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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0333 | |||||||||
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タイトル | Helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid | |||||||||
マップデータ | Helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid structure | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nucleoprotein / Nucleocapsid / RNA-binding / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host apoptosis / helical viral capsid / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hantaan orthohantavirus (ウイルス) / Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Arragain B / Reguera J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: High resolution cryo-EM structure of the helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid reveals its assembly mechanisms. 著者: Benoît Arragain / Juan Reguera / Ambroise Desfosses / Irina Gutsche / Guy Schoehn / Hélène Malet / 要旨: Negative-strand RNA viruses condense their genome into helical nucleocapsids that constitute essential templates for viral replication and transcription. The intrinsic flexibility of nucleocapsids ...Negative-strand RNA viruses condense their genome into helical nucleocapsids that constitute essential templates for viral replication and transcription. The intrinsic flexibility of nucleocapsids usually prevents their full-length structural characterisation at high resolution. Here, we describe purification of full-length recombinant metastable helical nucleocapsid of Hantaan virus ( family, order) and determine its structure at 3.3 Å resolution by cryo-electron microscopy. The structure reveals the mechanisms of helical multimerisation via sub-domain exchanges between protomers and highlights nucleotide positions in a continuous positively charged groove compatible with viral genome binding. It uncovers key sites for future structure-based design of antivirals that are currently lacking to counteract life-threatening hantavirus infections. The structure also suggests a model of nucleoprotein-polymerase interaction that would enable replication and transcription solely upon local disruption of the nucleocapsid. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0333.map.gz | 14 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0333-v30.xml emd-0333.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0333_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0333.png | 149.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0333.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_0333_half_map_1.map.gz emd_0333_half_map_2.map.gz | 228.7 MB 228.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0333 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0333 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0333_validation.pdf.gz | 358.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0333_full_validation.pdf.gz | 357.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0333_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0333 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0333 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0333.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Helical RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_0333_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_0333_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid
全体 | 名称: RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid |
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要素 |
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-超分子 #1: RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid
超分子 | 名称: RNA-bound Hantaan virus nucleocapsid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 48.2 KDa |
-超分子 #2: Hantaan virus nucleoprotein
超分子 | 名称: Hantaan virus nucleoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Hantaan orthohantavirus (ウイルス) |
-超分子 #3: RNA
超分子 | 名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 1 詳細: A poly-U has been built but the RNA corresponds to heterogeneous insect cell RNA that bind to nucleoproteins during expression. コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 理論値: 873.54 Da |
配列 | 文字列: UUU |
-分子 #2: Nucleoprotein
分子 | 名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Hantaan orthohantavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 48.262266 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GMATMEELQR EINAHEGQLV IARQKVRDAE KQYEKDPDEL NKRTLTDREG VAVSIQAKID ELKRQLADRI ATGKNLGKEQ DPTGVEPGD HLKERSMLSY GNVLDLNHLD IDEPTGQTAD WLSIIVYLTS FVVPILLKAL YMLTTRGRQT TKDNKGTRIR F KDDSSFED ...文字列: GMATMEELQR EINAHEGQLV IARQKVRDAE KQYEKDPDEL NKRTLTDREG VAVSIQAKID ELKRQLADRI ATGKNLGKEQ DPTGVEPGD HLKERSMLSY GNVLDLNHLD IDEPTGQTAD WLSIIVYLTS FVVPILLKAL YMLTTRGRQT TKDNKGTRIR F KDDSSFED VNGIRKPKHL YVSLPNAQSS MKAEEITPGR YRTAVCGLYP AQIKARQMIS PVMSVIGFLA LAKDWSDRIE QW LIEPCKL LPDTAAVSLL GGPATNRDYL RQRQVALGNM ETKESKAIRQ HAEAAGCSMI EDIESPSSIW VFAGAPDRCP PTC LFIAGI AELGAFFSIL QDMRNTIMAS KTVGTSEEKL RKKSSFYQSY LRRTQSMGIQ LGQRIIVLFM VAWGKEAVDN FHLG DDMDP ELRTLAQSLI DVKVKEISNQ EPLKL UniProtKB: Nucleoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 詳細: 30 mA | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 ul of sample were applied on the resulting glow-discharged grids and excess solution was blotted during 2.5 sec force 7. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3840 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3712 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-18 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4328 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 倍率(補正後): 46860 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Residue range: 113-429 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Fiber model was iteratively rebuilt and all-atom refined using stereochemical and NCS restraints |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 103 |
得られたモデル | PDB-6i2n: |