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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0132 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the BRISC complex bound to SHMT2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Deubiquitinase complex / DUB / Lysine-63 linkage specific / BRCC36-containing / BRCA1A binding / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peroxisome targeting sequence binding / BRISC complex / L-allo-threonine aldolase activity / regulation of mitochondrial translation / BRCA1-A complex / attachment of spindle microtubules to kinetochore / L-serine metabolic process / nuclear ubiquitin ligase complex / glycine metabolic process / L-serine biosynthetic process ...peroxisome targeting sequence binding / BRISC complex / L-allo-threonine aldolase activity / regulation of mitochondrial translation / BRCA1-A complex / attachment of spindle microtubules to kinetochore / L-serine metabolic process / nuclear ubiquitin ligase complex / glycine metabolic process / L-serine biosynthetic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / Metabolism of folate and pterines / regulation of DNA damage checkpoint / regulation of oxidative phosphorylation / tetrahydrofolate metabolic process / response to type I interferon / tumor necrosis factor receptor binding / mitotic G2/M transition checkpoint / metal-dependent deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / DNA repair-dependent chromatin remodeling / tetrahydrofolate interconversion / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / regulation of aerobic respiration / response to ionizing radiation / amino acid binding / mitochondrial nucleoid / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / polyubiquitin modification-dependent protein binding / response to X-ray / RHOG GTPase cycle / mitotic spindle assembly / enzyme regulator activity / regulation of DNA repair / ubiquitin ligase complex / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of DNA repair / response to ischemia / chromosome segregation / cellular response to ionizing radiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / protein tetramerization / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / spindle pole / metallopeptidase activity / microtubule cytoskeleton / double-strand break repair / pyridoxal phosphate binding / one-carbon metabolic process / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / mitotic cell cycle / Processing of DNA double-strand break ends / microtubule binding / protein homotetramerization / microtubule / cysteine-type deubiquitinase activity / mitochondrial inner membrane / nuclear body / mitochondrial matrix / cell division / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / signal transduction / mitochondrion / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Schenk AD / Julius R / Cavadini S / Thoma NH | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019 タイトル: Structural Basis of BRCC36 Function in DNA Repair and Immune Regulation. 著者: Julius Rabl / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Simone Cavadini / Mark E Gill / Wassim Abdulrahman / Amparo Andrés-Pons / Martijn S Luijsterburg / Adel F M Ibrahim / Emma Branigan / ...著者: Julius Rabl / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Simone Cavadini / Mark E Gill / Wassim Abdulrahman / Amparo Andrés-Pons / Martijn S Luijsterburg / Adel F M Ibrahim / Emma Branigan / Jacob D Aguirre / Aimee H Marceau / Claire Guérillon / Tewis Bouwmeester / Ulrich Hassiepen / Antoine H F M Peters / Martin Renatus / Laurent Gelman / Seth M Rubin / Niels Mailand / Haico van Attikum / Ronald T Hay / Nicolas H Thomä / 要旨: In mammals, ∼100 deubiquitinases act on ∼20,000 intracellular ubiquitination sites. Deubiquitinases are commonly regarded as constitutively active, with limited regulatory and targeting capacity. ...In mammals, ∼100 deubiquitinases act on ∼20,000 intracellular ubiquitination sites. Deubiquitinases are commonly regarded as constitutively active, with limited regulatory and targeting capacity. The BRCA1-A and BRISC complexes serve in DNA double-strand break repair and immune signaling and contain the lysine-63 linkage-specific BRCC36 subunit that is functionalized by scaffold subunits ABRAXAS and ABRO1, respectively. The molecular basis underlying BRCA1-A and BRISC function is currently unknown. Here we show that in the BRCA1-A complex structure, ABRAXAS integrates the DNA repair protein RAP80 and provides a high-affinity binding site that sequesters the tumor suppressor BRCA1 away from the break site. In the BRISC structure, ABRO1 binds SHMT2α, a metabolic enzyme enabling cancer growth in hypoxic environments, which we find prevents BRCC36 from binding and cleaving ubiquitin chains. Our work explains modularity in the BRCC36 DUB family, with different adaptor subunits conferring diversified targeting and regulatory functions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0132.map.gz | 11.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0132-v30.xml emd-0132.xml | 33 KB 33 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0132_fsc.xml | 12.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0132.png | 264.7 KB | ||
マスクデータ | emd_0132_msk_1.map | 163.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0132.cif.gz | 8.8 KB | ||
その他 | emd_0132_additional_1.map.gz emd_0132_additional_2.map.gz emd_0132_half_map_1.map.gz emd_0132_half_map_2.map.gz | 128.1 MB 127.6 MB 153 MB 153.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0132 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0132 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0132_validation.pdf.gz | 437.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0132_full_validation.pdf.gz | 436.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0132_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0132 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0132 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0132.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0132_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map 1: unfiltered and unsharpened
ファイル | emd_0132_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1: unfiltered and unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map 1: unfiltered and unsharpened
ファイル | emd_0132_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1: unfiltered and unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 sharpened: filtered and sharpened in...
ファイル | emd_0132_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 sharpened: filtered and sharpened in the same manner as the final combined map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2: filtered and sharpened in the...
ファイル | emd_0132_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2: filtered and sharpened in the same manner as the final combined map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : BRISC complex bound to SHMT2 alpha
+超分子 #1: BRISC complex bound to SHMT2 alpha
+超分子 #2: BRISC complex
+超分子 #3: SHMT2 alpha
+分子 #1: BRISC complex subunit Abraxas 2
+分子 #2: Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
+分子 #3: BRISC and BRCA1-A complex member 2
+分子 #4: BRISC and BRCA1-A complex member 1
+分子 #5: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial
+分子 #6: ZINC ION
+分子 #7: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.44 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: A 4 ul sample was applied to the grid and a protocol consisting of 30 s pre-blot incubation, 2 s blotting and no post-blot incubation was utilized for vitrification.. | ||||||||||||
詳細 | Sample was purified by gel filtration over a Superose 6 column. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: CEOS Cs-corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 4-20 / 実像数: 1822 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 58140 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Initial fitting with done using COOT, Rosetta was used for amino acid sequence threading and flexible fitting. COOT and ISOLDE were used for local rebuilding. Phenix was used for atom displacement parameter (ADP / B-factor) refinement. | ||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 117 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient and | ||||||
得られたモデル | PDB-6h3c: |