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- EMDB-11093: Cryo-EM map of La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11093
タイトルCryo-EM map of La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage
マップデータLa Crosse full length polymerase at pre-initiation stage
試料
  • 複合体: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage
    • 複合体: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage
      • RNA: 5'vRNA 1-10
      • RNA: 5'vRNA 9-16
      • RNA: 3'vRNA 1-16
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • 複合体: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードviral polymerase / transcription / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, orthobunyavirus / : / Virus, RNA-directed RNA polymerase L, thumb ring domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Bunyavirus La Crosse (ウイルス) / La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Arragain B / Effantin G
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-19-CE11-0024-02 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Pre-initiation and elongation structures of full-length La Crosse virus polymerase reveal functionally important conformational changes.
著者: Benoît Arragain / Grégory Effantin / Piotr Gerlach / Juan Reguera / Guy Schoehn / Stephen Cusack / Hélène Malet /
要旨: Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and ...Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and transcription of the RNA genome constitute essential processes performed by the virally encoded multi-domain RNA-dependent RNA polymerase. Here, we describe the complete high-resolution cryo-EM structure of La Crosse virus polymerase. It reveals the presence of key protruding C-terminal domains, notably the cap-binding domain, which undergoes large movements related to its role in transcription initiation, and a zinc-binding domain that displays a fold not previously observed. We capture the polymerase structure at pre-initiation and elongation states, uncovering the coordinated movement of the priming loop, mid-thumb ring linker and lid domain required for the establishment of a ten-base-pair template-product RNA duplex before strand separation into respective exit tunnels. These structural details and the observed dynamics of key functional elements will be instrumental for structure-based development of polymerase inhibitors.
履歴
登録2020年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6z6g
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11093.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11093.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈La Crosse full length polymerase at pre-initiation stage
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.8 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.8 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 247.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.038388956 - 0.08880791
平均 (標準偏差)0.00023802175 (±0.0025055835)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 247.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8260.8260.826
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z247.800247.800247.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0380.0890.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage

全体名称: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage
要素
  • 複合体: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage
    • 複合体: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage
      • RNA: 5'vRNA 1-10
      • RNA: 5'vRNA 9-16
      • RNA: 3'vRNA 1-16
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • 複合体: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage

超分子名称: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 265 KDa

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超分子 #2: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage

超分子名称: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Bunyavirus La Crosse (ウイルス)

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超分子 #3: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage

超分子名称: La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)

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分子 #1: 5'vRNA 1-10

分子名称: 5'vRNA 1-10 / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: 5'vRNA 1-10 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
分子量理論値: 3.217956 KDa
配列文字列:
AGUAGUGUGC

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分子 #2: 5'vRNA 9-16

分子名称: 5'vRNA 9-16 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
分子量理論値: 2.509577 KDa
配列文字列:
GCUACCAA

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分子 #3: 3'vRNA 1-16

分子名称: 3'vRNA 1-16 / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
分子量理論値: 5.060023 KDa
配列文字列:
UUGGUAGUAC ACUACU

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分子 #4: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Bunyavirus La Crosse (ウイルス)
分子量理論値: 266.047469 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDYQEYQQ FLARINTARD ACVAKDIDVD LLMARHDYFG RELCKSLNIE YRNDVPFIDI ILDIRPEVD PLTIDAPHIT PDNYLYINNV LYIIDYKVSV SNESSVITYD KYYELTRDIS DRLSIPIEIV IIRIDPVSRD L HINSDRFK ...文字列:
MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDYQEYQQ FLARINTARD ACVAKDIDVD LLMARHDYFG RELCKSLNIE YRNDVPFIDI ILDIRPEVD PLTIDAPHIT PDNYLYINNV LYIIDYKVSV SNESSVITYD KYYELTRDIS DRLSIPIEIV IIRIDPVSRD L HINSDRFK ELYPTIVVDI NFNQFFDLKQ LLYEKFGDDE EFLLKVAHGD FTLTAPWCKT GCPEFWKHPI YKEFKMSMPV PE RRLFEES VKFNAYESER WNTNLVKIRE YTKKDYSEHI SKSAKNIFLA SGFYKQPNKN EISEGWTLMV ERVQDQREIS KSL HDQKPS IHFIWGAHNP GNSNNATFKL ILLSKSLQSI KGISTYTEAF KSLGKMMDIG DKAIEYEEFC MSLKSKARSS WKQI MNKKL EPKQINNALV LWEQQFMINN DLIDKSEKLK LFKNFCGIGK HKQFKNKMLE DLEVSKPKIL DFDDANMYLA SLTMM EQSK KILSKSNGLK PDNFILNEFG SRIKDANKET YDNMHKIFET GYWQCISDFS TLMKNILSVS QYNRHNTFRI AMCANN NVF AIVFPSADIK TKKATVVYSI IVLHKEEENI FNPGCLHGTF KCMNGYISIS RAIRLDKERC QRIVSSPGLF LTTCLLF KH DNPTLVMSDI MNFSIYTSLS ITKSVLSLTE PARYMIMNSL AISSNVKDYI AEKFSPYTKT LFSVYMTRLI KNACFDAY D QRQRVQLRDI YLSDYDITQK GIKDNRELTS IWFPGSVTLK EYLTQIYLPF YFNAKGLHEK HHVMVDLAKT ILEIECEQR ENIKEIWSTN CTKQTVNLKI LIHSLCKNLL ADTSRHNHLR NRIENRNNFR RSITTISTFT SSKSCLKIGD FRKEKELQSV KQKKILEVQ SRKMRLANPM FVTDEQVCLE VGHCNYEMLR NAMPNYTDYI STKVFDRLYE LLDKKVLTDK PVIEQIMDMM I DHKKFYFT FFNKGQKTSK DREIFVGEYE AKMCMYAVER IAKERCKLNP DEMISEPGDG KLKVLEQKSE QEIRFLVETT RQ KNREIDE AIEALATEGY ESNLGKIEKL SLGKAKGLKM EINADMSKWS AQDVFYKYFW LIALDPILYP QEKERILYFM CNY MDKELI LPDELLFNLL DQKVAYQNDI IATMTNQLNS NTVLIKRNWL QGNFNYTSSY VHSCAMSVYK EILKEAITLL DGSI LVNSL VHSDDNQTSI TIVQDKMEND KIIDFAMKEF ERACLTFGCQ ANMKKTYVTN CIKEFVSLFN LYGEPFSIYG RFLLT SVGD CAYIGPYEDL ASRISSAQTA IKHGCPPSLA WVSIAISHWM TSLTYNMLPG QSNDPIDYFP AENRKDIPIE LNGVLD APL SMISTVGLES GNLYFLIKLL SKYTPVMQKR ESVVNQIAEV KNWKVEDLTD NEIFRLKILR YLVLDAEMDP SDIMGET SD MRGRSILTPR KFTTAGSLRK LYSFSKYQDR LSSPGGMVEL FTYLLEKPEL LVTKGEDMKD YMESVIFRYN SKRFKESL S IQNPAQLFIE QILFSHKPVI DFSGIRDKYI NLHDSRALEK EPDILGKVTF TEAYRLLMRD LSSLELTNDD IQVIYSYII LNDPMMITIA NTHILSIYGS PQRRMGMSCS TMPEFRNLKL IHHSPALVLR AYSKNNPDIQ GADPTEMARD LVHLKEFVEN TNLEEKMKV RIAMNEAEKG QRDIVFELKE MTRFYQVCYE YVKSTEHKIK VFILPAKSYT TTDFCSLMQG NLIKDKEWYT V HYLKQILS GGHKAIMQHN ATSEQNIAFE CFKLITHFAD SFIDSLSRSA FLQLIIDEFS YKDVKVSKLY DIIKNGYNRT DF IPLLFRT GDLRQADLDK YDAMKSHERV TWNDWQTSRH LDMGSINLTI TGYNRSITII GEDNKLTYAE LCLTRKTPEN ITI SGRKLL GSRHGLKFEN MSKIQTYPGN YYITYRKKDR HQFVYQIHSH ESITRRNEEH MAIRTRIYNE ITPVCVVNVA EVDG DQRIL IRSLDYLNND IFSLSRIKVG LDEFATIKKA HFSKMVSFEG PPIKTGLLDL TELMKSQDLL NLNYDNIRNS NLISF SKLI CCEGSDNIND GLEFLSDDPM NFTEGEAIHS TPIFNIYYSK RGERHMTYRN AIKLLIERET KIFEEAFTFS ENGFIS PEN LGCLEAVVSL IKLLKTNEWS TVIDKCIHIC LIKNGMDHMY HSFDVPKCFM GNPITRDINW VMFREFINSL PGTDIPP WN VMTENFKKKC IALINSKFET QRDFSEFTKL MKKEGGRSNI EFD

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
20.0 mMTris-HCl
150.0 mMNaCl
2.0 mMTCEP

詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 30mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time: 2 sec, blot force: 1.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 16498 / 平均電子線量: 1.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4065475
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 57660
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 37000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5amq


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6z6g:
Cryo-EM structure of La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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