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- EMDB-0132: Cryo-EM structure of the BRISC complex bound to SHMT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0132
タイトルCryo-EM structure of the BRISC complex bound to SHMT2
マップデータ
試料
  • 複合体: BRISC complex bound to SHMT2 alpha
    • 複合体: BRISC complex
      • タンパク質・ペプチド: BRISC complex subunit Abraxas 2
      • タンパク質・ペプチド: Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
      • タンパク質・ペプチド: BRISC and BRCA1-A complex member 2
      • タンパク質・ペプチド: BRISC and BRCA1-A complex member 1
    • 複合体: SHMT2 alpha
      • タンパク質・ペプチド: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water
キーワードDeubiquitinase complex / DUB / Lysine-63 linkage specific / BRCC36-containing / BRCA1A binding / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome targeting sequence binding / BRISC complex / L-allo-threonine aldolase activity / regulation of mitochondrial translation / BRCA1-A complex / attachment of spindle microtubules to kinetochore / L-serine metabolic process / nuclear ubiquitin ligase complex / glycine metabolic process / L-serine biosynthetic process ...peroxisome targeting sequence binding / BRISC complex / L-allo-threonine aldolase activity / regulation of mitochondrial translation / BRCA1-A complex / attachment of spindle microtubules to kinetochore / L-serine metabolic process / nuclear ubiquitin ligase complex / glycine metabolic process / L-serine biosynthetic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / Metabolism of folate and pterines / L-serine catabolic process / regulation of DNA damage checkpoint / regulation of oxidative phosphorylation / tetrahydrofolate metabolic process / response to type I interferon / mitotic G2/M transition checkpoint / tumor necrosis factor receptor binding / metal-dependent deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / DNA repair-dependent chromatin remodeling / tetrahydrofolate interconversion / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / regulation of aerobic respiration / response to ionizing radiation / cobalt ion binding / mitochondrial nucleoid / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / response to X-ray / RHOG GTPase cycle / mitotic spindle assembly / folic acid metabolic process / polyubiquitin modification-dependent protein binding / regulation of DNA repair / enzyme regulator activity / ubiquitin ligase complex / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of DNA repair / chromosome segregation / response to ischemia / cellular response to ionizing radiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / protein tetramerization / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / spindle pole / metallopeptidase activity / microtubule cytoskeleton / double-strand break repair / pyridoxal phosphate binding / one-carbon metabolic process / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / mitotic cell cycle / Processing of DNA double-strand break ends / microtubule binding / protein homotetramerization / microtubule / cysteine-type deubiquitinase activity / mitochondrial inner membrane / nuclear body / mitochondrial matrix / cell division / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
BRISC and BRCA1-A complex member 1 / FAM175 family, BRISC complex, Abro1 subunit / BRCA1-A complex subunit BRE / Brain and reproductive organ-expressed protein (BRE) / Brcc36 isopeptidase / BRCC36, C-terminal helical domain / BRCC36 C-terminal helical domain / BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 MPN domain / FAM175 family / Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site ...BRISC and BRCA1-A complex member 1 / FAM175 family, BRISC complex, Abro1 subunit / BRCA1-A complex subunit BRE / Brain and reproductive organ-expressed protein (BRE) / Brcc36 isopeptidase / BRCC36, C-terminal helical domain / BRCC36 C-terminal helical domain / BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 MPN domain / FAM175 family / Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial / Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 / BRISC complex subunit Abraxas 2 / BRISC and BRCA1-A complex member 1 / BRISC and BRCA1-A complex member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Schenk AD / Julius R / Cavadini S / Thoma NH
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of BRCC36 Function in DNA Repair and Immune Regulation.
著者: Julius Rabl / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Simone Cavadini / Mark E Gill / Wassim Abdulrahman / Amparo Andrés-Pons / Martijn S Luijsterburg / Adel F M Ibrahim / Emma Branigan / ...著者: Julius Rabl / Richard D Bunker / Andreas D Schenk / Simone Cavadini / Mark E Gill / Wassim Abdulrahman / Amparo Andrés-Pons / Martijn S Luijsterburg / Adel F M Ibrahim / Emma Branigan / Jacob D Aguirre / Aimee H Marceau / Claire Guérillon / Tewis Bouwmeester / Ulrich Hassiepen / Antoine H F M Peters / Martin Renatus / Laurent Gelman / Seth M Rubin / Niels Mailand / Haico van Attikum / Ronald T Hay / Nicolas H Thomä /
要旨: In mammals, ∼100 deubiquitinases act on ∼20,000 intracellular ubiquitination sites. Deubiquitinases are commonly regarded as constitutively active, with limited regulatory and targeting capacity. ...In mammals, ∼100 deubiquitinases act on ∼20,000 intracellular ubiquitination sites. Deubiquitinases are commonly regarded as constitutively active, with limited regulatory and targeting capacity. The BRCA1-A and BRISC complexes serve in DNA double-strand break repair and immune signaling and contain the lysine-63 linkage-specific BRCC36 subunit that is functionalized by scaffold subunits ABRAXAS and ABRO1, respectively. The molecular basis underlying BRCA1-A and BRISC function is currently unknown. Here we show that in the BRCA1-A complex structure, ABRAXAS integrates the DNA repair protein RAP80 and provides a high-affinity binding site that sequesters the tumor suppressor BRCA1 away from the break site. In the BRISC structure, ABRO1 binds SHMT2α, a metabolic enzyme enabling cancer growth in hypoxic environments, which we find prevents BRCC36 from binding and cleaving ubiquitin chains. Our work explains modularity in the BRCC36 DUB family, with different adaptor subunits conferring diversified targeting and regulatory functions.
履歴
登録2018年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月3日-
マップ公開2019年7月10日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00816
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  • 表面レベル: 0.00816
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6h3c
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0132.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0132.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00816 / ムービー #1: 0.00816
最小 - 最大-0.06578454 - 0.1309982
平均 (標準偏差)0.0002689527 (±0.0028135402)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 301.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.860.860.86
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z301.000301.000301.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.0660.1310.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0132_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 1: unfiltered and unsharpened

ファイルemd_0132_additional_1.map
注釈Half map 1: unfiltered and unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 1: unfiltered and unsharpened

ファイルemd_0132_additional_2.map
注釈Half map 1: unfiltered and unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 sharpened: filtered and sharpened in...

ファイルemd_0132_half_map_1.map
注釈Half map 1 sharpened: filtered and sharpened in the same manner as the final combined map
投影像・断面図
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ハーフマップ: Half map 2: filtered and sharpened in the...

ファイルemd_0132_half_map_2.map
注釈Half map 2: filtered and sharpened in the same manner as the final combined map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : BRISC complex bound to SHMT2 alpha

全体名称: BRISC complex bound to SHMT2 alpha
要素
  • 複合体: BRISC complex bound to SHMT2 alpha
    • 複合体: BRISC complex
      • タンパク質・ペプチド: BRISC complex subunit Abraxas 2
      • タンパク質・ペプチド: Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36
      • タンパク質・ペプチド: BRISC and BRCA1-A complex member 2
      • タンパク質・ペプチド: BRISC and BRCA1-A complex member 1
    • 複合体: SHMT2 alpha
      • タンパク質・ペプチド: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: BRISC complex bound to SHMT2 alpha

超分子名称: BRISC complex bound to SHMT2 alpha / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
分子量理論値: 438 KDa

+
超分子 #2: BRISC complex

超分子名称: BRISC complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: SHMT2 alpha

超分子名称: SHMT2 alpha / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: BRISC complex subunit Abraxas 2

分子名称: BRISC complex subunit Abraxas 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.256246 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHVDE NLYFQGGGRM AASISGYTFS AVCFHSANSN ADHEGFLLGE VRQEETFSIS DSQISNTEFL QVIEIHNHQP CSKLFSFYD YASKVNEESL DRILKDRRKK VIGWYRFRRN TQQQMSYREQ VLHKQLTRIL GVPDLVFLLF SFISTANNST H ALEYVLFR ...文字列:
MHHHHHHVDE NLYFQGGGRM AASISGYTFS AVCFHSANSN ADHEGFLLGE VRQEETFSIS DSQISNTEFL QVIEIHNHQP CSKLFSFYD YASKVNEESL DRILKDRRKK VIGWYRFRRN TQQQMSYREQ VLHKQLTRIL GVPDLVFLLF SFISTANNST H ALEYVLFR PNRRYNQRIS LAIPNLGNTS QQEYKVSSVP NTSQSYAKVI KEHGTDFFDK DGVMKDIRAI YQVYNALQEK VQ AVCADVE KSERVVESCQ AEVNKLRRQI TQRKNEKEQE RRLQQAVLSR QMPSESLDPA FSPRMPSSGF AAEGRSTLGD AEA SDPPPP YSDFHPNNQE STLSHSRMER SVFMPRPQAV GSSNYASTSA GLKYPGSGAD LPPPQRAAGD SGEDSDDSDY ENLI DPTEP SNSEYSHSKD SRPMAHPDED PRNTQTSQI

UniProtKB: BRISC complex subunit Abraxas 2

+
分子 #2: Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36

分子名称: Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.417402 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHVDE NLYFQGGGRM AVQVVQAVQA VHLESDAFLV CLNHALSTEK EEVMGLCIGE LNDDTRSDSK FAYTGTEMRT VAEKVDAVR IVHIHSVIIL RRSDKRKDRV EISPEQLSAA STEAERLAEL TGRPMRVVGW YHSHPHITVW PSHVDVRTQA M YQMMDQGF ...文字列:
MHHHHHHVDE NLYFQGGGRM AVQVVQAVQA VHLESDAFLV CLNHALSTEK EEVMGLCIGE LNDDTRSDSK FAYTGTEMRT VAEKVDAVR IVHIHSVIIL RRSDKRKDRV EISPEQLSAA STEAERLAEL TGRPMRVVGW YHSHPHITVW PSHVDVRTQA M YQMMDQGF VGLIFSCFIE DKNTKTGRVL YTCFQSIQAQ KSSESLHGPR DFWSSSQHIS IEGQKEEERY ERIEIPIHIV PH VTIGKVC LESAVELPKI LCQEEQDAYR RIHSLTHLDS VTKIHNGSVF TKNLCSQMSA VSGPLLQWLE DRLEQNQQHL QEL QQEKEE LMQELSSLE

UniProtKB: Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36

+
分子 #3: BRISC and BRCA1-A complex member 2

分子名称: BRISC and BRCA1-A complex member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.890949 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHVDE NLYFQGGGRM SPEVALNRIS PMLSPFISSV VRNGKVGLDA TNCLRITDLK SGCTSLTPGP NCDRFKLHIP YAGETLKWD IIFNAQYPEL PPDFIFGEDA EFLPDPSALQ NLASWNPSNP ECLLLVVKEL VQQYHQFQCS RLRESSRLMF E YQTLLEEP ...文字列:
MHHHHHHVDE NLYFQGGGRM SPEVALNRIS PMLSPFISSV VRNGKVGLDA TNCLRITDLK SGCTSLTPGP NCDRFKLHIP YAGETLKWD IIFNAQYPEL PPDFIFGEDA EFLPDPSALQ NLASWNPSNP ECLLLVVKEL VQQYHQFQCS RLRESSRLMF E YQTLLEEP QYGENMEIYA GKKNNWTGEF SARFLLKLPV DFSNIPTYLL KDVNEDPGED VALLSVSFED TEATQVYPKL YL SPRIEHA LGGSSALHIP AFPGGGCLID YVPQVCHLLT NKVQYVIQGY HKRREYIAAF LSHFGTGVVE YDAEGFTKLT LLL MWKDFC FLVHIDLPLF FPRDQPTLTF QSVYHFTNSG QLYSQAQKNY PYSPRWDGNE MAKRAKAYFK TFVPQFQEAA FANG KL

UniProtKB: BRISC and BRCA1-A complex member 2

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分子 #4: BRISC and BRCA1-A complex member 1

分子名称: BRISC and BRCA1-A complex member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.263824 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASWSHPQFE KVDENLYFQG GGRMEVAEPS SPTEEEEEEE EHSAEPRPRT RSNPEGAEDR AVGAQASVGS RSEGEGEAAS ADDGSLNTS GAGPKSWQVP PPAPEVQIRT PRVNCPEKVI ICLDLSEEMS LPKLESFNGS KTNALNVSQK MIEMFVRTKH K IDKSHEFA ...文字列:
MASWSHPQFE KVDENLYFQG GGRMEVAEPS SPTEEEEEEE EHSAEPRPRT RSNPEGAEDR AVGAQASVGS RSEGEGEAAS ADDGSLNTS GAGPKSWQVP PPAPEVQIRT PRVNCPEKVI ICLDLSEEMS LPKLESFNGS KTNALNVSQK MIEMFVRTKH K IDKSHEFA LVVVNDDTAW LSGLTSDPRE LCSCLYDLET ASCSTFNLEG LFSLIQQKTE LPVTENVQTI PPPYVVRTIL VY SRPPCQP QFSLTEPMKK MFQCPYFFFD VVYIHNGTEE KEEEMSWKDM FAFMGSLDTK GTSYKYEVAL AGPALELHNC MAK LLAHPL QRPCQSHASY SLLEEEDEAI EVEATV

UniProtKB: BRISC and BRCA1-A complex member 1

+
分子 #5: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial

分子名称: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glycine hydroxymethyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.144711 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSG QLVRMAIRAQ HSNAAQTQTG EANRGWTGQE SLSDSDPEMW ELLQREKDRQ CRGLELIASE NFCSRAALE ALGSCLNNKY SEGYPGKRYY GGAEVVDEIE LLCQRRALEA FDLDPAQWGV NVQPYSGSPA NLAVYTALLQ P HDRIMGLD ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSG QLVRMAIRAQ HSNAAQTQTG EANRGWTGQE SLSDSDPEMW ELLQREKDRQ CRGLELIASE NFCSRAALE ALGSCLNNKY SEGYPGKRYY GGAEVVDEIE LLCQRRALEA FDLDPAQWGV NVQPYSGSPA NLAVYTALLQ P HDRIMGLD LPDGGHLTHG YMSDVKRISA TSIFFESMPY KLNPKTGLID YNQLALTARL FRPRLIIAGT SAYARLIDYA RM REVCDEV KAHLLADMAH ISGLVAAKVI PSPFKHADIV TTTTHKTLRG TRSGLIFYRK GVKAVDPKTG REIPYTFEDR INF AVFPSL QGGPHNHAIA AVAVALKQAC TPMFREYSLQ VLKNARAMAD ALLERGYSLV SGGTDNHLVL VDLRPKGLDG ARAE RVLEL VSITANKNTC PGDRSAITPG GLRLGAPALT SRQFREDDFR RVVDFIDEGV NIGLEVKSKT AKLQDFKSFL LKDSE TSQR LANLRQRVEQ FARAFPMPGF DEH

UniProtKB: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial

+
分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.44 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES
150.0 mMsodium chlorideNaCl
0.2 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: A 4 ul sample was applied to the grid and a protocol consisting of 30 s pre-blot incubation, 2 s blotting and no post-blot incubation was utilized for vitrification..
詳細Sample was purified by gel filtration over a Superose 6 column.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: CEOS Cs-corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 4-20 / 実像数: 1822 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 58140 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Drift correction was performed using Motioncor2. CTF was fitted using GCTF CryoFLARE was used for automation.
粒子像選択選択した数: 332598 / 詳細: Particles were auto-picked.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was generated without symmetry within RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 35595
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 14794 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6gvw

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5v7i

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Initial fitting with done using COOT, Rosetta was used for amino acid sequence threading and flexible fitting. COOT and ISOLDE were used for local rebuilding. Phenix was used for atom displacement parameter (ADP / B-factor) refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 117 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient and
得られたモデル

PDB-6h3c:
Cryo-EM structure of the BRISC complex bound to SHMT2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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