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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10796 | |||||||||
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タイトル | Morganella morganii TcdA4 in complex with porcine mucosa heparin | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | toxin / complex / glycan | |||||||||
生物種 | Morganella morganii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Roderer D / Broecker F / Sitsel O / Kaplonek P / Leidreiter F / Seeberger PH / Raunser S | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Glycan-dependent cell adhesion mechanism of Tc toxins. 著者: Daniel Roderer / Felix Bröcker / Oleg Sitsel / Paulina Kaplonek / Franziska Leidreiter / Peter H Seeberger / Stefan Raunser / 要旨: Toxin complex (Tc) toxins are virulence factors of pathogenic bacteria. Tcs are composed of three subunits: TcA, TcB and TcC. TcA facilitates receptor-toxin interaction and membrane permeation, TcB ...Toxin complex (Tc) toxins are virulence factors of pathogenic bacteria. Tcs are composed of three subunits: TcA, TcB and TcC. TcA facilitates receptor-toxin interaction and membrane permeation, TcB and TcC form a toxin-encapsulating cocoon. While the mechanisms of holotoxin assembly and pore formation have been described, little is known about receptor binding of TcAs. Here, we identify heparins/heparan sulfates and Lewis antigens as receptors for different TcAs from insect and human pathogens. Glycan array screening reveals that all tested TcAs bind negatively charged heparins. Cryo-EM structures of Morganella morganii TcdA4 and Xenorhabdus nematophila XptA1 reveal that heparins/heparan sulfates unexpectedly bind to different regions of the shell domain, including receptor-binding domains. In addition, Photorhabdus luminescens TcdA1 binds to Lewis antigens with micromolar affinity. Here, the glycan interacts with the receptor-binding domain D of the toxin. Our results suggest a glycan dependent association mechanism of Tc toxins on the host cell surface. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10796.map.gz | 11.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10796-v30.xml emd-10796.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10796.png | 155.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10796.cif.gz | 7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10796 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10796 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10796_validation.pdf.gz | 237.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10796_full_validation.pdf.gz | 236.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10796_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10796 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10796 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10796.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Morganella morganii TcdA4 pentamer in complex with porcine mucosa...
全体 | 名称: Morganella morganii TcdA4 pentamer in complex with porcine mucosa heparin |
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要素 |
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-超分子 #1: Morganella morganii TcdA4 pentamer in complex with porcine mucosa...
超分子 | 名称: Morganella morganii TcdA4 pentamer in complex with porcine mucosa heparin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Morganella morganii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1.4 MDa |
-分子 #1: Insecticidal toxin protein
分子 | 名称: Insecticidal toxin protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Morganella morganii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 275.658312 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDQITRILEK LNQQRSGETT VTLADFMPMS LAEIRSQNTG RLSREEAQLL HRAAQKEKQN NILYTARMLT RANPLLKKEM NTARYYGAT PYGYDDIIPP RAEKFVAPGA VSSMFSPAGY LTELYREARG LHPKDSDRNL DKRRQDLAKL VLSQDNLDNE I SALSLANE ...文字列: MDQITRILEK LNQQRSGETT VTLADFMPMS LAEIRSQNTG RLSREEAQLL HRAAQKEKQN NILYTARMLT RANPLLKKEM NTARYYGAT PYGYDDIIPP RAEKFVAPGA VSSMFSPAGY LTELYREARG LHPKDSDRNL DKRRQDLAKL VLSQDNLDNE I SALSLANE QLETALMAQT GKTDKNKYYE TLATSRRSGV TPYNAPFEGI HNALAQRNFV LPDNILSNPA KFAILAAYDA GI SPKLYNI LTEDTESLTG SDLENSLKRN FPKVKIKDLM TLDALANYYE LPADDIQALI AAEITGRLPT PDVYNDDNKL VIP AINTGG KITFSELAKT QSDEKQADYI DLIPQGGNQF LVNFSVKKTK KDATHFSIGY NKSFNNLADK NGFVPLAGEH YSIP VTLDA KILEKKTKIG ITRKKPEPAS DENHYTSATF TIHPNAEPGI WLLRLNKTLR LAKVSGMTPH ETQHALIHVR NDSSE YELR RFTETLLYRK RYGIDTETAL MLCNAGISRI SYDGQLSHFD RLFNNPPLNG VTYTLGGDDI LMEPDAGDPR REVLKR AFR VDNTGLWQLL VITNRENKSK TIENKTEKLR GLLFVRLLAD VHNLTVAQLD ALLQISPYNS MNVYALDGKT RQKMLSF LS RITQWLNTQN ITVEQLMLLL DKISPAAPTK EMQVLLDLLR NGGIDKTNTK TLYTTMAPVI TAAMQLDITE SGEALLRW L DNNHPAGILT TSEARKLIIK KGQTAGDKEK LAAWCQALAQ RVLVIRTFTL SNAELQTLSQ GAPAGTITEL YNISDFHNL INRCGEQAGT VLDALQSGTL TVKILAQALN LSEEVITQAL TLAGQKPELT TWAQLAVLPP RLDLADTLHI TPKDITTLLT VSENVRPFY TDLSALAGLL QAGLNEQQTK QLQNQSEPRR NEALSGEYRS LVMNNPVADR DDIWRNLLVD GKVSAEITTT L LADAIAGI QLYINRTIAG DEPGADSDAL ERQFFKDWDA CNKRYSTWAG VSQLVYYPEN FVDPTLRTGQ TGMMNTMLEQ LS QSELNKD TLENGFRQYL TAFEQVADLK VVSGYHDTVN INQGNTWFIG TSQTEPKKYY WRKADHSKCQ NGRFAANAWS DWK EITCAV NPYGDMVRPV IFHSRLYLLW IEKQVQKDNT GKDTASFTLK LTHVKYDGSW ASPFSYDITE KNISGWKKTG LYCA ASQED NSLLIAWYQI EKETQPNSFG LHIQPDMSCK KEPNIAGILA TVTHQLDTET TVRVNTLLNR ISSFEFTLEK QEGNK EIDL VISHGDYTVK TENSISALIL NPTAYINITP YKLFSDIPDF YREKYITHLN SHSGTVYAPE SKKMEPANNA ISDKVN ACA VYTYNNKPPK KHISLSIGKN YPLITPLELV GRKLESFFIK HKETSALYYT YGDATDDRLT LEEDKYTIST GEKKLGT LS LGKMIAQVKT ISSDDISMEI ELNSTKFETI TGSDVGLRPP LYPTVSRETL AFPFGKLSIT IPAGADINNL DCTIKVRF K NTDVLAATTT YKLVIKKTDP VQKVISLYTT PDGAQYMEWD GYRTRLNTLF TRQLIERANN GIDAILSPET QYLPEPKPG QGTYVTLILK PYDKNTHGTN RAFTIYYSND ATGSGKFPVY SGSLSVTDNT EVKLFIPLIK PGKNAVSQSA GAQQDTLYLN ATYQKEATK QILLFRTDNN PEGWTLDKSV NNGTFAGLAE NGVTGLLQSG EPMDFSGANA LYFWELFYYT PMMVATRLLQ E QNFTEANR WLSYIWQPAA SGAGDWRVRP LKEDTSWNAD PLDSVDPDAV AQNDPMHYKV STLMKLLDLL IARGDKAYRM QE RDTLNEA KMWYMQALGL LGDKPVSIFS NGWENPSLSN AADKTQAKQF HDEISRIRSG GLLPDVRTAN TLTGLFRPQQ NEK LLGYWQ MLEMRLFNLR NNLSIDGQPL SLPVFAAPAD PAALLSAAAA ASGGSKPLPS ADIPAMRFPQ ALDSARSLTG QLMQ FGSTL LGLIERRDAE AMSELLQNQA GELMLSSLRM QEQALTELDA EKKILEQSRA GAQSRVDSYR ALYDENVSAE EKRTM DLYL SSAILSTSIG VLDMAAAAAD MAPNIFGVAV GGSRWGGIPK AIGAGMSLAA SATKITADNI SQSEAWRRRR QEWEIQ KNN AESEIRQIDA QLEALAVRRT ATEMQREHME IQQAQTQAQL EFLQRKFSNK ALYSWLRGRL ASIYYRFYDL TAARCMM AE KAYAWQTNDT ATRYIKSGAW QSNNAGLMAG ESLLLNLAEM EQAWLKRDSR SLEVTRTVSL AAVYRTDNVT LAEGIADL L KGNGSGNIPA STGLSMTADN QLHAAFNLKA LNIKDDYPEA LGTTRRIKQI SVTLPALVEP YQDMRAIFRY GGNSLPAGC KAIALSHGIN DDGLFRLDFN DGRWLPFEGI PVDDDNSLTL SFPDATGEKQ KPLLLSLTDI IIHIRYTIC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
詳細 | 0.10 mg/ml TcdA4 were pre-applied on the grid for 20s. Subsequently, the grid was manually blotted and 0.30 mg/ml porcine mucosa heparin was applied and incubated for 2 min. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 実像数: 5549 / 平均電子線量: 100.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |