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万見
- EMDB-11158: Cryo-EM structure of the nitrilase from Pseudomonas fluorescens E... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11158
タイトルCryo-EM structure of the nitrilase from Pseudomonas fluorescens EBC191 at 3.3 Angstroms
マップデータ
試料
  • 複合体: Active helical nitrilase homooligomer
    • タンパク質・ペプチド: NitA
キーワードbacterial nitrilase / arylacetonitrilase / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrilase activity
類似検索 - 分子機能
Nitrilases / cyanide hydratase active site signature. / Nitrilase/Cyanide hydratase / Nitrilases / cyanide hydratase signature 1. / Nitrilase/cyanide hydratase, conserved site / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Eppinger E / Stolz A
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the nitrilase from Pseudomonas fluorescens EBC191 at 3.3 Angstroms
著者: Eppinger E / Stolz A / Sewell BT
履歴
登録2020年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月30日-
マップ公開2021年6月30日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zby
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zby
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11158.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11158.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 147 pix.
= 154.056 Å		1.05 Å/pix.
x 131 pix.
= 137.288 Å		1.05 Å/pix.
x 133 pix.
= 139.384 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.082405895 - 0.13379925
平均 (標準偏差)0.0023105105 (±0.013520567)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin858470
サイズ131133147
Spacing133131147
セルA: 139.384 Å / B: 137.288 Å / C: 154.056 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0481.0481.048
M x/y/z133131147
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z139.384137.288154.056
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS848570
NC/NR/NS133131147
D min/max/mean-0.0820.1340.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Active helical nitrilase homooligomer

全体名称: Active helical nitrilase homooligomer
要素
  • 複合体: Active helical nitrilase homooligomer
    • タンパク質・ペプチド: NitA

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超分子 #1: Active helical nitrilase homooligomer

超分子名称: Active helical nitrilase homooligomer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: EBC191

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分子 #1: NitA

分子名称: NitA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
分子量理論値: 37.740746 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTVHKKQYKV AAVQAAPAFL DLEAGVAKAI GLIAQAAAEG ASLVAFPEAW LPGYPWWIWL DSPAGGMRFV QRNFDNALEV GSEPFERLC RAAAQHKIYV VLGFTERSGG TLYLAQAIID DCGRVVATRR KLKPTHVERS VYGEGDGSDL AVHDTTLGRL G ALCCAEHI ...文字列:
MTVHKKQYKV AAVQAAPAFL DLEAGVAKAI GLIAQAAAEG ASLVAFPEAW LPGYPWWIWL DSPAGGMRFV QRNFDNALEV GSEPFERLC RAAAQHKIYV VLGFTERSGG TLYLAQAIID DCGRVVATRR KLKPTHVERS VYGEGDGSDL AVHDTTLGRL G ALCCAEHI QPLSKYAMYA QHEQVHIAAW PSFSVYRGAA FQLSAQANNA ASQVYALEGQ CFVLAPCATV SKEMLDELID SP AKAELLL EGGGFAMIYG PDGAPLCTPL AETEEGILYA DIDLGVIGVA KAAYDPVGHY SRPDVLRLLV NREPMTRVHY VQP QSLPET SVLAFGAGAD AIRSEENPEE QGDK

UniProtKB: NitA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I
詳細: The sample (2.5 ul) was applied to the grid and incubated for 30 seconds at 100% humidity before blotting and plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2929 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 43.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 16.36 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -67.31 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 91429
Segment selection選択した数: 278053 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6zby:
Cryo-EM structure of the nitrilase from Pseudomonas fluorescens EBC191 at 3.3 Angstroms

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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