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- EMDB-10324: IC2 head of cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal transl... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10324
タイトルIC2 head of cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex devoid of aIF1 in P. abyssi
マップデータIC2 head map
試料
  • 複合体: Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2 head
    • 複合体: 30S
      • RNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
      • RNA: x 1種
    • 複合体: translation initiation factor 1A
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S3, archaeal / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A ...Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S3, archaeal / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Zinc-binding ribosomal protein / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Translation initiation factor 1A / Small ribosomal subunit protein uS9 ...Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Translation initiation factor 1A / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) / Escherichia coli (大腸菌) / Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Coureux P-D / Mechulam Y / Schmitt E
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-17-CE11-0037 フランス
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM study of an archaeal 30S initiation complex gives insights into evolution of translation initiation.
著者: Pierre-Damien Coureux / Christine Lazennec-Schurdevin / Sophie Bourcier / Yves Mechulam / Emmanuelle Schmitt /
要旨: Archaeal translation initiation occurs within a macromolecular complex containing the small ribosomal subunit (30S) bound to mRNA, initiation factors aIF1, aIF1A and the ternary complex aIF2:GDPNP: ...Archaeal translation initiation occurs within a macromolecular complex containing the small ribosomal subunit (30S) bound to mRNA, initiation factors aIF1, aIF1A and the ternary complex aIF2:GDPNP:Met-tRNA. Here, we determine the cryo-EM structure of a 30S:mRNA:aIF1A:aIF2:GTP:Met-tRNA complex from Pyrococcus abyssi at 3.2 Å resolution. It highlights archaeal features in ribosomal proteins and rRNA modifications. We find an aS21 protein, at the location of eS21 in eukaryotic ribosomes. Moreover, we identify an N-terminal extension of archaeal eL41 contacting the P site. We characterize 34 N-acetylcytidines distributed throughout 16S rRNA, likely contributing to hyperthermostability. Without aIF1, the 30S head is stabilized and initiator tRNA is tightly bound to the P site. A network of interactions involving tRNA, mRNA, rRNA modified nucleotides and C-terminal tails of uS9, uS13 and uS19 is observed. Universal features and domain-specific idiosyncrasies of translation initiation are discussed in light of ribosomal structures from representatives of each domain of life.
履歴
登録2019年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-6swe
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10324.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10324.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IC2 head map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.004 / ムービー #1: 0.004
最小 - 最大-0.02097708 - 0.05286314
平均 (標準偏差)-0.00027031792 (±0.0014324628)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ348348348
Spacing348348348
セルA=B=C: 379.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z348348348
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z379.320379.320379.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS348348348
D min/max/mean-0.0210.053-0.000

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_10324_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: IC2 head postprocessed map

ファイルemd_10324_additional.map
注釈IC2 head postprocessed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: IC2 head half2 map

ファイルemd_10324_half_map_1.map
注釈IC2 head half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: IC2 head half1 map

ファイルemd_10324_half_map_2.map
注釈IC2 head half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2 head

全体名称: Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2 head
要素
  • 複合体: Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2 head
    • 複合体: 30S
      • RNA: 16S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S28e
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S27ae
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L7Ae
    • 複合体: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
      • RNA: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
    • 複合体: translation initiation factor 1A
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor 1A
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2 head

超分子名称: Archaeal translation initiation complex devoid of aIF1 - IC2 head
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
分子量理論値: 1.05 MDa

+
超分子 #2: 30S

超分子名称: 30S / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)

+
超分子 #3: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)

超分子名称: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #4: translation initiation factor 1A

超分子名称: translation initiation factor 1A / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #15
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 152.069453 KDa
配列文字列: GUAAGGCGGG GGAGCACUAC AAGGGGUGGA GCGUGCGGUU UAAUUGGAU(B8H) (5MC)AACGCCGGG AACCUCAC (4AC) GGGGGCGACG GCAGGAUGAA GGCCAGGCUG AAGGUCUUGC CGGACGCGCC GAGAGGAGGU GCAUGGCCGC (4AC) GUCAGCUC ...文字列:
GUAAGGCGGG GGAGCACUAC AAGGGGUGGA GCGUGCGGUU UAAUUGGAU(B8H) (5MC)AACGCCGGG AACCUCAC (4AC) GGGGGCGACG GCAGGAUGAA GGCCAGGCUG AAGGUCUUGC CGGACGCGCC GAGAGGAGGU GCAUGGCCGC (4AC) GUCAGCUC GGCGUCCACU UAAGUGUGGU AACGAGCGAG ACCCGCGCCC CCAGUUGCCA GUCCCUCCCG CUCGGGAGGG AG GCACUCU GGGGGGACUG CCGGCGAUAA GC(4AC)GGAGGAA GGGGCGGGCG ACGGUAGGUC AGUAUGCCC(4AC) GAAAC CCC(4AC) GGGCUACA(5MC)G CGCGCUACAA UGGGCGGGAC AAUGGGUGC(4AC) GACCC(4AC)GAAA GGGGGAGGUA AUCCCCUAA ACCCGCCCUC AGUUCGGAUC GCGGGCUGCA ACUCGCCCGC GUGAAGCUGG AAUCCCUAGU ACCCGCGCGU C AUCAUCGC GCGGCGAAUA CGUCCCUGCU CCUU

+
分子 #14: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)

分子名称: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
タイプ: rna / ID: 14 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 5.761509 KDa
配列文字列:
GUCGGG(OMC)UCA UAACCCGA

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 24.662818 KDa
配列文字列: MAKPLSERFF IPHEIKVMGR WSTEDVEVRD PSLKPYINLE PRLLPHTHGR HAKKHFGKAN VHIVERLINK IMRSGGSHYK VAGHFMRRE HRSLNSKKVK AYEVVKEAFK IIEKRTGKNP IQVLVWAIEN AAPREDTTSV MFGGIRYHVA VDISPMRRLD V ALRNIALG ...文字列:
MAKPLSERFF IPHEIKVMGR WSTEDVEVRD PSLKPYINLE PRLLPHTHGR HAKKHFGKAN VHIVERLINK IMRSGGSHYK VAGHFMRRE HRSLNSKKVK AYEVVKEAFK IIEKRTGKNP IQVLVWAIEN AAPREDTTSV MFGGIRYHVA VDISPMRRLD V ALRNIALG ASAKCYRTKM SFAEALAEEI ILAANKDPKS YAYSKKLEIE RIAESSR

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 15.293867 KDa
配列文字列:
MRIIQTTGKR KTAIARAVIR EGKGRVRING KPVELVEPEI ARFTILEPLI LAGEEIWNSV DIDVKVQGGG FMGQAEAARI AIARALVEW TGDMNLKEKF IKYDRTMLVG DPRRTEPHKP NRSTKGPRAK RQKSYR

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 11.795769 KDa
配列文字列:
MQKARIKLAS TNVRSLEEVA NQIKQIAERT GVRMSGPIPL PTKRIRIVTR KSPDGEGSAT FDRWELRIHK RLIDIEADER AMRQIMRIR VPEDVTIEIE LIS

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 16.992912 KDa
配列文字列:
MADFRHIVRV AGVDLDGNKQ LRWALTAIKG VGINFATMVC RVAGLDPFMK AGYLTDEQVK KIEEILQDPV AHGIPRWAVN RPKDYETGR DLHLITAKLD MAIREDIMRL RRIRAYRGIR HELGLPVRGQ RTRSNFRRGQ TVGVSRKKK

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 6.644064 KDa
配列文字列:
MAKADYNKRK PRKFGKGARR CIRCGQYGPI IRIHGLMLCR HCFREVAPKL GFRKYE

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S17e

分子名称: 30S ribosomal protein S17e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 8.059528 KDa
配列文字列:
MGKIRQGFIK RVARELFNKY PNEFTRDFEH NKKKVEELTN VTSKKIRNRI AGYITKLVRM KEEGKIL

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 15.307319 KDa
配列文字列:
MARKEFRYRG YTLEQLMNMS LEELAKLLPA RQRRSLKRGL TPEQKKLLRK IRLAKKGKYN KPIRTHCRDM IVLPEMVGLT IYVHNGKEF VPVEIKPEMI GHYLGEFAPT RKRVQHGAPG IGATRSSMFV AVK

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S19e

分子名称: 30S ribosomal protein S19e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 17.42225 KDa
配列文字列:
MATVYDVPGD LLVERVAQRL KEIPEIKPPE WAPFVKTGRH KERLPEQEDW WYYRVASILR RVYLDGPVGI ERLRTYYGGR KNRGHAPER FYKAGGSIIR KALQQLEAAG FVEKVPGKGR VITPKGRSFL DKIATELKKE LEEIIPELKK Y

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S28e

分子名称: 30S ribosomal protein S28e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 8.102305 KDa
配列文字列:
MAEDEGYPAE VIEIIGRTGT TGDVTQVKVR ILEGRDKGRV IRRNVRGPVR VGDILILRET EREAREIKSR R

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S27ae

分子名称: 30S ribosomal protein S27ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 5.992168 KDa
配列文字列:
MGQKWKLYIV KDGKVIRKNK FCPRCGPGVF MADHGDRWAC GRCGYTEWKK K

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 23.472309 KDa
配列文字列: MAIERYFIRE AVKEMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVIIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE RQFGLENPQI DVQEIKNPY LNAKVQAVRI AQALERGIHF RRAAYAAMRA IMSNGARGVE IRISGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSKGYAQ ...文字列:
MAIERYFIRE AVKEMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVIIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE RQFGLENPQI DVQEIKNPY LNAKVQAVRI AQALERGIHF RRAAYAAMRA IMSNGARGVE IRISGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSKGYAQ ALLKLGVIGV KVAIMPPDAR LPDEIEIIEK PVEEEVSSNE AE

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L7Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L7Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 13.442678 KDa
配列文字列:
MAKPSYVKFE VPKELAEKAL QAVEIARDTG KIRKGTNETT KAVERGQAKL VIIAEDVDPE EIVAHLPPLC EEKEIPYIYV PSKKELGAA AGIEVAAASV AIIEPGKARD LVEEIAMKVR ELMK

+
分子 #15: Translation initiation factor 1A

分子名称: Translation initiation factor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 13.078265 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPKKERKVEG DEVIRVPLPE GNQLFGVVEQ ALGAGWMDVR CEDGKIRRCR IPGKLRRRVW IRVGDLVIVQ PWPVQSDKRG DIVYRYTQT QVDWLLRKGK ITQEFLTGGS LLVE

+
分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 8 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #17: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #18: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 18 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 142000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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