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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0880 | |||||||||
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タイトル | The atomic structure of varicella-zoster virus A-capsid | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of varicella-zoster virus A-capsid | |||||||||
試料 |
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キーワード | Herpesvirus / varicella-zoster virus / capsid / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=16 icosahedral viral capsid / viral capsid assembly / viral process / virion component / viral capsid / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) / Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zheng Q / Li S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020 タイトル: Near-atomic cryo-electron microscopy structures of varicella-zoster virus capsids. 著者: Wei Wang / Qingbing Zheng / Dequan Pan / Hai Yu / Wenkun Fu / Jian Liu / Maozhou He / Rui Zhu / Yuze Cai / Yang Huang / Zhenghui Zha / Zhenqin Chen / Xiangzhong Ye / Jinle Han / Yuqiong Que / ...著者: Wei Wang / Qingbing Zheng / Dequan Pan / Hai Yu / Wenkun Fu / Jian Liu / Maozhou He / Rui Zhu / Yuze Cai / Yang Huang / Zhenghui Zha / Zhenqin Chen / Xiangzhong Ye / Jinle Han / Yuqiong Que / Ting Wu / Jun Zhang / Shaowei Li / Hua Zhu / Z Hong Zhou / Tong Cheng / Ningshao Xia / 要旨: Varicella-zoster virus (VZV) is a medically important human herpesvirus that causes chickenpox and shingles, but its cell-associated nature has hindered structure studies. Here we report the cryo- ...Varicella-zoster virus (VZV) is a medically important human herpesvirus that causes chickenpox and shingles, but its cell-associated nature has hindered structure studies. Here we report the cryo-electron microscopy structures of purified VZV A-capsid and C-capsid, as well as of the DNA-containing capsid inside the virion. Atomic models derived from these structures show that, despite enclosing a genome that is substantially smaller than those of other human herpesviruses, VZV has a similarly sized capsid, consisting of 955 major capsid protein (MCP), 900 small capsid protein (SCP), 640 triplex dimer (Tri2) and 320 triplex monomer (Tri1) subunits. The VZV capsid has high thermal stability, although with relatively fewer intra- and inter-capsid protein interactions and less stably associated tegument proteins compared with other human herpesviruses. Analysis with antibodies targeting the N and C termini of the VZV SCP indicates that the hexon-capping SCP-the largest among human herpesviruses-uses its N-terminal half to bridge hexon MCP subunits and possesses a C-terminal flexible half emanating from the inner rim of the upper hexon channel into the tegument layer. Correlation of these structural features and functional observations provide insights into VZV assembly and pathogenesis and should help efforts to engineer gene delivery and anticancer vectors based on the currently available VZV vaccine. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0880.map.gz | 7.3 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0880-v30.xml emd-0880.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0880.png | 185.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0880.cif.gz | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0880 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0880 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0880_validation.pdf.gz | 843.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0880_full_validation.pdf.gz | 842.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0880_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0880_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0880 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0880 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0880.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of varicella-zoster virus A-capsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.307 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human alphaherpesvirus 3
全体 | 名称: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human alphaherpesvirus 3
超分子 | 名称: Human alphaherpesvirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10335 / 生物種: Human alphaherpesvirus 3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) |
分子量 | 理論値: 155.145359 KDa |
配列 | 文字列: MTTVSCPANV ITTTESDRIA GLFNIPAGII PTGNVLSTIE VCAHRCIFDF FKQIRSDDNS LYSAQFDILL GTYCNTLNFV RFLELGLSV ACICTKFPEL AYVRDGVIQF EVQQPMIARD GPHPVDQPVH NYMVKRIHKR SLSAAFAIAS EALSLLSNTY V DGTEIDSS ...文字列: MTTVSCPANV ITTTESDRIA GLFNIPAGII PTGNVLSTIE VCAHRCIFDF FKQIRSDDNS LYSAQFDILL GTYCNTLNFV RFLELGLSV ACICTKFPEL AYVRDGVIQF EVQQPMIARD GPHPVDQPVH NYMVKRIHKR SLSAAFAIAS EALSLLSNTY V DGTEIDSS LRIRAIQQMA RNLRTVLDSF ERGTADQLLG VLLEKAPPLS LLSPINKFQP EGHLNRVARA ALLSDLKRRV CA DMFFMTR HAREPRLISA YLSDMVSCTQ PSVMVSRITH TNTRGRQVDG VLVTTATLKR QLLQGILQID DTAADVPVTY GEM VLQGTN LVTALVMGKA VRGMDDVARH LLDITDPNTL NIPSIPPQSN SDSTTAGLPV NARVPADLVI VGDKLVFLEA LERR VYQAT RVAYPLIGNI DITFIMPMGV FQANSMDRYT RHAGDFSTVS EQDPRQFPPQ GIFFYNKDGI LTQLTLRDAM GTICH SSLL DVEATLVALR QQHLDRQCYF GVYVAEGTED TLDVQMGRFM ETWADMMPHH PHWVNEHLTI LQFIAPSNPR LRFELN PAF DFFVAPGDVD LPGPQRPPEA MPTVNATLRI INGNIPVPLC PISFRDCRGT QLGLGRHTMT PATIKAVKDT FEDRAYP TI FYMLEAVIHG NERNFCALLR LLTQCIRGYW EQSHRVAFVN NFHMLMYITT YLGNGELPEV CINIYRDLLQ HVRALRQT I TDFTIQGEGH NGETSEALNN ILTDDTFIAP ILWDCDALIY RDEAARDRLP AIRVSGRNGY QALHFVDMAG HNFQRRDNV LIHGRPVRGD TGQGIPITPH HDREWGILSK IYYYIVIPAF SRGSCCTMGV RYDRLYPALQ AVIVPEIPAD EEAPTTPEDP RHPLHAHQL VPNSLNVYFH NAHLTVDGDA LLTLQELMGD MAERTTAILV SSAPDAGAAT ATTRNMRIYD GALYHGLIMM A YQAYDETI ATGTFFYPVP VNPLFACPEH LASLRGMTNA RRVLAKMVPP IPPFLGANHH ATIRQPVAYH VTHSKSDFNT LT YSLLGGY FKFTPISLTH QLRTGFHPGI AFTVVRQDRF ATEQLLYAER ASESYFVGQI QVHHHDAIGG VNFTLTQPRA HVD LGVGYT AVCATAALRC PLTDMGNTAQ NLFFSRGGVP MLHDNVTESL RRITASGGRL NPTEPLPIFG GLRPATSAGI ARGQ ASVCE FVAMPVSTDL QYFRTACNPR GRASGMLYMG DRDADIEAIM FDHTQSDVAY TDRATLNPWA SQKHSYGDRL YNGTY NLTG ASPIYSPCFK FFTPAEVNTN CNTLDRLLME AKAVASQSST DTEYQFKRPP GSTEMTQDPC GLFQEAYPPL CSSDAA MLR TAHAGETGAD EVHLAQYLIR DASPLRGCLP LPR UniProtKB: Major capsid protein |
-分子 #2: Small capsomere-interacting protein
分子 | 名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) |
分子量 | 理論値: 24.440119 KDa |
配列 | 文字列: MTQPASSRVV FDPSNPTTFS VEAIAAYTPV ALIRLLNASG PLQPGHRVDI ADARSIYTVG AAASAARARA NHNANTIRRT AMFAETDPM TWLRPTVGLK RTFNPRIIRP QPPNPSMSLG ISGPTILPQK TQSADQSALQ QPAALAFSGS SPQHPPPQTT S ASVGQQQH ...文字列: MTQPASSRVV FDPSNPTTFS VEAIAAYTPV ALIRLLNASG PLQPGHRVDI ADARSIYTVG AAASAARARA NHNANTIRRT AMFAETDPM TWLRPTVGLK RTFNPRIIRP QPPNPSMSLG ISGPTILPQK TQSADQSALQ QPAALAFSGS SPQHPPPQTT S ASVGQQQH VVSGSSGQQP QQGAQSSTVQ PTTGSPPAAQ GVPQSTPPPT QNTPQGGKGQ TLSHTGQSGN ASRSRRV UniProtKB: Small capsomere-interacting protein |
-分子 #3: Triplex capsid protein 1
分子 | 名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.02818 KDa |
配列 | 文字列: MGSQPTNSHF TLNEQTLCGT NISLLGNNRF IQIGNGLHMT YAPGFFGNWS RDLTIGPRFG GLNKQPIHVP PKRTETASIQ VTPRSIVIN RMNNIQINPT SIGNPQVTIR LPLNNFKSTT QLIQQVSLTD FFRPDIEHAG SIVLILRHPS DMIGEANTLT Q AGRDPDVL ...文字列: MGSQPTNSHF TLNEQTLCGT NISLLGNNRF IQIGNGLHMT YAPGFFGNWS RDLTIGPRFG GLNKQPIHVP PKRTETASIQ VTPRSIVIN RMNNIQINPT SIGNPQVTIR LPLNNFKSTT QLIQQVSLTD FFRPDIEHAG SIVLILRHPS DMIGEANTLT Q AGRDPDVL LEGLRNLFNA CTAPWTVGEG GGLRAYVTSL SFIAACRAEE YTDKQAADAN RTAIVSAYGC SRMETRLIRF SE CLRAMVQ CHVFPHRFIS FFGSLLEYTI QDNLCNITAV AKGPQEAART DKTSTRRVTA NIPACVFWDV DKDLHLSADG LKH VFLVFV YTQRRQREGV RLHLALSQLN EQCFGRGIGF LLGRIRAENA AWGTEGVANT HQPYNTRALP LVQLSNDPTS PRCS IGEIT GVNWNLARQR LYQWTGDFRG LPTQLSCMYA AYTLIGTIPS ESVRYTRRME RFGGYNVPTI WLEGVVWGGT NTWNE CYY UniProtKB: Capsid protein |
-分子 #4: Triplex capsid protein 2
分子 | 名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human herpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス) |
分子量 | 理論値: 34.421914 KDa |
配列 | 文字列: MAMPFEIEVL LPGELSPAET SALQKCEGKI ITFSTLRHRA SLVDIALSSY YINGAPPDTL SLLEAYRMRF AAVITRVIPG KLLAHAIGV GTPTPGLFIQ NTSPVDLCNG DYICLLPPVF GSADSIRLDS VGLEIVFPLT IPQTLMREII AKVVARAVER T AAGAQILP ...文字列: MAMPFEIEVL LPGELSPAET SALQKCEGKI ITFSTLRHRA SLVDIALSSY YINGAPPDTL SLLEAYRMRF AAVITRVIPG KLLAHAIGV GTPTPGLFIQ NTSPVDLCNG DYICLLPPVF GSADSIRLDS VGLEIVFPLT IPQTLMREII AKVVARAVER T AAGAQILP HEVLRGADVI CYNGRRYELE TNLQHRDGSD AAIRTLVLNL MFSINEGCLL LLALIPTLLV QGAHDGYVNL LI QTANCVR ETGQLINIPP MPRIQDGHRR FPIYETISSW ISTSSRLGDT LGTRAILRVC VFDGPSTVHP GDRTAVIQV UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22983 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: REAL |
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得られたモデル | PDB-6lgl: |