+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10815 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Yarrowia lipolytica complex I at 2.7 A | |||||||||
マップデータ | Global map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipoate biosynthetic process / NADH dehydrogenase / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / protein import into mitochondrial matrix / respiratory chain complex I / cellular respiration / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / iron-sulfur cluster assembly ...lipoate biosynthetic process / NADH dehydrogenase / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / protein import into mitochondrial matrix / respiratory chain complex I / cellular respiration / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / iron-sulfur cluster assembly / NADH dehydrogenase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / ubiquinone binding / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / quinone binding / : / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / electron transport chain / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / protein-containing complex binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Yarrowia lipolytica (酵母) / Yarrowia lipolytica (strain CLIB 122 / E 150) (酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Hirst J / Grba D | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Mitochondrial complex I structure reveals ordered water molecules for catalysis and proton translocation. 著者: Daniel N Grba / Judy Hirst / 要旨: Mitochondrial complex I powers ATP synthesis by oxidative phosphorylation, exploiting the energy from ubiquinone reduction by NADH to drive protons across the energy-transducing inner membrane. ...Mitochondrial complex I powers ATP synthesis by oxidative phosphorylation, exploiting the energy from ubiquinone reduction by NADH to drive protons across the energy-transducing inner membrane. Recent cryo-EM analyses of mammalian and yeast complex I have revolutionized structural and mechanistic knowledge and defined structures in different functional states. Here, we describe a 2.7-Å-resolution structure of the 42-subunit complex I from the yeast Yarrowia lipolytica containing 275 structured water molecules. We identify a proton-relay pathway for ubiquinone reduction and water molecules that connect mechanistically crucial elements and constitute proton-translocation pathways through the membrane. By comparison with known structures, we deconvolute structural changes governing the mammalian 'deactive transition' (relevant to ischemia-reperfusion injury) and their effects on the ubiquinone-binding site and a connected cavity in ND1. Our structure thus provides important insights into catalysis by this enigmatic respiratory machine. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10815.map.gz | 325.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10815-v30.xml emd-10815.xml | 78.1 KB 78.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10815_fsc.xml | 15.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10815.png | 76.1 KB | ||
マスクデータ | emd_10815_msk_1.map | 347.6 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10815_half_map_1.map.gz emd_10815_half_map_2.map.gz | 277.7 MB 277.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10815 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10815 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10815_validation.pdf.gz | 439.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10815_full_validation.pdf.gz | 438.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10815_validation.xml.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10815 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10815 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Global map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10815_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_10815_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_10815_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Yarrowia lipolytica mitochondrial complex I (NADH:Ubiquinone oxid...
+超分子 #1: Yarrowia lipolytica mitochondrial complex I (NADH:Ubiquinone oxid...
+超分子 #2: Yarrowia lipolytica mitochondrial complex I
+超分子 #3: Entity 10
+分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
+分子 #2: Subunit NUKM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #3: NUGM protein
+分子 #4: NUCM protein
+分子 #5: Subunit NUHM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #6: Subunit NUBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #7: Subunit NUAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #8: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
+分子 #9: Subunit NUIM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #10: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
+分子 #11: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
+分子 #12: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
+分子 #13: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
+分子 #14: NADH dehydrogenase subunit 2
+分子 #15: Subunit NUXM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #16: Subunit NUEM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #17: Subunit NUYM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #18: Subunit NUMM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #19: Subunit NI8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #20: Acyl carrier protein ACPM1 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Com...
+分子 #21: Acyl carrier protein ACPM2 of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Com...
+分子 #22: Subunit NUFM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #23: Subunit NB4M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #24: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #25: Subunit NUJM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #26: Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #27: Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #28: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #29: Subunit NUZM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #30: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #31: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #32: Subunit N7BM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #33: Subunit NESM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #34: subunit NUNM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #35: Subunit NUUM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #36: subunit NIGM of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #37: Subunit NB2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #38: Subunit NIAM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #39: Subunit NB5M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #40: Subunit NI2M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #41: Subunit NB8M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #42: Subunit NIDM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
+分子 #43: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
+分子 #44: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #45: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #46: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
+分子 #47: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #48: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #49: CARDIOLIPIN
+分子 #50: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
+分子 #51: ZINC ION
+分子 #52: ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butan...
+分子 #53: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.45 |
---|---|
グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Gold grids pre-treated with PEG thiol reagent |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2540 / 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): -2.7 µm / 最小 デフォーカス(補正後): -1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |