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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0706 | |||||||||
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タイトル | Structure of apo Lassa virus polymerase | |||||||||
マップデータ | apo lassa virus polymerase | |||||||||
試料 |
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キーワード | polymerase / RNA virus / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative stranded viral RNA replication / cap snatching / virion component / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lassa mammarenavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Peng R / Xu X | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structural insight into arenavirus replication machinery. 著者: Ruchao Peng / Xin Xu / Jiamei Jing / Min Wang / Qi Peng / Sheng Liu / Ying Wu / Xichen Bao / Peiyi Wang / Jianxun Qi / George F Gao / Yi Shi / 要旨: Arenaviruses can cause severe haemorrhagic fever and neurological diseases in humans and other animals, exemplified by Lassa mammarenavirus, Machupo mammarenavirus and lymphocytic choriomeningitis ...Arenaviruses can cause severe haemorrhagic fever and neurological diseases in humans and other animals, exemplified by Lassa mammarenavirus, Machupo mammarenavirus and lymphocytic choriomeningitis virus, posing great threats to public health. These viruses encode a large multi-domain RNA-dependent RNA polymerase for transcription and replication of the viral genome. Viral polymerases are one of the leading antiviral therapeutic targets. However, the structure of arenavirus polymerase is not yet known. Here we report the near-atomic resolution structures of Lassa and Machupo virus polymerases in both apo and promoter-bound forms. These structures display a similar overall architecture to influenza virus and bunyavirus polymerases but possess unique local features, including an arenavirus-specific insertion domain that regulates the polymerase activity. Notably, the ordered active site of arenavirus polymerase is inherently switched on, without the requirement for allosteric activation by 5'-viral RNA, which is a necessity for both influenza virus and bunyavirus polymerases. Moreover, dimerization could facilitate the polymerase activity. These findings advance our understanding of the mechanism of arenavirus replication and provide an important basis for developing antiviral therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0706.map.gz | 1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0706-v30.xml emd-0706.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0706_fsc.xml | 5.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0706.png | 92 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0706.cif.gz | 7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0706 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0706 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0706_validation.pdf.gz | 404.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0706_full_validation.pdf.gz | 404.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0706_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0706_validation.cif.gz | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0706 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0706 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | apo lassa virus polymerase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Lassa virus polymerase
全体 | 名称: Lassa virus polymerase |
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要素 |
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-超分子 #1: Lassa virus polymerase
超分子 | 名称: Lassa virus polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Lassa mammarenavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 253.505828 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MEEDIACVKD LVSKYLANNE RLSRQKLAFL VQTEPRMLLM EGLKLLSLCI EVDSCNANGC EHNSEDKSVE RILHDHGVLT PSLCFVVPD GYKLTGNVLI LLECFVRSSP ANFEQKYVED FKKLEQLKED LKSVDINLIP LIDGRTSFYN EQIPDWVNDK L RDTLFSLL ...文字列: MEEDIACVKD LVSKYLANNE RLSRQKLAFL VQTEPRMLLM EGLKLLSLCI EVDSCNANGC EHNSEDKSVE RILHDHGVLT PSLCFVVPD GYKLTGNVLI LLECFVRSSP ANFEQKYVED FKKLEQLKED LKSVDINLIP LIDGRTSFYN EQIPDWVNDK L RDTLFSLL KYAQESNSLF EESEYSRLCE SLSMTSGRLS GVESLNALLD NRSNHYEEVI ASCHQGINNK LTAHEVKLQI EE EYQVFRN RLRKGEIEGQ FLKVEKNQLL NEFNNLYADK VAEKDSVEHL THQFKRASPI LRFLYANISK GDNGEGNLII GEC QMQCWR SFLNKVKSMR ILNTRRKLLL IFDALILLAS KHDQVRKKPL RGWLGTCFVS VNDRLVSLES TKKDLKKWVE RRQQ VERSR TMQSFQCPSK NQILNSIFQK TISKATTALR DVGISVDHYK IDMEVICPDG YDLIMDFDVS GVTPTISYQR SEEEA FPYI MGDVDLLKTT DLERLSSLSL ALVNSMKTSS TVKLRQNEFG PARYQVVKCK EAYCQEFSLG ETEFQLIYQK TGECSK CYA INDNRVGEVC SFYADPKRYF PAIFSAEVLQ TTVSTMISWI EDCNELEEQL DKIRSLTKMI LILILAHPSK RSQKLLQ NL RYFIMAYVSD YYHKDLIDKV REELITDVEF LLYRLLRTLM GLVLSEDVKS MMTNRFKFIL NISYMCHFIT KETPDRLT D QIKCFEKFLE PKVKFGHVSI NPADTATEEE LDDMVYNAKK FLSKGGCTSA KGPSYKKPGV SKKYLSLLTS SFNNGSLFK EREVKKEIKD PLITSGCATA LDLASNKSVV VNKYTDGSRV LNYDFNKLTA LAVSQLTEVF SRKGKHLLNK QDYEYKVQQA MSNLVLGSK QHKGDADEAD LDEILLDGGA STYFNQLKET VEKIVDQYRE PVKMGSGSND GDQPSINDLD EIVSNKFYIR L IKGELSNH MVEDFDHDVL PDKFYEEFCD AVYENSKLKE KYFYCGHMSQ CPIGELTKAV STRTYLDHEY FQCFKSILLI MN ANALMGK YTHYKSRNLN FKFDMGKLSD DARISERESN SEALSKALSL TNCTTAMLKN LCFYSQESPQ SYNSVGPDTG RLK FSLSYK EQVGGNRELY IGDLRTKMFT RLIEDYFEAL SSQLSGSCLN NEKEFENAIL SMKLNVSMAH VSYSMDHSKW GPMM CPFLF LTVLQNLIFL SKDLQADIKG RDYLSTLLMW HMHKMVEIPF NVVSAMMKSF IKAQLGLRKK TKQSITEDFF YSNFQ IGVV PSHISSILDM GQGILHNTSD FYALITERFI NYAISCVCGG TIDAYTSSDD QISLFDQTLT ELLHRDPEEF RALMEF HYY MSDQLNKFVS PKSVIGRFVA EFKSRFFVWG DEVPLLTKFV AAALHNIKCK EPHQLAETID TIVDQSVANG VPVHLCN LI QIRTLSLLQY ARYPIDPFLL NCETDVRDWV DGNRSYRIMR QIEGLIPDAC SKIRSMLRRL YNRLKTGQLH EEFTTNYL S SEHLSSLKNL CELLGVEPPS ESDLEYSWLN LAAHHPLRMV LRQKIIYSGA VNLDDEKIPT IVKTIQNKLS STFTRGAQK LLSEAINKSA FQSSIASGFV GLCRTLGSKC VRGPNKENLY IKSIQSLITG TQGIELLTNS IGVQYWRVPL GLRNKSESVV SYFRPLLWD YMCISLSTAI ELGAWVLGDP KTTKALDFFK HNPCDYFPLK PTASKLLEDR VGLNHIIHSL RRLYPSVFEK H ILPFMSDL ASTKMKWSPR IKFLDLCVAL DVNCEALSLV SHIVKWKREE HYIVLSSELR FSHTRTHEPM VEERVVSTSD AV DNFMRQI YFESYVRPFV ATTRTLGSFT WFPHRTSIPE GEGLHRLGPF SSFVEKVIHK GVERPMFKHD LMMGYAWIDF DIE PARFNQ NQLIASGLVD SKFDSLEDFF DAVASLPTGS AKLSQTVRFR IKSQDASFRE SFAIHLDYIG SMNQQAKYLV HDVT AMYSG AVSPCVLSDC WRLVLSGPTF KGKPVWYVDT EVINEFLVDT NQLGHVTPVE VVVDMEKLQF AEYDFMLVGP CAEPV PLVV RRGGLWECEK KLASFTPVIQ DQDLEMFVRE VGDTSSDLLI RALSDMITDR LGLRMQWSGV DIVSTLRAAA PGNAEV LSA VLEVVDNWVE FKGYALCYSK SRGRVMVQSS SGKLRLKGRT CEELTEGGEH VEDIE UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L |
-分子 #2: MANGANESE (II) ION
分子 | 名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MN |
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分子量 | 理論値: 54.938 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-6klc: |