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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10060 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human inner arm dynein DNAH7 microtubule binding domain bound to microtubules | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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キーワード | filament / complex / MOTOR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 inner dynein arm / inner dynein arm assembly / axonemal dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / cilium-dependent cell motility / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport ...inner dynein arm / inner dynein arm assembly / axonemal dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / cilium-dependent cell motility / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / cilium movement involved in cell motility / 9+2 motile cilium / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / Aggrephagy / positive regulation of intracellular transport / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / cilium movement / regulation of metaphase plate congression / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / establishment of spindle localization / positive regulation of spindle assembly / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / manchette / dynein complex / MHC class II antigen presentation / minus-end-directed microtubule motor activity / retrograde axonal transport / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / P-body assembly / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / nuclear migration / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / COPI-mediated anterograde transport / microtubule motor activity / dynein intermediate chain binding / cytoplasmic microtubule / cytoplasmic microtubule organization / stress granule assembly / regulation of mitotic spindle organization / axon cytoplasm / Neutrophil degranulation / mitotic spindle organization / filopodium / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cilium / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / nuclear envelope / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell cortex / microtubule / cell division / axon / GTPase activity / centrosome / neuronal cell body / calcium ion binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Lacey SE / He S | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM of dynein microtubule-binding domains shows how an axonemal dynein distorts the microtubule. 著者: Samuel E Lacey / Shaoda He / Sjors Hw Scheres / Andrew P Carter / 要旨: Dyneins are motor proteins responsible for transport in the cytoplasm and the beating of axonemes in cilia and flagella. They bind and release microtubules via a compact microtubule-binding domain ...Dyneins are motor proteins responsible for transport in the cytoplasm and the beating of axonemes in cilia and flagella. They bind and release microtubules via a compact microtubule-binding domain (MTBD) at the end of a coiled-coil stalk. We address how cytoplasmic and axonemal dynein MTBDs bind microtubules at near atomic resolution. We decorated microtubules with MTBDs of cytoplasmic dynein-1 and axonemal dynein DNAH7 and determined their cryo-EM structures using helical Relion. The majority of the MTBD is rigid upon binding, with the transition to the high-affinity state controlled by the movement of a single helix at the MTBD interface. DNAH7 contains an 18-residue insertion, found in many axonemal dyneins, that contacts the adjacent protofilament. Unexpectedly, we observe that DNAH7, but not dynein-1, induces large distortions in the microtubule cross-sectional curvature. This raises the possibility that dynein coordination in axonemes is mediated via conformational changes in the microtubule. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10060.map.gz | 69.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10060-v30.xml emd-10060.xml | 26.9 KB 26.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10060.png | 181.7 KB | ||
マスクデータ | emd_10060_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10060.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_10060_additional.map.gz emd_10060_half_map_1.map.gz emd_10060_half_map_2.map.gz | 66.3 MB 411 MB 411 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10060 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10060 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10060_validation.pdf.gz | 1010.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10060_full_validation.pdf.gz | 1009.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10060_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10060_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10060 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10060 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.085 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10060_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: None
ファイル | emd_10060_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Symmetrised half map
ファイル | emd_10060_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Symmetrised half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Symmetrised half map
ファイル | emd_10060_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Symmetrised half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : DNAH7 microtubule binding domain bound to microtubules
+超分子 #1: DNAH7 microtubule binding domain bound to microtubules
+超分子 #2: DNAH7
+超分子 #3: tubulin
+分子 #1: Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1,Dynein heavy chain 7, axonemal...
+分子 #2: Tubulin alpha-1B chain
+分子 #3: Tubulin beta chain
+分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #5: MAGNESIUM ION
+分子 #6: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #7: TAXOL
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 67.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 41984 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6rza: |