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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10587 | |||||||||
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タイトル | Structure of Plasmodium Actin1 filament | |||||||||
マップデータ | global B-factor sharpening | |||||||||
試料 |
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キーワード | malaria / Plasmodium falciparum / myosin / unconventional / filament / MOTOR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plastid inheritance / schizogony / symbiont-mediated actin polymerization-dependent cell-to-cell migration in host / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Neutrophil degranulation / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / cytoskeleton organization / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton ...plastid inheritance / schizogony / symbiont-mediated actin polymerization-dependent cell-to-cell migration in host / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Neutrophil degranulation / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / cytoskeleton organization / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / actin cytoskeleton / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Vahokoski J / Calder LJ | |||||||||
資金援助 | ノルウェー, 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022 タイトル: High-resolution structures of malaria parasite actomyosin and actin filaments. 著者: Juha Vahokoski / Lesley J Calder / Andrea J Lopez / Justin E Molloy / Inari Kursula / Peter B Rosenthal / 要旨: Malaria is responsible for half a million deaths annually and poses a huge economic burden on the developing world. The mosquito-borne parasites (Plasmodium spp.) that cause the disease depend upon ...Malaria is responsible for half a million deaths annually and poses a huge economic burden on the developing world. The mosquito-borne parasites (Plasmodium spp.) that cause the disease depend upon an unconventional actomyosin motor for both gliding motility and host cell invasion. The motor system, often referred to as the glideosome complex, remains to be understood in molecular terms and is an attractive target for new drugs that might block the infection pathway. Here, we present the high-resolution structure of the actomyosin motor complex from Plasmodium falciparum. The complex includes the malaria parasite actin filament (PfAct1) complexed with the class XIV myosin motor (PfMyoA) and its two associated light-chains. The high-resolution core structure reveals the PfAct1:PfMyoA interface in atomic detail, while at lower-resolution, we visualize the PfMyoA light-chain binding region, including the essential light chain (PfELC) and the myosin tail interacting protein (PfMTIP). Finally, we report a bare PfAct1 filament structure at improved resolution. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10587.map.gz | 8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10587-v30.xml emd-10587.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10587.png | 174.4 KB | ||
マスクデータ | emd_10587_msk_1.map | 134.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10587.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_10587_additional_1.map.gz emd_10587_half_map_1.map.gz emd_10587_half_map_2.map.gz | 105.4 MB 105.6 MB 105.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10587 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10587_validation.pdf.gz | 665.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10587_full_validation.pdf.gz | 665.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10587_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10587_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10587 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | global B-factor sharpening | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10587_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_10587_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10587_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10587_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PfAct1 filament
全体 | 名称: PfAct1 filament |
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要素 |
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-超分子 #1: PfAct1 filament
超分子 | 名称: PfAct1 filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
-分子 #1: Actin-1
分子 | 名称: Actin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 42.047676 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GAMGEEDVQA LVVDNGSGNV KAGVAGDDAP RSVFPSIVGR PKNPGIMVGM EEKDAFVGDE AQTKRGILTL KYPIEHGIVT NWDDMEKIW HHTFYNELRA APEEHPVLLT EAPLNPKGNR ERMTQIMFES FNVPAMYVAI QAVLSLYSSG RTTGIVLDSG D GVSHTVPI ...文字列: GAMGEEDVQA LVVDNGSGNV KAGVAGDDAP RSVFPSIVGR PKNPGIMVGM EEKDAFVGDE AQTKRGILTL KYPIEHGIVT NWDDMEKIW HHTFYNELRA APEEHPVLLT EAPLNPKGNR ERMTQIMFES FNVPAMYVAI QAVLSLYSSG RTTGIVLDSG D GVSHTVPI YEGYALPHAI MRLDLAGRDL TEYLMKILHE RGYGFSTSAE KEIVRDIKEK LCYIALNFDE EMKTSEQSSD IE KSYELPD GNIITVGNER FRCPEALFQP SFLGKEAAGI HTTTFNSIKK CDVDIRKDLY GNIVLSGGTT MYEGIGERLT RDI TTLAPS TMKIKVVAPP ERKYSVWIGG SILSSLSTFQ QMWITKEEYD ESGPSIVHRK CF UniProtKB: Actin-1 |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: Jasplakinolide
分子 | 名称: Jasplakinolide / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: 9UE |
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分子量 | 理論値: 709.67 Da |
Chemical component information | ChemComp-9UE: |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 140 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 51.52 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 28.3692 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -167.652 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 使用した粒子像数: 305480 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: a cylinder |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |