+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10001 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of modified Turnip Yellows Virus devoid of minor capsid protein readthrough domain | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | virus | |||||||||
機能・相同性 | Luteovirus group 1 coat protein / Luteovirus coat protein / T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Major capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Turnip yellows virus (isolate FL-1) (ウイルス) / Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | |||||||||
データ登録者 | Trapani S / Lai Kee Him J | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of modified Turnip Yellows Virus devoid of minor capsid protein readthrough domain 著者: Trapani S / Lai Kee Him J / Boissinot S / Reinbold C / Fallet C / Ancelin A / Lecorre F / Hoh F / Ziegler-Graff V / Brault V / Bron P | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10001.map.gz | 194.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10001-v30.xml emd-10001.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10001_fsc.xml | 13.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10001.png | 264.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10001.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_10001_additional.map.gz emd_10001_half_map_1.map.gz emd_10001_half_map_2.map.gz | 164.7 MB 165.3 MB 165.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10001 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10001 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10001_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10001_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10001_validation.xml.gz | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10001_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10001 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10001 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10001.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.225 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_10001_additional.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half 1 map
ファイル | emd_10001_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half_1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half 2 map
ファイル | emd_10001_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half_2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Beet western yellows virus-FL1
全体 | 名称: Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Beet western yellows virus-FL1
超分子 | 名称: Beet western yellows virus-FL1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12043 / 生物種: Beet western yellows virus-FL1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Turnip yellows virus (isolate FL-1) (ウイルス) 株: isolate FL-1 |
分子量 | 理論値: 22.52252 KDa |
配列 | 文字列: MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVFS KDNLAGSSSG AITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS SQNSGSIAYE LDPHCKLNSL SSTINKFGIT KPGKRAFTAS Y INGTEWHD ...文字列: MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVFS KDNLAGSSSG AITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS SQNSGSIAYE LDPHCKLNSL SSTINKFGIT KPGKRAFTAS Y INGTEWHD VAEDQFRILY KGNGSSSIAG SFRITIKCQF HNPK UniProtKB: Major capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 6 / 構成要素 - 濃度: 0.1 mol / L / 構成要素 - 名称: citrate |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
---|---|
得られたモデル | PDB-6rtk: |