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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0048 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GDP+AlF4/sordarin) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pellegrino S / Yusupov M / Yusupova G / Hashem Y | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Role of Diphthamide on Elongation Factor 2 in mRNA Reading-Frame Maintenance. 著者: Simone Pellegrino / Natalia Demeshkina / Eder Mancera-Martinez / Sergey Melnikov / Angelita Simonetti / Alexander Myasnikov / Marat Yusupov / Gulnara Yusupova / Yaser Hashem / ![]() ![]() 要旨: One of the most critical steps of protein biosynthesis is the coupled movement of mRNA, which encodes genetic information, with tRNAs on the ribosome. In eukaryotes, this process is catalyzed by a ...One of the most critical steps of protein biosynthesis is the coupled movement of mRNA, which encodes genetic information, with tRNAs on the ribosome. In eukaryotes, this process is catalyzed by a conserved G-protein, the elongation factor 2 (eEF2), which carries a unique post-translational modification, called diphthamide, found in all eukaryotic species. Here we present near-atomic resolution cryo-electron microscopy structures of yeast 80S ribosome complexes containing mRNA, tRNA and eEF2 trapped in different GTP-hydrolysis states which provide further structural insights into the role of diphthamide in the mechanism of translation fidelity in eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 105.6 KB 105.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 275.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 in presence of G...
+超分子 #1: 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 in presence of G...
+超分子 #2: 80S ribosome
+超分子 #3: mRNA
+分子 #1: Saccharomyces cerevisiae S288C 35S pre-ribosomal RNA (RDN37-1), m...
+分子 #2: 5S ribosomal RNA
+分子 #3: 5.8S ribosomal RNA
+分子 #47: 18S ribosomal RNA
+分子 #81: Transfer RNA - Phe
+分子 #82: Messenger RNA
+分子 #4: 60S acidic ribosomal protein P0
+分子 #5: 60S ribosomal protein L12-A
+分子 #6: 60S ribosomal protein L2-A
+分子 #7: 60S ribosomal protein L3
+分子 #8: 60S ribosomal protein L4-A
+分子 #9: 60S ribosomal protein L5
+分子 #10: 60S ribosomal protein L6-A
+分子 #11: 60S ribosomal protein L7-A
+分子 #12: 60S ribosomal protein L8-A
+分子 #13: 60S ribosomal protein L9-A
+分子 #14: 60S ribosomal protein L10
+分子 #15: 60S ribosomal protein L11-B
+分子 #16: 60S ribosomal protein L13-A
+分子 #17: 60S ribosomal protein L14-A
+分子 #18: 60S ribosomal protein L15-A
+分子 #19: 60S ribosomal protein L16-A
+分子 #20: 60S ribosomal protein L17-A
+分子 #21: 60S ribosomal protein L18-A
+分子 #22: 60S ribosomal protein L19-A
+分子 #23: 60S ribosomal protein L20-A
+分子 #24: 60S ribosomal protein L21-A
+分子 #25: 60S ribosomal protein L22-A
+分子 #26: 60S ribosomal protein L23-A
+分子 #27: 60S ribosomal protein L24-A
+分子 #28: 60S ribosomal protein L25
+分子 #29: 60S ribosomal protein L26-A
+分子 #30: 60S ribosomal protein L27-A
+分子 #31: 60S ribosomal protein L28
+分子 #32: 60S ribosomal protein L29
+分子 #33: 60S ribosomal protein L30
+分子 #34: 60S ribosomal protein L31-A
+分子 #35: 60S ribosomal protein L32
+分子 #36: 60S ribosomal protein L33-A
+分子 #37: 60S ribosomal protein L34-A
+分子 #38: 60S ribosomal protein L35-A
+分子 #39: 60S ribosomal protein L36-A
+分子 #40: 60S ribosomal protein L37-A
+分子 #41: 60S ribosomal protein L38
+分子 #42: 60S ribosomal protein L39
+分子 #43: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
+分子 #44: 60S ribosomal protein L41-B
+分子 #45: 60S ribosomal protein L42-A
+分子 #46: 60S ribosomal protein L43-A
+分子 #48: 40S ribosomal protein S0-A
+分子 #49: 40S ribosomal protein S1-A
+分子 #50: 40S ribosomal protein S2
+分子 #51: 40S ribosomal protein S3
+分子 #52: 40S ribosomal protein S4-A
+分子 #53: 40S ribosomal protein S5
+分子 #54: 40S ribosomal protein S6-A
+分子 #55: 40S ribosomal protein S7-A
+分子 #56: 40S ribosomal protein S8-A
+分子 #57: 40S ribosomal protein S9-A
+分子 #58: 40S ribosomal protein S10-A
+分子 #59: 40S ribosomal protein S11-A
+分子 #60: 40S ribosomal protein S12
+分子 #61: 40S ribosomal protein S13
+分子 #62: 40S ribosomal protein S14-B
+分子 #63: 40S ribosomal protein S15
+分子 #64: 40S ribosomal protein S16-A
+分子 #65: 40S ribosomal protein S17-B
+分子 #66: 40S ribosomal protein S18-A
+分子 #67: 40S ribosomal protein S19-A
+分子 #68: 40S ribosomal protein S20
+分子 #69: 40S ribosomal protein S21-A
+分子 #70: 40S ribosomal protein S22-A
+分子 #71: 40S ribosomal protein S23-A
+分子 #72: 40S ribosomal protein S24-A
+分子 #73: 40S ribosomal protein S25-A
+分子 #74: 40S ribosomal protein S26-B
+分子 #75: 40S ribosomal protein S27-A
+分子 #76: 40S ribosomal protein S28-A
+分子 #77: 40S ribosomal protein S29-A
+分子 #78: 40S ribosomal protein S30-A
+分子 #79: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
+分子 #80: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
+分子 #83: 60S ribosomal protein L1-A
+分子 #84: Elongation factor 2
+分子 #85: ZINC ION
+分子 #86: [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA...
+分子 #87: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #88: TETRAFLUOROALUMINATE ION
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 4, blot waiting time 30 s. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 77200 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | ![]() PDB-6gqb: |