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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10539 | |||||||||
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タイトル | Processive human polymerase delta holoenzyme | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Protein / REPLICATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 delta DNA polymerase complex / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / nucleotide-excision repair complex / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity ...delta DNA polymerase complex / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / nucleotide-excision repair complex / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / MutLalpha complex binding / nuclear lamina / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / Removal of the Flap Intermediate / 3'-5'-DNA exonuclease activity / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / DNA replication proofreading / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / replisome / aggresome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / response to L-glutamate / histone acetyltransferase binding / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA biosynthetic process / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / DNA polymerase processivity factor activity / G1/S-Specific Transcription / leading strand elongation / replication fork processing / response to dexamethasone / nuclear replication fork / SUMOylation of DNA replication proteins / estrous cycle / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / fatty acid homeostasis / mismatch repair / translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / response to cadmium ion / DNA polymerase binding / response to UV / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / positive regulation of endothelial cell proliferation / epithelial cell differentiation / base-excision repair, gap-filling / positive regulation of DNA repair / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / replication fork / liver regeneration / nuclear estrogen receptor binding / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / receptor tyrosine kinase binding / DNA-templated DNA replication / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / cellular response to xenobiotic stimulus / response to estradiol / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / heart development / protein-macromolecule adaptor activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear body / DNA repair / nucleotide binding / centrosome / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Lancey C / Hamdan SM | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structure of the processive human Pol δ holoenzyme. 著者: Claudia Lancey / Muhammad Tehseen / Vlad-Stefan Raducanu / Fahad Rashid / Nekane Merino / Timothy J Ragan / Christos G Savva / Manal S Zaher / Afnan Shirbini / Francisco J Blanco / Samir M ...著者: Claudia Lancey / Muhammad Tehseen / Vlad-Stefan Raducanu / Fahad Rashid / Nekane Merino / Timothy J Ragan / Christos G Savva / Manal S Zaher / Afnan Shirbini / Francisco J Blanco / Samir M Hamdan / Alfredo De Biasio / 要旨: In eukaryotes, DNA polymerase δ (Pol δ) bound to the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) replicates the lagging strand and cooperates with flap endonuclease 1 (FEN1) to process the Okazaki ...In eukaryotes, DNA polymerase δ (Pol δ) bound to the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) replicates the lagging strand and cooperates with flap endonuclease 1 (FEN1) to process the Okazaki fragments for their ligation. We present the high-resolution cryo-EM structure of the human processive Pol δ-DNA-PCNA complex in the absence and presence of FEN1. Pol δ is anchored to one of the three PCNA monomers through the C-terminal domain of the catalytic subunit. The catalytic core sits on top of PCNA in an open configuration while the regulatory subunits project laterally. This arrangement allows PCNA to thread and stabilize the DNA exiting the catalytic cleft and recruit FEN1 to one unoccupied monomer in a toolbelt fashion. Alternative holoenzyme conformations reveal important functional interactions that maintain PCNA orientation during synthesis. This work sheds light on the structural basis of Pol δ's activity in replicating the human genome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10539.map.gz | 15.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10539-v30.xml emd-10539.xml | 25.3 KB 25.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10539_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10539.png | 58.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10539.cif.gz | 8.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10539 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10539 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10539_validation.pdf.gz | 189.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10539_full_validation.pdf.gz | 189.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10539_validation.xml.gz | 503 B | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10539_validation.cif.gz | 374 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10539 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10539 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6tnyMC 6s1mC 6s1nC 6s1oC 6tnzC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10823 (タイトル: Cryo electron micrographs of Pol delta-PCNA-DNA-FEN1 sample Data size: 1.6 TB Data #1: Cryo-electron micrographs of Pol delta-FEN1 toolbelt [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Toolbelt
+超分子 #1: Toolbelt
+超分子 #2: DNA polymerase
+超分子 #3: Proliferating cell nuclear antigen
+超分子 #4: DNA primer, template
+分子 #1: DNA polymerase delta catalytic subunit
+分子 #2: DNA polymerase delta subunit 2
+分子 #3: DNA polymerase delta subunit 3
+分子 #4: DNA polymerase delta subunit 4
+分子 #5: Proliferating cell nuclear antigen
+分子 #6: DNA primer
+分子 #7: DNA template
+分子 #8: ZINC ION
+分子 #9: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #10: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 300 sec. | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||||||||
詳細 | Complex separated by gel filtration |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5071 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 44.0 e/Å2 / 詳細: Data were collected in super resolution mode |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 57471 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |