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- EMDB-0601: Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0601
タイトルHuman ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug-like molecule with PP tRNA
マップデータPF846 stalled human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) in non-rotated state with PP tRNAmap is sharpened
試料
  • 複合体: Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug-like molecule with PP tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


response to Gram-positive bacterium / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / pituitary gland development / gamma-catenin binding / desmosome / negative regulation of axon extension / cellular response to indole-3-methanol / cell-cell adhesion mediated by cadherin / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / flotillin complex ...response to Gram-positive bacterium / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / pituitary gland development / gamma-catenin binding / desmosome / negative regulation of axon extension / cellular response to indole-3-methanol / cell-cell adhesion mediated by cadherin / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / flotillin complex / Formation of definitive endoderm / eukaryotic 80S initiation complex / : / negative regulation of protein neddylation / translation at presynapse / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / axial mesoderm development / embryonic brain development / ribosomal protein import into nucleus / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / nucleolus organization / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 90S preribosome assembly / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / TNFR1-mediated ceramide production / catenin complex / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / TORC2 complex binding / negative regulation of RNA splicing / negative regulation of DNA repair / Adherens junctions interactions / GAIT complex / GTPase activating protein binding / cell-cell junction assembly / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / supercoiled DNA binding / adherens junction organization / oxidized purine DNA binding / NF-kappaB complex / middle ear morphogenesis / neural crest cell differentiation / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of phagocytosis / A band / rRNA modification in the nucleus and cytosol / erythrocyte homeostasis / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / alpha-beta T cell differentiation / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / regulation of G1 to G0 transition / apical junction complex / exit from mitosis / laminin receptor activity / ankyrin binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / pigmentation / protein kinase A binding / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / optic nerve development / Ribosomal scanning and start codon recognition / ion channel inhibitor activity / response to aldosterone / Translation initiation complex formation / retinal ganglion cell axon guidance / cellular response to lithium ion / negative regulation of cell-cell adhesion / mammalian oogenesis stage / fibroblast growth factor binding / homeostatic process / positive regulation of mitochondrial depolarization / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / macrophage chemotaxis / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / lung morphogenesis / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / iron-sulfur cluster binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of activated T cell proliferation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / monocyte chemotaxis / Protein hydroxylation / regulation of cell division / BH3 domain binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / mTORC1-mediated signalling
類似検索 - 分子機能
Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. ...Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / : / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal protein S26e signature. / metallochaperone-like domain / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / TRASH domain / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / S27a-like superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z
類似検索 - ドメイン・相同性
FAU ubiquitin like and ribosomal protein S30 fusion / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Cadherin-1 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein eS4, Y isoform 1 ...FAU ubiquitin like and ribosomal protein S30 fusion / Large ribosomal subunit protein uL10 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Cadherin-1 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein eS4, Y isoform 1 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li W / Cate JHD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research InstituteR01-GM065050 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structural basis for selective stalling of human ribosome nascent chain complexes by a drug-like molecule.
著者: Wenfei Li / Fred R Ward / Kim F McClure / Stacey Tsai-Lan Chang / Elizabeth Montabana / Spiros Liras / Robert G Dullea / Jamie H D Cate /
要旨: The drug-like molecule PF-06446846 (PF846) binds the human ribosome and selectively blocks the translation of a small number of proteins by an unknown mechanism. In structures of PF846-stalled human ...The drug-like molecule PF-06446846 (PF846) binds the human ribosome and selectively blocks the translation of a small number of proteins by an unknown mechanism. In structures of PF846-stalled human ribosome nascent chain complexes, PF846 binds in the ribosome exit tunnel in a eukaryotic-specific pocket formed by 28S ribosomal RNA, and alters the path of the nascent polypeptide chain. PF846 arrests the translating ribosome in the rotated state of translocation, in which the peptidyl-transfer RNA 3'-CCA end is improperly docked in the peptidyl transferase center. Selections of messenger RNAs from mRNA libraries using translation extracts reveal that PF846 can stall translation elongation, arrest termination or even enhance translation, depending on nascent chain sequence context. These results illuminate how a small molecule selectively targets translation by the human ribosome, and provides a foundation for developing small molecules that modulate the production of proteins of therapeutic interest.
履歴
登録2019年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月20日-
マップ公開2019年3月20日-
更新2019年6月19日-
現状2019年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6olg
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0601.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0601.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PF846 stalled human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) in non-rotated state with PP tRNAmap is sharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 410 pix.
= 471.5 Å		1.15 Å/pix.
x 410 pix.
= 471.5 Å		1.15 Å/pix.
x 410 pix.
= 471.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.05380252 - 0.10746834
平均 (標準偏差)0.00044285491 (±0.006211472)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ410410410
Spacing410410410
セルA=B=C: 471.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z410410410
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z471.500471.500471.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS410410410
D min/max/mean-0.0540.1070.000

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添付データ

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追加マップ: PF846 stalled human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC)...

ファイルemd_0601_additional.map
注釈PF846 stalled human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) in non-rotated state with PP tRNAmap is not sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of PF846 stalled human ribosome nascent...

ファイルemd_0601_half_map_1.map
注釈Half map of PF846 stalled human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) in non-rotated state with PP tRNA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of PF846 stalled human ribosome nascent...

ファイルemd_0601_half_map_2.map
注釈Half map of PF846 stalled human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) in non-rotated state with PP tRNA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug...

全体名称: Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug-like molecule with PP tRNA
要素
  • 複合体: Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug-like molecule with PP tRNA

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超分子 #1: Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug...

超分子名称: Human ribosome nascent chain complex (CDH1-RNC) stalled by a drug-like molecule with PP tRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HeLa
分子量理論値: 4.3 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16594
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / 温度因子: 62
得られたモデル

PDB-6olg:
Human ribosome nascent chain complex stalled by a drug-like small molecule (CDH1_RNC with PP tRNA)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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