+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10791 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 70S initiation complex with assigned rRNA modifications from Staphylococcus aureus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | rRNA modifications / 70S / initiation complex / S. aureus / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) / synthetic construct (人工物) / Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Fatkhullin B / Golubev A | |||||||||
資金援助 | ロシア, フランス, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of the ribosome functional complex of the human pathogen Staphylococcus aureus at 3.2 Å resolution. 著者: Alexander Golubev / Bulat Fatkhullin / Iskander Khusainov / Lasse Jenner / Azat Gabdulkhakov / Shamil Validov / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Konstantin Usachev / 要旨: Staphylococcus aureus is a bacterial pathogen and one of the leading causes of healthcare-acquired infections in the world. The growing antibiotic resistance of S. aureus obliges us to search for ...Staphylococcus aureus is a bacterial pathogen and one of the leading causes of healthcare-acquired infections in the world. The growing antibiotic resistance of S. aureus obliges us to search for new drugs and treatments. As the majority of antibiotics target the ribosome, knowledge of its detailed structure is crucial for drug development. Here, we report the cryo-EM reconstruction at 3.2 Å resolution of the S. aureus ribosome with P-site tRNA, messenger RNA, and 10 RNA modification sites previously not assigned or visualized. The resulting model is the most precise and complete high-resolution structure to date of the S. aureus 70S ribosome with functional ligands. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10791.map.gz | 96.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10791-v30.xml emd-10791.xml | 73.6 KB 73.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10791_fsc.xml | 13.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10791.png | 132.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10791.cif.gz | 13.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10791 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10791 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10791_validation.pdf.gz | 707.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10791_full_validation.pdf.gz | 707.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10791_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10791_validation.cif.gz | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10791 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10791 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : 70S ribosome
+超分子 #1: 70S ribosome
+超分子 #2: 16S rRNA, 30S ribosomal subunit
+超分子 #3: 23S and 5S rRNA, 50S ribosomal subunit
+超分子 #4: mRNA
+超分子 #5: E-site tRNA
+分子 #1: 16S rRNA
+分子 #21: mRNA
+分子 #22: 23S rRNA
+分子 #23: 5S rRNA
+分子 #52: P-site tRNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S9
+分子 #10: ribosomal protein uS10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: 30S ribosomal protein S14
+分子 #15: 30S ribosomal protein S15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: 30S ribosomal protein S17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #24: 50S ribosomal protein L2
+分子 #25: 50S ribosomal protein L3
+分子 #26: 50S ribosomal protein L4
+分子 #27: 50S ribosomal protein L5
+分子 #28: 50S ribosomal protein L6
+分子 #29: 50S ribosomal protein L13
+分子 #30: 50S ribosomal protein L14
+分子 #31: 50S ribosomal protein L15
+分子 #32: 50S ribosomal protein L16
+分子 #33: 50S ribosomal protein L17
+分子 #34: 50S ribosomal protein L18
+分子 #35: 50S ribosomal protein L19
+分子 #36: 50S ribosomal protein L20
+分子 #37: 50S ribosomal protein L21
+分子 #38: 50S ribosomal protein L22
+分子 #39: 50S ribosomal protein L23
+分子 #40: 50S ribosomal protein L24
+分子 #41: 50S ribosomal protein L25
+分子 #42: 50S ribosomal protein L27
+分子 #43: 50S ribosomal protein L28
+分子 #44: 50S ribosomal protein L29
+分子 #45: 50S ribosomal protein L30
+分子 #46: 50S ribosomal protein L31 type B
+分子 #47: 50S ribosomal protein L32
+分子 #48: 50S ribosomal protein L33 2
+分子 #49: 50S ribosomal protein L34
+分子 #50: 50S ribosomal protein L35
+分子 #51: 50S ribosomal protein L36
+分子 #53: MAGNESIUM ION
+分子 #54: POTASSIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |