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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0344 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Leviviridae PP7 WT coat protein dimer capsid (PP7PP7-WT) | |||||||||
マップデータ | Final map autosharp | |||||||||
試料 |
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キーワード | T4 / icosahedral / PP7 / biotechnology / vaccine / drug delivery / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | Bacteriophage PP7, coat / Phage PP7 coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / RNA binding / identical protein binding / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage PP7 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Liangjun Z / Kopylov M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Nano / 年: 2019 タイトル: Engineering the PP7 Virus Capsid as a Peptide Display Platform. 著者: Liangjun Zhao / Mykhailo Kopylov / Clinton S Potter / Bridget Carragher / M G Finn / 要旨: As self-assembling polyvalent nanoscale structures that can tolerate substantial genetic and chemical modification, virus-like particles are useful in a variety of fields. Here we describe the ...As self-assembling polyvalent nanoscale structures that can tolerate substantial genetic and chemical modification, virus-like particles are useful in a variety of fields. Here we describe the genetic modification and structural characterization of the Leviviridae PP7 capsid protein as a platform for the presentation of functional polypeptides. This particle was shown to tolerate the display of sequences from 1 kDa (a cell penetrating peptide) to 14 kDa (the Fc-binding double Z-domain) on its exterior surface as C-terminal genetic fusions to the coat protein. In addition, a dimeric construct allowed the presentation of exogenous loops between capsid monomers and the simultaneous presentation of two different peptides at different positions on the icosahedral structure. The PP7 particle is thereby significantly more tolerant of these types of polypeptide additions than Qβ and MS2, the other Leviviridae-derived VLPs in common use. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0344.map.gz | 480.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0344-v30.xml emd-0344.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0344.png | 197.8 KB | ||
マスクデータ | emd_0344_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0344.cif.gz | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0344 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0344 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0344_validation.pdf.gz | 628.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0344_full_validation.pdf.gz | 628.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0344_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0344_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0344 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0344 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0344.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Final map autosharp | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0733 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0344_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pseudomonas phage PP7
全体 | 名称: Pseudomonas phage PP7 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Pseudomonas phage PP7
超分子 | 名称: Pseudomonas phage PP7 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12023 / 生物種: Pseudomonas phage PP7 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Coat protein
分子 | 名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 120 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage PP7 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 28.144008 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SKTIVLSVGE ATRTLTEIQS TADRQIFEEK VGPLVGRLRL TASLRQNGAK TAYRVNLKLD QADVVDCSTS VCGELPKVRY TQVWSHDVT IVANSTEASR KSLYDLTKSL VATSQVEDLV VNLVPLGRAY GGSKTIVLSV GEATRTLTEI QSTADRQIFE E KVGPLVGR ...文字列: SKTIVLSVGE ATRTLTEIQS TADRQIFEEK VGPLVGRLRL TASLRQNGAK TAYRVNLKLD QADVVDCSTS VCGELPKVRY TQVWSHDVT IVANSTEASR KSLYDLTKSL VATSQVEDLV VNLVPLGRAY GGSKTIVLSV GEATRTLTEI QSTADRQIFE E KVGPLVGR LRLTASLRQN GAKTAYRVNL KLDQADVVDC STSVCGELPK VRYTQVWSHD VTIVANSTEA SRKSLYDLTK SL VATSQVE DLVVNLVPLG R UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.002 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |