNYV WPNVFETSPH VIQAVMGALE GLRVAIGPCR MLQYCLQGLF HPARKVRDVY WKIYNSIYIG SQDAL IAHY PRIYNDDKNT YIRYELDYIL

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 1

+
分子 #7: Splicing factor 3B subunit 2

分子名称: Splicing factor 3B subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100.377812 KDa
配列文字列: MATEHPEPPK AELQLPPPPP PGHYGAWAAQ ELQAKLAEIG APIQGNREEL VERLQSYTRQ TGIVLNRPVL RGEDGDKAAP PPMSAQLPG IPMPPPPLGL PPLQPPPPPP PPPPGLGLGF PMAHPPNLGP PPPLRVGEPV ALSEEERLKL AQQQAALLMQ Q EERAKQQG ...文字列:
MATEHPEPPK AELQLPPPPP PGHYGAWAAQ ELQAKLAEIG APIQGNREEL VERLQSYTRQ TGIVLNRPVL RGEDGDKAAP PPMSAQLPG IPMPPPPLGL PPLQPPPPPP PPPPGLGLGF PMAHPPNLGP PPPLRVGEPV ALSEEERLKL AQQQAALLMQ Q EERAKQQG DHSLKEHELL EQQKRAAVLL EQERQQEIAK MGTPVPRPPQ DMGQIGVRTP LGPRVAAPVG PVGPTPTVLP MG APVPRPR GPPPPPGDEN REMDDPSVGP KIPQALEKIL QLKESRQEEM NSQQEEEEME TDARSSLGQS ASETEEDTVS VSK KEKNRK RRNRKKKKKP QRVRGVSSES SGDREKDSTR SRGSDSPAAD VEIEYVTEEP EIYEPNFIFF KRIFEAFKLT DDVK KEKEK EPEKLDKLEN SAAPKKKGFE EEHKDSDDDS SDDEQEKKPE APKLSKKKLR RMNRFTVAEL KQLVARPDVV EMHDV TAQD PKLLVHLKAT RNSVPVPRHW CFKRKYLQGK RGIEKPPFEL PDFIKRTGIQ EMREALQEKE EQKTMKSKMR EKVRPK MGK IDIDYQKLHD AFFKWQTKPK LTIHGDLYYE GKEFETRLKE KKPGDLSDEL RISLGMPVGP NAHKVPPPWL IAMQRYG PP PSYPNLKIPG LNSPIPESCS FGYHAGGWGK PPVDETGKPL YGDVFGTNAA EFQTKTEEEE IDRTPWGELE PSDEESSE E EEEEESDEDK PDETGFITPA DSGLITPGGF SSVPAGMETP ELIELRKKKI EEAMDGSETP QLFTVLPEKR TATVGGAMM GSTHIYDMST VMSRKGPAPE LQGVEVALAP EELELDPMAM TQKYEEHVRE QQAQVEKEDF SDMVAEHAAK QKQKKRKAQP QDSRGGSKK YKEFKF

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 2

+
分子 #8: Splicing factor 3B subunit 3

分子名称: Splicing factor 3B subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 135.718844 KDa
配列文字列: MFLYNLTLQR ATGISFAIHG NFSGTKQQEI VVSRGKILEL LRPDPNTGKV HTLLTVEVFG VIRSLMAFRL TGGTKDYIVV GSDSGRIVI LEYQPSKNMF EKIHQETFGK SGCRRIVPGQ FLAVDPKGRA VMISAIEKQK LVYILNRDAA ARLTISSPLE A HKANTLVY ...文字列:
MFLYNLTLQR ATGISFAIHG NFSGTKQQEI VVSRGKILEL LRPDPNTGKV HTLLTVEVFG VIRSLMAFRL TGGTKDYIVV GSDSGRIVI LEYQPSKNMF EKIHQETFGK SGCRRIVPGQ FLAVDPKGRA VMISAIEKQK LVYILNRDAA ARLTISSPLE A HKANTLVY HVVGVDVGFE NPMFACLEMD YEEADNDPTG EAAANTQQTL TFYELDLGLN HVVRKYSEPL EEHGNFLITV PG GSDGPSG VLICSENYIT YKNFGDQPDI RCPIPRRRND LDDPERGMIF VCSATHKTKS MFFFLAQTEQ GDIFKITLET DED MVTEIR LKYFDTVPVA AAMCVLKTGF LFVASEFGNH YLYQIAHLGD DDEEPEFSSA MPLEEGDTFF FQPRPLKNLV LVDE LDSLS PILFCQIADL ANEDTPQLYV ACGRGPRSSL RVLRHGLEVS EMAVSELPGN PNAVWTVRRH IEDEFDAYII VSFVN ATLV LSIGETVEEV TDSGFLGTTP TLSCSLLGDD ALVQVYPDGI RHIRADKRVN EWKTPGKKTI VKCAVNQRQV VIALTG GEL VYFEMDPSGQ LNEYTERKEM SADVVCMSLA NVPPGEQRSR FLAVGLVDNT VRIISLDPSD CLQPLSMQAL PAQPESL CI VEMGGTEKQD ELGERGSIGF LYLNIGLQNG VLLRTVLDPV TGDLSDTRTR YLGSRPVKLF RVRMQGQEAV LAMSSRSW L SYSYQSRFHL TPLSYETLEF ASGFASEQCP EGIVAISTNT LRILALEKLG AVFNQVAFPL QYTPRKFVIH PESNNLIII ETDHNAYTEA TKAQRKQQMA EEMVEAAGED ERELAAEMAA AFLNENLPES IFGAPKAGNG QWASVIRVMN PIQGNTLDLV QLEQNEAAF SVAVCRFSNT GEDWYVLVGV AKDLILNPRS VAGGFVYTYK LVNNGEKLEF LHKTPVEEVP AAIAPFQGRV L IGVGKLLR VYDLGKKKLL RKCENKHIAN YISGIQTIGH RVIVSDVQES FIWVRYKRNE NQLIIFADDT YPRWVTTASL LD YDTVAGA DKFGNICVVR LPPNTNDEVD EDPTGNKALW DRGLLNGASQ KAEVIMNYHV GETVLSLQKT TLIPGGSESL VYT TLSGGI GILVPFTSHE DHDFFQHVEM HLRSEHPPLC GRDHLSFRSY YFPVKNVIDG DLCEQFNSME PNKQKNVSEE LDRT PPEVS KKLEDIRTRY AF

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 3

+
分子 #9: Splicing factor 3B subunit 4

分子名称: Splicing factor 3B subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.43657 KDa
配列文字列: MAAGPISERN QDATVYVGGL DEKVSEPLLW ELFLQAGPVV NTHMPKDRVT GQHQGYGFVE FLSEEDADYA IKIMNMIKLY GKPIRVNKA SAHNKNLDVG ANIFIGNLDP EIDEKLLYDT FSAFGVILQT PKIMRDPDTG NSKGYAFINF ASFDASDAAI E AMNGQYLC ...文字列:
MAAGPISERN QDATVYVGGL DEKVSEPLLW ELFLQAGPVV NTHMPKDRVT GQHQGYGFVE FLSEEDADYA IKIMNMIKLY GKPIRVNKA SAHNKNLDVG ANIFIGNLDP EIDEKLLYDT FSAFGVILQT PKIMRDPDTG NSKGYAFINF ASFDASDAAI E AMNGQYLC NRPITVSYAF KKDSKGERHG SAAERLLAAQ NPLSQADRPH QLFADAPPPP SAPNPVVSSL GSGLPPPGMP PP GSFPPPV PPPGALPPGI PPAMPPPPMP PGAAGHGPPS AGTPGAGHPG HGHSHPHPFP PGGMPHPGMS QMQLAHHGPH GLG HPHAGP PGSGGQPPPR PPPGMPHPGP PPMGMPPRGP PFGSPMGHPG PMPPHGMRGP PPLMPPHGYT GPPRPPPYGY QRGP LPPPR PTPRPPVPPR GPLRGPLPQ

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 4

+
分子 #10: Splicing factor 3B subunit 5

分子名称: Splicing factor 3B subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.149369 KDa
配列文字列:
MTDRYTIHSQ LEHLQSKYIG TGHADTTKWE WLVNQHRDSY CSYMGHFDLL NYFAIAENES KARVRFNLME KMLQPCGPPA DKPEEN

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 5

+
分子 #11: Splicing factor 3B subunit 6

分子名称: Splicing factor 3B subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.6069 KDa
配列文字列:
MAMQAAKRAN IRLPPEVNRI LYIRNLPYKI TAEEMYDIFG KYGPIRQIRV GNTPETRGTA YVVYEDIFDA KNACDHLSGF NVCNRYLVV LYYNANRAFQ KMDTKKKEEQ LKLLKEKYGI NTDPPK

UniProtKB: Splicing factor 3B subunit 6

+
分子 #12: Smad nuclear-interacting protein 1

分子名称: Smad nuclear-interacting protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.880738 KDa
配列文字列: MKAVKSERER GSRRRHRDGD VVLPAGVVVK QERLSPEVAP PAHRRPDHSG GSPSPPTSEP ARSGHRGNRA RGVSRSPPKK KNKASGRRS KSPRSKRNRS PHHSTVKVKQ EREDHPRRGR EDRQHREPSE QEHRRARNSD RDRHRGHSHQ RRTSNERPGS G QGQGRDRD ...文字列:
MKAVKSERER GSRRRHRDGD VVLPAGVVVK QERLSPEVAP PAHRRPDHSG GSPSPPTSEP ARSGHRGNRA RGVSRSPPKK KNKASGRRS KSPRSKRNRS PHHSTVKVKQ EREDHPRRGR EDRQHREPSE QEHRRARNSD RDRHRGHSHQ RRTSNERPGS G QGQGRDRD TQNLQAQEEE REFYNARRRE HRQRNDVGGG GSESQELVPR PGGNNKEKEV PAKEKPSFEL SGALLEDTNT FR GVVIKYS EPPEARIPKK RWRLYPFKND EVLPVMYIHR QSAYLLGRHR RIADIPIDHP SCSKQHAVFQ YRLVEYTRAD GTV GRRVKP YIIDLGSGNG TFLNNKRIEP QRYYELKEKD VLKFGFSSRE YVLLHESSDT SEIDRKDDED EEEEEEVSDS

UniProtKB: Smad nuclear-interacting protein 1

+
分子 #13: RNA-binding motif protein, X-linked 2

分子名称: RNA-binding motif protein, X-linked 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.425984 KDa
配列文字列: MNPLTKVKLI NELNEREVQL GVADKVSWHS EYKDSAWIFL GGLPYELTEG DIICVFSQYG EIVNINLVRD KKTGKSKGFC FLCYEDQRS TILAVDNFNG IKIKGRTIRV DHVSNYRAPK DSEEIDDVTR QLQEKGCGAR TPSPSLSESS EDEKPTKKHK K DKKEKKKK ...文字列:
MNPLTKVKLI NELNEREVQL GVADKVSWHS EYKDSAWIFL GGLPYELTEG DIICVFSQYG EIVNINLVRD KKTGKSKGFC FLCYEDQRS TILAVDNFNG IKIKGRTIRV DHVSNYRAPK DSEEIDDVTR QLQEKGCGAR TPSPSLSESS EDEKPTKKHK K DKKEKKKK KKEKEKADRE VQAEQPSSSS PRRKTVKEKD DTGPKKHSSK NSERAQKSEP REGQKLPKSR TAYSGGAEDL ER ELKKEKP KHEHKSSSRR EAREEKTRIR DRGRSSDAHS SWYNGRSEGR SYRSRSRSRD KSHRHKRARR SRERESSNPS DRW RH

UniProtKB: RNA-binding motif protein, X-linked 2

+
分子 #14: Serine/arginine repetitive matrix protein 1

分子名称: Serine/arginine repetitive matrix protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 102.600539 KDa
配列文字列: MDAGFFRGTS AEQDNRFSNK QKKLLKQLKF AECLEKKVDM SKVNLEVIKP WITKRVTEIL GFEDDVVIEF IFNQLEVKNP DSKMMQINL TGFLNGKNAR EFMGELWPLL LSAQENIAGI PSAFLELKKE EIKQRQIEQE KLASMKKQDE DKDKRDKEEK E SSREKRER ...文字列:
MDAGFFRGTS AEQDNRFSNK QKKLLKQLKF AECLEKKVDM SKVNLEVIKP WITKRVTEIL GFEDDVVIEF IFNQLEVKNP DSKMMQINL TGFLNGKNAR EFMGELWPLL LSAQENIAGI PSAFLELKKE EIKQRQIEQE KLASMKKQDE DKDKRDKEEK E SSREKRER SRSPRRRKSR SPSPRRRSSP VRRERKRSHS RSPRHRTKSR SPSPAPEKKE KTPELPEPSV KVKEPSVQEA TS TSDILKV PKPEPIPEPK EPSPEKNSKK EKEKEKTRPR SRSRSKSRSR TRSRSPSHTR PRRRHRSRSR SYSPRRRPSP RRR PSPRRR TPPRRMPPPP RHRRSRSPVR RRRRSSASLS GSSSSSSSSR SRSPPKKPPK RTSSPPRKTR RLSPSASPPR RRHR PSPPA TPPPKTRHSP TPQQSNRTRK SRVSVSPGRT SGKVTKHKGT EKRESPSPAP KPRKVELSES EEDKGGKMAA ADSVQ QRRQ YRRQNQQSSS DSGSSSSSED ERPKRSHVKN GEVGRRRRHS PSRSASPSPR KRQKETSPRG RRRRSPSPPP TRRRRS PSP APPPRRRRTP TPPPRRRTPS PPPRRRSPSP RRYSPPIQRR YSPSPPPKRR TASPPPPPKR RASPSPPPKR RVSHSPP PK QRSSPVTKRR SPSLSSKHRK GSSPSRSTRE ARSPQPNKRH SPSPRPRAPQ TSSSPPPVRR GASSSPQRRQ SPSPSTRP I RRVSRTPEPK KIKKAASPSP QSVRRVSSSR SVSGSPEPAA KKPPAPPSPV QSQSPSTNWS PAVPVKKAKS PTPSPSPPR NSDQEGGGKK KKKKKDKKHK KDKKHKKHKK HKKEKAVAAA AAAAVTPAAI AAATTTLAQE EPVAAPEPKK ETESEAEDNL DDLEKHLRE KALRSMRKAQ VSPQS

UniProtKB: Serine/arginine repetitive matrix protein 1

+
分子 #16: DNA/RNA-binding protein KIN17

分子名称: DNA/RNA-binding protein KIN17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.453801 KDa
配列文字列: MGKSDFLTPK AIANRIKSKG LQKLRWYCQM CQKQCRDENG FKCHCMSESH QRQLLLASEN PQQFMDYFSE EFRNDFLELL RRRFGTKRV HNNIVYNEYI SHREHIHMNA TQWETLTDFT KWLGREGLCK VDETPKGWYI QYIDRDPETI RRQLELEKKK K QDLDDEEK ...文字列:
MGKSDFLTPK AIANRIKSKG LQKLRWYCQM CQKQCRDENG FKCHCMSESH QRQLLLASEN PQQFMDYFSE EFRNDFLELL RRRFGTKRV HNNIVYNEYI SHREHIHMNA TQWETLTDFT KWLGREGLCK VDETPKGWYI QYIDRDPETI RRQLELEKKK K QDLDDEEK TAKFIEEQVR RGLEGKEQEV PTFTELSREN DEEKVTFNLS KGACSSSGAT SSKSSTLGPS ALKTIGSSAS VK RKESSQS STQSKEKKKK KSALDEIMEI EEEKKRTART DYWLQPEIIV KIITKKLGEK YHKKKAIVKE VIDKYTAVVK MID SGDKLK LDQTHLETVI PAPGKRILVL NGGYRGNEGT LESINEKTFS ATIVIETGPL KGRRVEGIQY EDISKLA

UniProtKB: DNA/RNA-binding protein KIN17

+
分子 #3: MINX M3 pre-mRNA

分子名称: MINX M3 pre-mRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 73.712359 KDa
配列文字列: GGGAGACGGA AUUCGAGCUC GCCCACUCUU GGAUCGGAAA CCCGUCGGCC UCCGAACGGU AAGAGCCUAG CAUGUAGAAC UGGUUACCU GCAGCCCAAG CUUGCUGCAC GUCUAGGGCG CAGUAGUCCA GGGUUUCCUU GAUGAUGUCA UACUUAUCCU G UCCCUUUU ...文字列:
GGGAGACGGA AUUCGAGCUC GCCCACUCUU GGAUCGGAAA CCCGUCGGCC UCCGAACGGU AAGAGCCUAG CAUGUAGAAC UGGUUACCU GCAGCCCAAG CUUGCUGCAC GUCUAGGGCG CAGUAGUCCA GGGUUUCCUU GAUGAUGUCA UACUUAUCCU G UCCCUUUU UUUUCCACAG CUCGCGGUUG AGGACAAACU CUUCGCGGUC UUUCCAGUGG GGAUCCAAUA UC

+
分子 #15: U2 snRNA

分子名称: U2 snRNA / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.186445 KDa
配列文字列:
AUCGCUUCUC GGCCUUUUGG CUAAGAUCAA GUGUAGUAUC UGUUCUUAUC AGUUUAAUAU CUGAUACGUC CUCUAUCCGA GGACAAUAU AUUAAAUGGA UUUUUGGAGC AGGGAGAUGG AAUAGGAGCU UGCUCCGUCC ACUCCACGCA UCGACCUGGU A UUGCAGUA CCUCCAGGAA CGGUGCACCC

GENBANK: GENBANK: X02665.1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 39336
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7abh:
Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る