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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0012 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament in complex with AMPPNP | |||||||||
![]() | MDA5-dsRNA helical reconstruction in the presence of 2.5 mM AMPPNP | |||||||||
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![]() | Protein-RNA complex / helical filament / ATPase / innate immune receptor / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() MDA-5 signaling pathway / Ub-specific processing proteases / positive regulation of response to cytokine stimulus / pattern recognition receptor activity / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / antiviral innate immune response / protein sumoylation / positive regulation of interferon-alpha production ...MDA-5 signaling pathway / Ub-specific processing proteases / positive regulation of response to cytokine stimulus / pattern recognition receptor activity / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / antiviral innate immune response / protein sumoylation / positive regulation of interferon-alpha production / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of interferon-beta production / response to virus / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase / protein domain specific binding / innate immune response / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.06 Å | |||||||||
![]() | Yu Q / Qu K | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structures of MDA5-dsRNA Filaments at Different Stages of ATP Hydrolysis. 著者: Qin Yu / Kun Qu / Yorgo Modis / ![]() 要旨: Double-stranded RNA (dsRNA) is a potent proinflammatory signature of viral infection. Long cytosolic dsRNA is recognized by MDA5. The cooperative assembly of MDA5 into helical filaments on dsRNA ...Double-stranded RNA (dsRNA) is a potent proinflammatory signature of viral infection. Long cytosolic dsRNA is recognized by MDA5. The cooperative assembly of MDA5 into helical filaments on dsRNA nucleates the assembly of a multiprotein type I interferon signaling platform. Here, we determined cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of MDA5-dsRNA filaments with different helical twists and bound nucleotide analogs at resolutions sufficient to build and refine atomic models. The structures identify the filament-forming interfaces, which encode the dsRNA binding cooperativity and length specificity of MDA5. The predominantly hydrophobic interface contacts confer flexibility, reflected in the variable helical twist within filaments. Mutation of filament-forming residues can result in loss or gain of signaling activity. Each MDA5 molecule spans 14 or 15 RNA base pairs, depending on the twist. Variations in twist also correlate with variations in the occupancy and type of nucleotide in the active site, providing insights on how ATP hydrolysis contributes to MDA5-dsRNA recognition. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.3 KB 23.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 151.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 42.9 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 12.9 MB 12.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 366.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6gjzMC ![]() 0023C ![]() 0024C ![]() 0143C ![]() 0145C ![]() 4338C ![]() 4340C ![]() 4341C ![]() 6g19C ![]() 6g1sC ![]() 6g1xC ![]() 6gkhC ![]() 6gkmC ![]() 6h61C ![]() 6h66C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data #1: Unaligned multi-frame movies of mouse MDA5-dsRNA filaments in complex with 2.5mM AMPPNP [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | MDA5-dsRNA helical reconstruction in the presence of 2.5 mM AMPPNP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_0012_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_0012_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : MDA5-dsRNA helical filament in complex with AMPPNP
全体 | 名称: MDA5-dsRNA helical filament in complex with AMPPNP |
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要素 |
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-超分子 #1: MDA5-dsRNA helical filament in complex with AMPPNP
超分子 | 名称: MDA5-dsRNA helical filament in complex with AMPPNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 2.079 kDa/nm |
-超分子 #2: MDA5 bound to AMPPNP
超分子 | 名称: MDA5 bound to AMPPNP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 詳細: DExD/H-box helicase consisting of Hel1, Hel2, Hel2i, and pincer domains, followed by a C-terminal domain |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Double-stranded RNA from bacteriophage Phi6
超分子 | 名称: Double-stranded RNA from bacteriophage Phi6 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
分子 | 名称: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 114.214477 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSIVCSAEDS FRNLILFFRP RLKMYIQVEP VLDHLIFLSA ETKEQILKKI NTCGNTSAAE LLLSTLEQGQ WPLGWTQMFV EALEHSGNP LAARYVKPTL TDLPSPSSET AHDECLHLLT LLQPTLVDKL LINDVLDTCF EKGLLTVEDR NRISAAGNSG N ESGVRELL ...文字列: MSIVCSAEDS FRNLILFFRP RLKMYIQVEP VLDHLIFLSA ETKEQILKKI NTCGNTSAAE LLLSTLEQGQ WPLGWTQMFV EALEHSGNP LAARYVKPTL TDLPSPSSET AHDECLHLLT LLQPTLVDKL LINDVLDTCF EKGLLTVEDR NRISAAGNSG N ESGVRELL RRIVQKENWF STFLDVLRQT GNDALFQELT GGGCPEDNTD LANSSHRDGP AANECLLPAV DESSLETEAW NV DDILPEA SCTDSSVTTE SDTSLAEGSV SCFDESLGHN SNMGRDSGTM GSDSDESVIQ TKRVSPEPEL QLRPYQMEVA QPA LDGKNI IICLPTGSGK TRVAVYITKD HLDKKKQASE SGKVIVLVNK VMLAEQLFRK EFNPYLKKWY RIIGLSGDTQ LKIS FPEVV KSYDVIISTA QILENSLLNL ESGDDDGVQL SDFSLIIIDE CHHTNKEAVY NNIMRRYLKQ KLRNNDLKKQ NKPAI PLPQ ILGLTASPGV GAAKKQSEAE KHILNICANL DAFTIKTVKE NLGQLKHQIK EPCKKFVIAD DTRENPFKEK LLEIMA SIQ TYCQKSPMSD FGTQHYEQWA IQMEKKAAKD GNRKDRVCAE HLRKYNEALQ INDTIRMIDA YSHLETFYTD EKEKKFA VL NDSKKSLKLD ETDEFLMNLF FDNKKMLKKL AENPKYENEK LIKLRNTILE QFTRSEESSR GIIFTKTRQS TYALSQWI M ENAKFAEVGV KAHHLIGAGH SSEVKPMTQT EQKEVISKFR TGEINLLIAT TVAEEGLDIK ECNIVIRYGL VTNEIAMVQ ARGRARADES TYVLVTSSGS GVTEREIVND FREKMMYKAI NRVQNMKPEE YAHKILELQV QSILEKKMKV KRSIAKQYND NPSLITLLC KNCSMLVCSG ENIHVIEKMH HVNMTPEFKG LYIVRENKAL QKKFADYQTN GEIICKCGQA WGTMMVHKGL D LPCLKIRN FVVNFKNNSP KKQYKKWVEL PIRFPDLDYS EYCLYSDED UniProtKB: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1 |
-分子 #2: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*AP*G)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*CP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*AP*G)-3') タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 4.587852 KDa |
配列 | 文字列: CAAGCCGAGG AGAG |
-分子 #3: RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*UP*CP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*UP*G)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*UP*CP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*UP*G)-3') タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 4.35258 KDa |
配列 | 文字列: CUCUCCUCGG CUUG |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ANP |
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分子量 | 理論値: 506.196 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ANP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | Filament samples were diluted twofold from 1 mg/ml to 0.5 mg/ml immediately prior to plunge freezing |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 29.33 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 125 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | ![]() PDB-6gjz: |