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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10722 | |||||||||
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タイトル | Capsid structure of Leishmania RNA virus 1 | |||||||||
マップデータ | Map rotated to crystallographic orientation with origin in 000. | |||||||||
試料 | Leishmania RNA virus 1 - 4 != Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 Leishmania RNA virus 1 - 4
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キーワード | virus-like particle / capsid structure / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | Totivirus coat / Totivirus coat protein / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Leishmania RNA virus 1 - 4 (ウイルス) / Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Prochazkova M / Fuzik T | |||||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2021 タイトル: Capsid Structure of RNA Virus 1. 著者: Michaela Procházková / Tibor Füzik / Danyil Grybchuk / Francesco Luca Falginella / Lucie Podešvová / Vyacheslav Yurchenko / Robert Vácha / Pavel Plevka / 要旨: parasites cause a variety of symptoms, including mucocutaneous leishmaniasis, which results in the destruction of the mucous membranes of the nose, mouth, and throat. The species of carrying RNA ... parasites cause a variety of symptoms, including mucocutaneous leishmaniasis, which results in the destruction of the mucous membranes of the nose, mouth, and throat. The species of carrying RNA virus 1 (LRV1), from the family , are more likely to cause severe disease and are less sensitive to treatment than those that do not contain the virus. Although the importance of LRV1 for the severity of leishmaniasis was discovered a long time ago, the structure of the virus remained unknown. Here, we present a cryo-electron microscopy reconstruction of the virus-like particle of LRV1 determined to a resolution of 3.65 Å. The capsid has icosahedral symmetry and is formed by 120 copies of a capsid protein assembled in asymmetric dimers. RNA genomes of viruses from the family are synthetized, but not capped at the 5' end, by virus RNA polymerases. To protect viral RNAs from degradation, capsid proteins of the L-A totivirus cleave the 5' caps of host mRNAs, creating decoys to overload the cellular RNA quality control system. Capsid proteins of LRV1 form positively charged clefts, which may be the cleavage sites for the 5' cap of mRNAs. The putative RNA binding site of LRV1 is distinct from that of the related L-A virus. The structure of the LRV1 capsid enables the rational design of compounds targeting the putative decapping site. Such inhibitors may be developed into a treatment for mucocutaneous leishmaniasis caused by LRV1-positive species of Twelve million people worldwide suffer from leishmaniasis, resulting in more than 30 thousand deaths annually. The disease has several variants that differ in their symptoms. The mucocutaneous form, which leads to disintegration of the nasal septum, lips, and palate, is caused predominantly by parasites carrying RNA virus 1 (LRV1). Here, we present the structure of the LRV1 capsid determined using cryo-electron microscopy. Capsid proteins of a related totivirus, L-A virus, protect viral RNAs from degradation by cleaving the 5' caps of host mRNAs. Capsid proteins of LRV1 may have the same function. We show that the LRV1 capsid contains positively charged clefts that may be sites for the cleavage of mRNAs of cells. The structure of the LRV1 capsid enables the rational design of compounds targeting the putative mRNA cleavage site. Such inhibitors may be used as treatments for mucocutaneous leishmaniasis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10722.map.gz | 95.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10722-v30.xml emd-10722.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10722_fsc.xml | 19.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10722.png | 271.5 KB | ||
マスクデータ | emd_10722_msk_1.map | 620.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10722.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_10722_additional_1.map.gz | 109.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10722 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10722 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10722_validation.pdf.gz | 623.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10722_full_validation.pdf.gz | 622.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10722_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10722_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10722 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10722 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10722.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 620.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map rotated to crystallographic orientation with origin in 000. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.063 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10722_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map in original position, matches mask.
ファイル | emd_10722_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map in original position, matches mask. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Leishmania RNA virus 1 - 4
全体 | 名称: Leishmania RNA virus 1 - 4 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Leishmania RNA virus 1 - LgM5313
超分子 | 名称: Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1285422 / 生物種: Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Leishmania guyanensis (ガイアナリーシュマニア) 株: MHOM/BR/75/M4147 |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 422.0 Å / T番号(三角分割数): 2 |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Subunit A model for residues 15-204, 210-520, 541-635. Subunit B model for residues 19-290, 300-517, 541-576, 583-642.,Subunit A model for residues 15-204, 210-520, 541-635. Subunit B model ...詳細: Subunit A model for residues 15-204, 210-520, 541-635. Subunit B model for residues 19-290, 300-517, 541-576, 583-642.,Subunit A model for residues 15-204, 210-520, 541-635. Subunit B model for residues 19-290, 300-517, 541-576, 583-642. コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Leishmania RNA virus 1 - 4 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 87.53693 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MADIPNSDKI ACGRKPMFCE IIKLANRKRL IFNTTDERVY DARLNYCSTA DSTVQADCHI YWRLKLRRTD AVFEEYTGQG YSLDTAAYP QQYTDIIRGY YSKHVSSSLA ANTQHFVNVL AMLRHAGACI AHYCMTGKID FDILSKKKHK NKEVVTLSNA D SLSFLPHS ...文字列: MADIPNSDKI ACGRKPMFCE IIKLANRKRL IFNTTDERVY DARLNYCSTA DSTVQADCHI YWRLKLRRTD AVFEEYTGQG YSLDTAAYP QQYTDIIRGY YSKHVSSSLA ANTQHFVNVL AMLRHAGACI AHYCMTGKID FDILSKKKHK NKEVVTLSNA D SLSFLPHS ALYLPSPLRA SDPEIFNMLY LLGCACDASI AMDNISNTSG AAKYSMPHYN PLQLSHALHV TIFYMLSLMD SC GYGDDAV LALTSGLHSV TTVIAHSDEG GITRDALREL SYTQPYGTMP VPIAGYFQHI NVLFTTQPAW DQFAGIWDYV ILA TAALVH LSDPGMTVND VTYPTTLTTK VATVDGRNSD LAAQMMHSAT RFCDIFVENL STFWGVVANP DGNASQALLH AFNI VACAV EPNRHLEMNV MAPWYWVESS ALFCDYAPFR SPISSAGYGP QCVYGARLVL AATNSLEFTG EAGDYSAYRF EWTTM RHNP LFNILNKRVG DGLANVDFRL RPFNEWLLEG QPSRRSCNSA GHGTPTATCS HKTPNHDTLD EYIWGSTSCD LFHPAE LTS YTAVCVRFRN YLSGADGDVR ILNTPTREVI EGNVVTRCDG IRCLDSNKRI QHVPEVARRY CMMARYLAQA RTFGALT IG DDIIRGFDKV EKIVKMHKSN NRLDQMPLID VTGLCQPMIE TSTVRASTTT RIDPNKLAAA TARVELPLAP RCTSSLIP S SDTVPEPEPQ VGEPGDNGGC APDLGTGGGS GIEGRGSMDI GDPNSVQALA RLQASSVDKL AAALEHHHHH HHH UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 15 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: blot force 3 blot time 5 wait time 10. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12000 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 21.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0005 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.0005 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |