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万見- EMDB-11370: Cryo-EM structure of mature Dengue virus 2 at 3.1 angstrom resolution -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11370 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mature Dengue virus 2 at 3.1 angstrom resolution | ||||||||||||||||||
マップデータ | Post-processed RELION map | ||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Renner M / Dejnirattisai W / Carrique L / Serna Martin I / Karia D / Ilca SL / Ho SF / Kotecha A / Keown JR / Mongkolsapaya J ...Renner M / Dejnirattisai W / Carrique L / Serna Martin I / Karia D / Ilca SL / Ho SF / Kotecha A / Keown JR / Mongkolsapaya J / Screaton GR / Grimes JM | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Flavivirus maturation leads to the formation of an occupied lipid pocket in the surface glycoproteins. 著者: Max Renner / Wanwisa Dejnirattisai / Loïc Carrique / Itziar Serna Martin / Dimple Karia / Serban L Ilca / Shu F Ho / Abhay Kotecha / Jeremy R Keown / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R ...著者: Max Renner / Wanwisa Dejnirattisai / Loïc Carrique / Itziar Serna Martin / Dimple Karia / Serban L Ilca / Shu F Ho / Abhay Kotecha / Jeremy R Keown / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Jonathan M Grimes / 要旨: Flaviviruses such as Dengue (DENV) or Zika virus (ZIKV) assemble into an immature form within the endoplasmatic reticulum (ER), and are then processed by furin protease in the trans-Golgi. To better ...Flaviviruses such as Dengue (DENV) or Zika virus (ZIKV) assemble into an immature form within the endoplasmatic reticulum (ER), and are then processed by furin protease in the trans-Golgi. To better grasp maturation, we carry out cryo-EM reconstructions of immature Spondweni virus (SPOV), a human flavivirus of the same serogroup as ZIKV. By employing asymmetric localised reconstruction we push the resolution to 3.8 Å, enabling us to refine an atomic model which includes the crucial furin protease recognition site and a conserved Histidine pH-sensor. For direct comparison, we also solve structures of the mature forms of SPONV and DENV to 2.6 Å and 3.1 Å, respectively. We identify an ordered lipid that is present in only the mature forms of ZIKV, SPOV, and DENV and can bind as a consequence of rearranging amphipathic stem-helices of E during maturation. We propose a structural role for the pocket and suggest it stabilizes mature E. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11370.map.gz | 197.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11370-v30.xml emd-11370.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11370_fsc.xml | 28.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11370.png | 98.9 KB | ||
マスクデータ | emd_11370_msk_1.map | 1.9 GB | マスクマップ | |
その他 | emd_11370_half_map_1.map.gz emd_11370_half_map_2.map.gz | 1.5 GB 1.5 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11370 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11370 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11370_validation.pdf.gz | 409.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11370_full_validation.pdf.gz | 408.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11370_validation.xml.gz | 36.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11370_validation.cif.gz | 47.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11370 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11370 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11370.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post-processed RELION map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11370_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1
ファイル | emd_11370_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2
ファイル | emd_11370_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dengue virus 2
全体 | 名称: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Dengue virus 2
超分子 | 名称: Dengue virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Virus cultivated in C6/36 cells / NCBI-ID: 11060 / 生物種: Dengue virus 2 / Sci species strain: 16681 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ) |
-分子 #1: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.501902 KDa |
配列 | 文字列: MRCIGMSNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KQPATLRKYC IEAKLTNTTT ESRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF RCKKNMEGKV VQPENLEYTI VITPHSGEEH AVGNDTGKHG K EIKITPQS ...文字列: MRCIGMSNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KQPATLRKYC IEAKLTNTTT ESRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF RCKKNMEGKV VQPENLEYTI VITPHSGEEH AVGNDTGKHG K EIKITPQS SITEAELTGY GTVTMECSPR TGLDFNEMVL LQMENKAWLV HRQWFLDLPL PWLPGADTQG SNWIQKETLV TF KNPHAKK QDVVVLGSQE GAMHTALTGA TEIQMSSGNL LFTGHLKCRL RMDKLQLKGM SYSMCTGKFK VVKEIAETQH GTI VIRVQY EGDGSPCKIP FEIMDLEKRH VLGRLITVNP IVTEKDSPVN IEAEPPFGDS YIIIGVEPGQ LKLNWFKKGS SIGQ MFETT MRGAKRMAIL GDTAWDFGSL GGVFTSIGKA LHQVFGAIYG AAFSGVSWTM KILIGVIITW IGMNSRSTSL SVTLV LVGI VTLYLGVMVQ A |
-分子 #2: Genome polyprotein
分子 | 名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 8.421879 KDa |
配列 | 文字列: SVALVPHVGM GLETRTETWM SSEGAWKHVQ RIETWILRHP GFTMMAAILA YTIGTTHFQR ALIFILLTAV TPSMT |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer |
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グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |