[日本語] English
万見
- EMDB-0730: CryoEM map and model of Nitrite Reductase at pH 6.2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0730
タイトルCryoEM map and model of Nitrite Reductase at pH 6.2
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Nitrite reductase
    • タンパク質・ペプチド: Copper-containing nitrite reductase
  • リガンド: COPPER (II) ION
キーワードCu containing nitrite reductase / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Adachi N / Yamaguchi T / Moriya T / Kawasaki M / Koiwai K / Shinoda A / Yamada Y / Yumoto F / Kohzuma T / Senda T
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101071 日本
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021
タイトル: 2.85 and 2.99 Å resolution structures of 110 kDa nitrite reductase determined by 200 kV cryogenic electron microscopy.
著者: Naruhiko Adachi / Takahide Yamaguchi / Toshio Moriya / Masato Kawasaki / Kotaro Koiwai / Akira Shinoda / Yusuke Yamada / Fumiaki Yumoto / Takamitsu Kohzuma / Toshiya Senda /
要旨: Cu-containing nitrite reductases (NiRs) are 110 kDa enzymes that play central roles in denitrification. Although the NiRs have been well studied, with over 100 Protein Data Bank entries, such issues ...Cu-containing nitrite reductases (NiRs) are 110 kDa enzymes that play central roles in denitrification. Although the NiRs have been well studied, with over 100 Protein Data Bank entries, such issues as crystal packing, photoreduction, and lack of high pH cases have impeded structural analysis of their catalytic mechanisms. Here we show the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of Achromobacter cycloclastes NiR (AcNiR) at pH 6.2 and 8.1. The optimization of 3D-reconstruction parameters achieved 2.99 and 2.85 Å resolution. Comprehensive comparisons with cryo-EM and 56 AcNiR crystal structures suggested crystallographic artifacts in residues 185-215 and His255' due to packing and photoreduction, respectively. We used a newly developed map comparison method to detect structural change around the type 2 Cu site. While the theoretical estimation of coordinate errors of cryo-EM structures remains difficult, combined analysis using X-ray and cryo-EM structures will allow deeper insight into the local structural changes of proteins.
履歴
登録2019年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月12日-
マップ公開2020年8月12日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0399
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0399
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6knf
  • 表面レベル: 0.0399
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0730.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0730.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 437.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0399 / ムービー #1: 0.0399
最小 - 最大-0.075431824 - 0.14934903
平均 (標準偏差)0.000009588165 (±0.002265942)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ486486486
Spacing486486486
セルA=B=C: 427.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.880.880.88
M x/y/z486486486
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z427.680427.680427.680
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS486486486
D min/max/mean-0.0750.1490.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Nitrite reductase

全体名称: Nitrite reductase
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Nitrite reductase
    • タンパク質・ペプチド: Copper-containing nitrite reductase
  • リガンド: COPPER (II) ION

-
超分子 #1: Nitrite reductase

超分子名称: Nitrite reductase / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
分子量理論値: 110 KDa

-
分子 #1: Copper-containing nitrite reductase

分子名称: Copper-containing nitrite reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nitrite reductase (NO-forming)
由来(天然)生物種: Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
分子量理論値: 36.621332 KDa
配列文字列: VDISTLPRVK VDLVKPPFVH AHDQVAKTGP RVVEFTMTIE EKKLVIDREG TEIHAMTFNG SVPGPLMVVH ENDYVELRLI NPDTNTLLH NIDFHAATGA LGGGALTQVN PGEETTLRFK ATKPGVFVYH CAPEGMVPWH VTSGMNGAIM VLPRDGLKDE K GQPLTYDK ...文字列:
VDISTLPRVK VDLVKPPFVH AHDQVAKTGP RVVEFTMTIE EKKLVIDREG TEIHAMTFNG SVPGPLMVVH ENDYVELRLI NPDTNTLLH NIDFHAATGA LGGGALTQVN PGEETTLRFK ATKPGVFVYH CAPEGMVPWH VTSGMNGAIM VLPRDGLKDE K GQPLTYDK IYYVGEQDFY VPKDEAGNYK KYETPGEAYE DAVKAMRTLT PTHIVFNGAV GALTGDHALT AAVGERVLVV HS QANRDTR PHLIGGHGDY VWATGKFRNP PDLDQETWLI PGGTAGAAFY TFRQPGVYAY VNHNLIEAFE LGAAGHFKVT GEW NDDLMT SVVKPASM

UniProtKB: Copper-containing nitrite reductase

-
分子 #2: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 6.2 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 名称: potassium phosphate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was washed by acetone prior to use.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time was 15 seconds.
詳細This sample was mono-disperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 794 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An ab initio model was generated using RELION3's own implementation of Stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm and low-pass filtered to 25 A for use as an initial model for 3D refinement.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 121353
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る