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- EMDB-8665: Nucleotide-driven Triple-state Remodeling of the AAA-ATPase Chann... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8665
タイトルNucleotide-driven Triple-state Remodeling of the AAA-ATPase Channel in the Activated Human 26S Proteasome
マップデータFinal SD3 state map with a corrected B-factor of -80 and low-pass filtered to 4.9 Angstrom
試料
  • 複合体: 26S proteasome bound to ATP-gammaS
    • タンパク質・ペプチド: x 27種
  • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 2種
キーワード26S proteasome / ATP-dependent protease / AAA-ATPase / peptide-unfolding channel / 20S core particle / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of inclusion body assembly / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / modulation by host of viral transcription / meiosis I / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / proteasome accessory complex / integrator complex / purine ribonucleoside triphosphate binding ...positive regulation of inclusion body assembly / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / modulation by host of viral transcription / meiosis I / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / proteasome accessory complex / integrator complex / purine ribonucleoside triphosphate binding / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / metal-dependent deubiquitinase activity / negative regulation of programmed cell death / regulation of endopeptidase activity / protein K63-linked deubiquitination / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / proteasome core complex / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / : / K63-linked deubiquitinase activity / Somitogenesis / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / myofibril / immune system process / proteasome binding / transcription factor binding / regulation of protein catabolic process / proteasome storage granule / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / blastocyst development / general transcription initiation factor binding / NF-kappaB binding / endopeptidase activator activity / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome assembly / protein deubiquitination / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / mRNA export from nucleus / regulation of proteasomal protein catabolic process / enzyme regulator activity / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / inclusion body / ERAD pathway / sarcomere / proteasome complex / ciliary basal body / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / stem cell differentiation / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Degradation of DVL / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / lipopolysaccharide binding / Hh mutants are degraded by ERAD / Degradation of AXIN / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / G2/M Checkpoints / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / double-strand break repair via homologous recombination / P-body / Regulation of RUNX3 expression and activity / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / MAPK6/MAPK4 signaling
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin interaction motif / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / DSS1/SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / : ...: / Ubiquitin interaction motif / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / DSS1/SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / : / DSS1/SEM1 family / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 C-terminal domain / PSD13 N-terminal repeats / DSS1_SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn6, N-terminal / 6S proteasome subunit Rpn6, C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN6 N-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN6 C-terminal helix domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / : / 26S proteasome subunit RPN2, N-terminal domain / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn2/Psmd1 subunit / 26S proteasome regulatory subunit RPN2, C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 C-terminal domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit / RPN1, N-terminal / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1, C-terminal / : / RPN1 N-terminal domain / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1 C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit 7, OB domain / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / Proteasome/cyclosome repeat / Ubiquitin-interacting motif. / Proteasome/cyclosome repeat / PCI/PINT associated module / : / von Willebrand factor type A domain / Proteasome subunit alpha 1 / HEAT repeats / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / von Willebrand factor (vWF) type A domain / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / VWFA domain profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / von Willebrand factor, type A / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / Proteasome subunit alpha type-7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / 26S proteasome regulatory subunit 6A / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 ...26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / Proteasome subunit alpha type-7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / 26S proteasome regulatory subunit 6A / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 / 26S proteasome regulatory subunit 7 / 26S proteasome regulatory subunit 6B / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Proteasome subunit alpha type-6 / 26S proteasome regulatory subunit 4 / 26S proteasome regulatory subunit 8 / 26S proteasome regulatory subunit 10B / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 / Proteasome subunit beta type-7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Zhu Y / Wang WL
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural mechanism for nucleotide-driven remodeling of the AAA-ATPase unfoldase in the activated human 26S proteasome.
著者: Yanan Zhu / Wei Li Wang / Daqi Yu / Qi Ouyang / Ying Lu / Youdong Mao /
要旨: The proteasome is a sophisticated ATP-dependent molecular machine responsible for protein degradation in all known eukaryotic cells. It remains elusive how conformational changes of the AAA-ATPase ...The proteasome is a sophisticated ATP-dependent molecular machine responsible for protein degradation in all known eukaryotic cells. It remains elusive how conformational changes of the AAA-ATPase unfoldase in the regulatory particle (RP) control the gating of the substrate-translocation channel leading to the proteolytic chamber of the core particle (CP). Here we report three alternative states of the ATP-γ-S-bound human proteasome, in which the CP gates are asymmetrically open, visualized by cryo-EM at near-atomic resolutions. At least four nucleotides are bound to the AAA-ATPase ring in these open-gate states. Variation in nucleotide binding gives rise to an axial movement of the pore loops narrowing the substrate-translation channel, which exhibit remarkable structural transitions between the spiral-staircase and saddle-shaped-circle topologies. Gate opening in the CP is thus regulated by nucleotide-driven conformational changes of the AAA-ATPase unfoldase. These findings demonstrate an elegant mechanism of allosteric coordination among sub-machines within the human proteasome holoenzyme.
履歴
登録2017年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月18日-
マップ公開2018年7月18日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5vfr
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8665.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8665.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final SD3 state map with a corrected B-factor of -80 and low-pass filtered to 4.9 Angstrom
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 560 pix.
= 420. Å		0.75 Å/pix.
x 560 pix.
= 420. Å		0.75 Å/pix.
x 560 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.008931543 - 0.017174128
平均 (標準偏差)0.000030778676 (±0.00144608)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 420.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.750.750.75
M x/y/z560560560
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.000420.000420.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS560560560
D min/max/mean-0.0090.0170.000

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添付データ

-
追加マップ: Final SD3 state with a local mask of AAA-ATPase and 20S core particle

ファイルemd_8665_additional_1.map
注釈Final SD3 state with a local mask of AAA-ATPase and 20S core particle
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Uncorrected raw map

ファイルemd_8665_additional_2.map
注釈Uncorrected raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : 26S proteasome bound to ATP-gammaS

全体名称: 26S proteasome bound to ATP-gammaS
要素
  • 複合体: 26S proteasome bound to ATP-gammaS
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Sem1
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 10B
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 7
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 4
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 6B
  • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 6A
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

+
超分子 #1: 26S proteasome bound to ATP-gammaS

超分子名称: 26S proteasome bound to ATP-gammaS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8, #10-#11, #32, #28, #30, #12-#25
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.26318 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GIISLLDEDE PQLKEFALHK LNAVVNDFWA EISESVDKIE VLYEDEGFRS RQFAALVASK VFYHLGAFEE SLNYALGAGD LFNVNDNSE YVETIIAKCI DHYTKQCVEN ADLPEGEKKP IDQRLEGIVN KMFQRCLDDH KYKQAIGIAL ETRRLDVFEK T ILESNDVP ...文字列:
GIISLLDEDE PQLKEFALHK LNAVVNDFWA EISESVDKIE VLYEDEGFRS RQFAALVASK VFYHLGAFEE SLNYALGAGD LFNVNDNSE YVETIIAKCI DHYTKQCVEN ADLPEGEKKP IDQRLEGIVN KMFQRCLDDH KYKQAIGIAL ETRRLDVFEK T ILESNDVP GMLAYSLKLC MSLMQNKQFR NKVLRVLVKI YMNLEKPDFI NVCQCLIFLD DPQAVSDILE KLVKEDNLLM AY QICFDLY ESASQQFLSS VIQNLRTVGT PIASVPGSTN TGTVPGSEKD SDSMETEEKT SSAFVGKTPE ASPEPKDQTL KMI KILSGE MAIELHLQFL IRNNNTDLMI LKNTKDAVRN SVCHTATVIA NSFMHCGTTS DQFLRDNLEW LARATNWAKF TATA SLGVI HKGHEKEALQ LMATYLPKDT SPGSAYQEGG GLYALGLIHA NHGGDIIDYL LNQLKNASND IVRHGGSLGL GLAAM GTAR QDVYDLLKTN LYQDDAVTGE AAGLALGLVM LGSKNAQAIE DMVGYAQETQ HEKILRGLAV GIALVMYGRM EEADAL IES LCRDKDPILR RSGMYTVAMA YCGSGNNKAI RRLLHVAVSD VNDDVRRAAV ESLGFILFRT PEQCPSVVSL LSESYNP HV RYGAAMALGI CCAGTGNKEA INLLEPMTND PVNYVRQGAL IASALIMIQQ TEITCPKVNQ FRQLYSKVIN DKHDDVMA K FGAILAQGIL DAGGHNVTIS LQSRTGHTHM PSVVGVLVFT QFWFWFPLSH FLSLAYTPTC VIGLNKDLKM PKVQYKSNC KPSTFAYPAP LEVPKEKEKE KVSTAVLSIT AKAKKKEKEK EKKEEEKMEV DEAEKKEEKE KKKEPEPNFQ LLDNPARVMP AQLKVLTMP ETCRYQPFKP LSIGGIIILK DT

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1

+
分子 #2: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.755656 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PPGGGEQEPP PPPAPQDVEM KEEAATGGGS TGEADGKTAA AAAEHSQREL DTVTLEDIKE HVKQLEKAVS GKEPRFVLRA LRMLPSTSR RLNHYVLYKA VQGFFTSNNA TRDFLLPFLE EPMDTEADLQ FRPRTGKAAS TPLLPEVEAY LQLLVVIFMM N SKRYKEAQ ...文字列:
PPGGGEQEPP PPPAPQDVEM KEEAATGGGS TGEADGKTAA AAAEHSQREL DTVTLEDIKE HVKQLEKAVS GKEPRFVLRA LRMLPSTSR RLNHYVLYKA VQGFFTSNNA TRDFLLPFLE EPMDTEADLQ FRPRTGKAAS TPLLPEVEAY LQLLVVIFMM N SKRYKEAQ KISDDLMQKI STQNRRALDL VAAKCYYYHA RVYEFLDKLD VVRSFLHARL RTATLRHDAD GQATLLNLLL RN YLHYSLY DQAEKLVSKS VFPEQANNNE WARYLYYTGR IKAIQLEYSE ARRTMTNALR KAPQHTAVGF KQTVHKLLIV VEL LLGEIP DRLQFRQPSL KRSLMPYFLL TQAVRTGNLA KFNQVLDQFG EKFQADGTYT LIIRLRHNVI KTGVRMISLS YSRI SLADI AQKLQLDSPE DAEFIVAKAI RDGVIEASIN HEKGYVQSKE MIDIYSTREP QLAFHQRISF CLDIHNMSVK AMRFP

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3

+
分子 #3: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.979359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADGGSERAD GRIVKMEVDY SATVDQRLPE CAKLAKEGRL QEVIETLLSL EKQTRTASDM VSTSRILVAV VKMCYEAKEW DLLNENIML LSKRRSQLKQ AVAKMVQQCC TYVEEITDLP IKLRLIDTLR MVTEGKIYVE IERARLTKTL ATIKEQNGDV K EAASILQE ...文字列:
MADGGSERAD GRIVKMEVDY SATVDQRLPE CAKLAKEGRL QEVIETLLSL EKQTRTASDM VSTSRILVAV VKMCYEAKEW DLLNENIML LSKRRSQLKQ AVAKMVQQCC TYVEEITDLP IKLRLIDTLR MVTEGKIYVE IERARLTKTL ATIKEQNGDV K EAASILQE LQVETYGSME KKERVEFILE QMRLCLAVKD YIRTQIISKK INTKFFQEEN TEKLKLKYYN LMIQLDQHEG SY LSICKHY RAIYDTPCIQ AESEKWQQAL KSVVLYVILA PFDNEQSDLV HRISGDKKLE EIPKYKDLLK LFTTMELMRW STL VEDYGM ELRKGSLESP ATDVFGSTEE GEKRWKDLKN RVVEHNIRIM AKYYTRITMK RMAQLLDLSV DESEAFLSNL VVNK TIFAK VDRLAGIINF QRPKDPNNLL NDWSQKLNSL MSLVNKTTHL IAKEEMIHNL Q

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 12

+
分子 #4: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.868555 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VQVKEQSILE LGSLLAKTGQ AAELGGLLKY VRPFLNSISK AKAARLVRSL LDLFLDMEAA TGQEVELCLE CIEWAKSEKR TFLRQALEA RLVSLYFDTK RYQEALHLGS QLLRELKKMD DKALLVEVQL LESKTYHALS NLPKARAALT SARTTANAIY C PPKLQATL ...文字列:
VQVKEQSILE LGSLLAKTGQ AAELGGLLKY VRPFLNSISK AKAARLVRSL LDLFLDMEAA TGQEVELCLE CIEWAKSEKR TFLRQALEA RLVSLYFDTK RYQEALHLGS QLLRELKKMD DKALLVEVQL LESKTYHALS NLPKARAALT SARTTANAIY C PPKLQATL DMQSGIIHAA EEKDWKTAYS YFYEAFEGYD SIDSPKAITS LKYMLLCKIM LNTPEDVQAL VSGKLALRYA GR QTEALKC VAQASKNRSL ADFEKALTDY RAELRDDPII STHLAKLYDN LLEQNLIRVI EPFSRVQIEH ISSLIKLSKA DVE RKLSQM ILDKKFHGIL DQGEGVLIIF DEPPVDKTYE AALETIQNMS KVVDSLYNKA KKLT

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11

+
分子 #5: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.336906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PKNPDLRIAQ LRFLLSLPEH RGDAAVRDEL MAAVRDNNMA PYYEALCKSL DWQIDVDLLN KMKKANEDEL KRLDEELEDA EKNLGESEI RDAMMAKAEY LCRIGDKEGA LTAFRKTYDK TVALGHRLDI VFYLLRIGLF YMDNDLITRN TEKAKSLIEE G GDWDRRNR ...文字列:
PKNPDLRIAQ LRFLLSLPEH RGDAAVRDEL MAAVRDNNMA PYYEALCKSL DWQIDVDLLN KMKKANEDEL KRLDEELEDA EKNLGESEI RDAMMAKAEY LCRIGDKEGA LTAFRKTYDK TVALGHRLDI VFYLLRIGLF YMDNDLITRN TEKAKSLIEE G GDWDRRNR LKVYQGLYCV AIRDFKQAAE LFLDTVSTFT SYELMDYKTF VTYTVYVSMI ALERPDLREK VIKGAEILEV LH SLPAVRQ YLFSLYECRY SVFFQSLAVV EQEMKKDWLF APHYRYYVRE MRIHAYSQLL ESYRSLTLGY MAEAFGVGVE FID QELSRF IAAGRLHCKI DKVNEIVETN RPDSKNWQYQ ETIKKGDLLL NRVQKLSRVI NM

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6

+
分子 #6: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.382094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AVQKVVVHPL VLLSVVDHFN RIGKVGNQKR VVGVLLGSWQ KKVLDVSNSF AVPFDEDDKD DSVWFLDHDY LENMYGMFKK VNARERIVG WYHTGPKLHK NDIAINELMK RYCPNSVLVI IDVKPKDLGL PTEAYISVEE VHDDGTPTSK TFEHVTSEIG A EEAEEVGV ...文字列:
AVQKVVVHPL VLLSVVDHFN RIGKVGNQKR VVGVLLGSWQ KKVLDVSNSF AVPFDEDDKD DSVWFLDHDY LENMYGMFKK VNARERIVG WYHTGPKLHK NDIAINELMK RYCPNSVLVI IDVKPKDLGL PTEAYISVEE VHDDGTPTSK TFEHVTSEIG A EEAEEVGV EHLLRDIKDT TVGTLSQRIT NQVHGLKGLN SKLLDIRSYL EKVATGKLPI NHQIIYQLQD VFNLLPDVSL QE FVKAFYL KTNDQMVVVY LASLIRSVVA LHNLINNKIA NRDAEKKEG

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 7

+
分子 #7: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.619898 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VPGFLQQSQN SGPGQPAVWH RLEELYTKKL WHQLTLQVLD FVQDPCFAQG DGLIKLYENF ISEFEHRVNP LSLVEIILHV VRQMTDPNV ALTFLEKTRE KVKSSDEAVI LCKTAIGALK LNIGDLQVTK ETIEDVEEML NNLPGVTSVH SRFYDLSSKY Y QTIGNHAS ...文字列:
VPGFLQQSQN SGPGQPAVWH RLEELYTKKL WHQLTLQVLD FVQDPCFAQG DGLIKLYENF ISEFEHRVNP LSLVEIILHV VRQMTDPNV ALTFLEKTRE KVKSSDEAVI LCKTAIGALK LNIGDLQVTK ETIEDVEEML NNLPGVTSVH SRFYDLSSKY Y QTIGNHAS YYKDALRFLG CVDIKDLPVS EQQERAFTLG LAGLLGEGVF NFGELLMHPV LESLRNTDRQ WLIDTLYAFN SG NVERFQT LKTAWGQQPD LAANEAQLLR KIQLLCLMEM TFTRPANHRQ LTFEEIAKSA KITVNEVELL VMKALSVGLV KGS IDEVDK RVHMTWVQPR VLDLQQIKGM KDRLEFWCTD VKSMEMLVEH QAHDILT

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13

+
分子 #8: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.866023 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVLESTMVCV DNSEYMRNGD FLPTRLQAQQ DAVNIVCHSK TRSNPENNVG LITLANDCEV LTTLTPDTGR ILSKLHTVQP KGKITFCTG IRVAHLALKH RQGKNHKMRI IAFVGSPVED NEKDLVKLAK RLKKEKVNVD IINFGEEEVN TEKLTAFVNT L NGKDGTGS ...文字列:
MVLESTMVCV DNSEYMRNGD FLPTRLQAQQ DAVNIVCHSK TRSNPENNVG LITLANDCEV LTTLTPDTGR ILSKLHTVQP KGKITFCTG IRVAHLALKH RQGKNHKMRI IAFVGSPVED NEKDLVKLAK RLKKEKVNVD IINFGEEEVN TEKLTAFVNT L NGKDGTGS HLVTVPPGPS LADALISSPI LAG

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4

+
分子 #9: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.329355 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AVDTAEQVYI SSLALLKMLK HGRAGVPMEV MGLMLGEFVD DYTVRVIDVF AMPQSGTGVS VEAVDPVFQA KMLDMLKQTG RPEMVVGWY HSHPGFGCWL SGVDINTQQS FEALSERAVA VVVDPIQSVK GKVVIDAFRL INANMMVLGH EPRQTTSNLG H LNKPSIQA ...文字列:
AVDTAEQVYI SSLALLKMLK HGRAGVPMEV MGLMLGEFVD DYTVRVIDVF AMPQSGTGVS VEAVDPVFQA KMLDMLKQTG RPEMVVGWY HSHPGFGCWL SGVDINTQQS FEALSERAVA VVVDPIQSVK GKVVIDAFRL INANMMVLGH EPRQTTSNLG H LNKPSIQA LIHGLNRHYY SITINYRKNE LEQKMLLNLH KKSWMEGLTL QDYSEHCKHN ESVVKEMLEL AKNYNKAVEE ED KMTPEQL AIKNVGKQDP KRHLEEHVDV LMTSNIVQCL AAMLDTVVFK

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 14

+
分子 #10: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.039699 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYEQLKGEWN RKSPNLSKCG EELGRLKLVL LELNFLPTTG TKLTKQQLIL ARDILEIGAQ WSILRKDIPS FERYMAQLKC YYFDYKEQL PESAYMHQLL GLNLLFLLSQ NRVAEFHTEL ERLPAKDIQT NVYIKHPVSL EQYLMEGSYN KVFLAKGNIP A ESYTFFID ...文字列:
MYEQLKGEWN RKSPNLSKCG EELGRLKLVL LELNFLPTTG TKLTKQQLIL ARDILEIGAQ WSILRKDIPS FERYMAQLKC YYFDYKEQL PESAYMHQLL GLNLLFLLSQ NRVAEFHTEL ERLPAKDIQT NVYIKHPVSL EQYLMEGSYN KVFLAKGNIP A ESYTFFID ILLDTIRDEI AGCIEKAYEK ILFTEATRIL FFNTPKKMTD YAKKRGWVLG PNNYYSFASQ QQKPEDTTIP ST ELAKQVI EYARQLEMIV

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8

+
分子 #11: Sem1

分子名称: Sem1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.284611 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSEKKQPVDL GLLEEDDEFE EFPAEDWAGL DEDEDAHVWE DNWDDDNVED DFSNQLRAEL EKHGYKMETS

+
分子 #12: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.727658 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SSAGFDRHIT IFSPEGRLYQ VEYAFKAINQ GGLTSVAVRG KDCAVIVTQK KVPDKLLDSS TVTHLFKITE NIGCVMTGMT ADSRSQVQR ARYEAANWKY KYGYEIPVDM LCKRIADISQ VYTQNAEMRP LGCCMILIGI DEEQGPQVYK CDPAGYYCGF K ATAAGVKQ ...文字列:
SSAGFDRHIT IFSPEGRLYQ VEYAFKAINQ GGLTSVAVRG KDCAVIVTQK KVPDKLLDSS TVTHLFKITE NIGCVMTGMT ADSRSQVQR ARYEAANWKY KYGYEIPVDM LCKRIADISQ VYTQNAEMRP LGCCMILIGI DEEQGPQVYK CDPAGYYCGF K ATAAGVKQ TESTSFLEKK VKKKFDWTFE QTVETAITCL STVLSIDFKP SEIEVGVVTV ENPKFRILTE AEIDAHLVAL AE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6

+
分子 #13: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.72526 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ERGYSFSLTT FSPSGKLVQI EYALAAVAGG APSVGIKAAN GVVLATEKKQ KSILYDERSV HKVEPITKHI GLVYSGMGPD YRVLVHRAR KLAQQYYLVY QEPIPTAQLV QRVASVMQEY TQSGGVRPFG VSLLICGWNE GRPYLFQSDP SGAYFAWKAT A MGKNYVNG ...文字列:
ERGYSFSLTT FSPSGKLVQI EYALAAVAGG APSVGIKAAN GVVLATEKKQ KSILYDERSV HKVEPITKHI GLVYSGMGPD YRVLVHRAR KLAQQYYLVY QEPIPTAQLV QRVASVMQEY TQSGGVRPFG VSLLICGWNE GRPYLFQSDP SGAYFAWKAT A MGKNYVNG KTFLEKRYNE DLELEDAIHT AILTLKESFE GQMTEDNIEV GICNEAGFRR LTPTEVKDYL AAIA

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2

+
分子 #14: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.118189 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SRRYDSRTTI FSPEGRLYQV EYAMEAIGHA GTCLGILAND GVLLAAERRN IHKLLDEVFF SEKIYKLNED MACSVAGITS DANVLTNEL RLIAQRYLLQ YQEPIPCEQL VTALCDIKQA YTQFGGKRPF GVSLLYIGWD KHYGFQLYQS DPSGNYGGWK A TCIGNNSA ...文字列:
SRRYDSRTTI FSPEGRLYQV EYAMEAIGHA GTCLGILAND GVLLAAERRN IHKLLDEVFF SEKIYKLNED MACSVAGITS DANVLTNEL RLIAQRYLLQ YQEPIPCEQL VTALCDIKQA YTQFGGKRPF GVSLLYIGWD KHYGFQLYQS DPSGNYGGWK A TCIGNNSA AAVSMLKQDY KEGEMTLKSA LALAIKVLNK TMDVSKLSAE KVEIATLTRE NGKTVIRVLK QKEVEQLIKK HE EEEAKAE REK

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-4

+
分子 #15: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.382178 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYDRAITVFS PDGHLFQVEY AQEAVKKGST AVGVRGRDIV VLGVEKKSVA KLQDERTVRK ICALDDNVCM AFAGLTADAR IVINRARVE CQSHRLTVED PVTVEYITRY IASLKQRYTQ SNGRRPFGIS ALIVGFDFDG TPRLYQTDPS GTYHAWKANA I GRGAKSVR ...文字列:
SYDRAITVFS PDGHLFQVEY AQEAVKKGST AVGVRGRDIV VLGVEKKSVA KLQDERTVRK ICALDDNVCM AFAGLTADAR IVINRARVE CQSHRLTVED PVTVEYITRY IASLKQRYTQ SNGRRPFGIS ALIVGFDFDG TPRLYQTDPS GTYHAWKANA I GRGAKSVR EFLEKNYTDE AIETDDLTIK LVIKALLEVV QSGGKNIELA VMRRDQSLKI LNPEEIEKYV AEIEKEKEEN EK KKQ

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-7

+
分子 #16: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.569957 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YDRGVNTFSP EGRLFQVEYA IEAIKLGSTA IGIQTSEGVC LAVEKRITSP LMEPSSIEKI VEIDAHIGCA MSGLIADAKT LIDKARVET QNHWFTYNET MTVESVTQAV SNLALQFGEE DADPGAMSRP FGVALLFGGV DEKGPQLFHM DPSGTFVQCD A RAIGSASE ...文字列:
YDRGVNTFSP EGRLFQVEYA IEAIKLGSTA IGIQTSEGVC LAVEKRITSP LMEPSSIEKI VEIDAHIGCA MSGLIADAKT LIDKARVET QNHWFTYNET MTVESVTQAV SNLALQFGEE DADPGAMSRP FGVALLFGGV DEKGPQLFHM DPSGTFVQCD A RAIGSASE GAQSSLQEVY HKSMTLKEAI KSSLIILKQV MEEKLNATNI ELATVQPGQN FHMFTKEELE EVIKDI

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-5

+
分子 #17: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.728428 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NQYDNDVTVW SPQGRIHQIE YAMEAVKQGS ATVGLKSKTH AVLVALKRAQ SELAAHQKKI LHVDNHIGIS IAGLTADARL LCNFMRQEC LDSRFVFDRP LPVSRLVSLI GSKTQIPTQR YGRRPYGVGL LIAGYDDMGP HIFQTCPSAN YFDCRAMSIG A RSQSARTY ...文字列:
NQYDNDVTVW SPQGRIHQIE YAMEAVKQGS ATVGLKSKTH AVLVALKRAQ SELAAHQKKI LHVDNHIGIS IAGLTADARL LCNFMRQEC LDSRFVFDRP LPVSRLVSLI GSKTQIPTQR YGRRPYGVGL LIAGYDDMGP HIFQTCPSAN YFDCRAMSIG A RSQSARTY LERHMSEFME CNLNELVKHG LRALRETLPA EQDLTTKNVS IGIVGKDLEF TIYDDDDVSP FLEGLEERPQ

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1

+
分子 #18: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.2871 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SSIGTGYDLS ASTFSPDGRV FQVEYAMKAV ENSSTAIGIR CKDGVVFGVE KLVLSKLYEE GSNKRLFNVD RHVGMAVAGL LADARSLAD IAREEASNFR SNFGYNIPLK HLADRVAMYV HAYTLYSAVR PFGCSFMLGS YSVNDGAQLY MIDPSGVSYG Y WGCAIGKA ...文字列:
SSIGTGYDLS ASTFSPDGRV FQVEYAMKAV ENSSTAIGIR CKDGVVFGVE KLVLSKLYEE GSNKRLFNVD RHVGMAVAGL LADARSLAD IAREEASNFR SNFGYNIPLK HLADRVAMYV HAYTLYSAVR PFGCSFMLGS YSVNDGAQLY MIDPSGVSYG Y WGCAIGKA RQAAKTEIEK LQMKEMTCRD IVKEVAKIIY IVHDEVKDKA FELELSWVGE LTNGRHEIVP KDIREEAEKY AK ESLKE

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3

+
分子 #19: Proteasome subunit beta type-6

分子名称: Proteasome subunit beta type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.471129 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TTIMAVQFDG GVVLGADSRT TTGSYIANRV TDKLTPIHDR IFCCRSGSAA DTQAVADAVT YQLGFHSIEL NEPPLVHTAA SLFKEMCYR YREDLMAGII IAGWDPQEGG QVYSVPMGGM MVRQSFAIGG SGSSYIYGYV DATYREGMTK EECLQFTANA L ALAMERDG ...文字列:
TTIMAVQFDG GVVLGADSRT TTGSYIANRV TDKLTPIHDR IFCCRSGSAA DTQAVADAVT YQLGFHSIEL NEPPLVHTAA SLFKEMCYR YREDLMAGII IAGWDPQEGG QVYSVPMGGM MVRQSFAIGG SGSSYIYGYV DATYREGMTK EECLQFTANA L ALAMERDG SSGGVIRLAA IAESGVERQV LLG

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-6

+
分子 #20: Proteasome subunit beta type-7

分子名称: Proteasome subunit beta type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.745256 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TTIAGVVYKD GIVLGADTRA TEGMVVADKN CSKIHFISPN IYCCGAGTAA DTDMTTQLIS SNLELHSLST GRLPRVVTAN RMLKQMLFR YQGYIGAALV LGGVDVTGPH LYSIYPHGST DKLPYVTMGS GSLAAMAVFE DKFRPDMEEE EAKNLVSEAI A AGIFNDLG ...文字列:
TTIAGVVYKD GIVLGADTRA TEGMVVADKN CSKIHFISPN IYCCGAGTAA DTDMTTQLIS SNLELHSLST GRLPRVVTAN RMLKQMLFR YQGYIGAALV LGGVDVTGPH LYSIYPHGST DKLPYVTMGS GSLAAMAVFE DKFRPDMEEE EAKNLVSEAI A AGIFNDLG SGSNIDLCVI SKNKLDFLRP YTVPNKKGTR LGRYRCEKGT TAVLTEKITP LE

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-7

+
分子 #21: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.841701 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SIMSYNGGAV MAMKGKNCVA IAADRRFGIQ AQMVTTDFQK IFPMGDRLYI GLAGLATDVQ TVAQRLKFRL NLYELKEGRQ IKPYTLMSM VANLLYEKRF GPYYTEPVIA GLDPKTFKPF ICSLDLIGCP MVTDDFVVSG TCAEQMYGMC ESLWEPNMDP D HLFETISQ ...文字列:
SIMSYNGGAV MAMKGKNCVA IAADRRFGIQ AQMVTTDFQK IFPMGDRLYI GLAGLATDVQ TVAQRLKFRL NLYELKEGRQ IKPYTLMSM VANLLYEKRF GPYYTEPVIA GLDPKTFKPF ICSLDLIGCP MVTDDFVVSG TCAEQMYGMC ESLWEPNMDP D HLFETISQ AMLNAVDRDA VSGMGVIVHI IEKDKITTRT LKARMD

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-3

+
分子 #22: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.720146 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
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MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DCLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISRERAVEL L RKCLEELQ KRFILNLPTF SVRIIDKNGI HDLDNISFPK Q

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-2

+
分子 #23: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.199072 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TTTLAFKFRH GVIVAADSRA TAGAYIASQT VKKVIEINPY LLGTMAGGAA DCSFWERLLA RQCRIYELRN KERISVAAAS KLLANMVYQ YKGMGLSMGT MICGWDKRGP GLYYVDSEGN RISGATFSVG SGSVYAYGVM DRGYSYDLEV EQAYDLARRA I YQATYRDA ...文字列:
TTTLAFKFRH GVIVAADSRA TAGAYIASQT VKKVIEINPY LLGTMAGGAA DCSFWERLLA RQCRIYELRN KERISVAAAS KLLANMVYQ YKGMGLSMGT MICGWDKRGP GLYYVDSEGN RISGATFSVG SGSVYAYGVM DRGYSYDLEV EQAYDLARRA I YQATYRDA YSGGAVNLYH VREDGWIRVS SDNVADLHEK YSG

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-5

+
分子 #24: Proteasome subunit beta type-1

分子名称: Proteasome subunit beta type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.578986 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RFSPYVFNGG TILAIAGEDF AIVASDTRLS EGFSIHTRDS PKCYKLTDKT VIGCSGFHGD CLTLTKIIEA RLKMYKHSNN KAMTTGAIA AMLSTILYSR RFFPYYVYNI IGGLDEEGKG AVYSFDPVGS YQRDSFKAGG SASAMLQPLL DNQVGFKNMQ N VEHVPLSL ...文字列:
RFSPYVFNGG TILAIAGEDF AIVASDTRLS EGFSIHTRDS PKCYKLTDKT VIGCSGFHGD CLTLTKIIEA RLKMYKHSNN KAMTTGAIA AMLSTILYSR RFFPYYVYNI IGGLDEEGKG AVYSFDPVGS YQRDSFKAGG SASAMLQPLL DNQVGFKNMQ N VEHVPLSL DRAMRLVKDV FISAAERDVY TGDALRICIV TKEGIREETV SLRKD

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-1

+
分子 #25: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.994324 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TQNPMVTGTS VLGVKFEGGV VIAADMLGSY GSLARFRNIS RIMRVNNSTM LGASGDYADF QYLKQVLGQM VIDEELLGDG HSYSPRAIH SWLTRAMYSR RSKMNPLWNT MVIGGYADGE SFLGYVDMLG VAYEAPSLAT GYGAYLAQPL LREVLEKQPV L SQTEARDL ...文字列:
TQNPMVTGTS VLGVKFEGGV VIAADMLGSY GSLARFRNIS RIMRVNNSTM LGASGDYADF QYLKQVLGQM VIDEELLGDG HSYSPRAIH SWLTRAMYSR RSKMNPLWNT MVIGGYADGE SFLGYVDMLG VAYEAPSLAT GYGAYLAQPL LREVLEKQPV L SQTEARDL VERCMRVLYY RDARSYNRFQ IATVTEKGVE IEGPLSTETN WDIAHMI

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-4

+
分子 #26: 26S proteasome regulatory subunit 7

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.823457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TYGQSTYSRQ IKQVEDDIQQ LLKKINELTG IKESDTGLAP PALWDLAADK QTLQSEQPLQ VARCTKIINA DSEDPKYIIN VKQFAKFVV DLSDQVAPTD IEEGMRVGVD RNKYQIHIPL PPKIDPTVTM MQVEEKPDVT YSDVGGCKEQ IEKLREVVET P LLHPERFV ...文字列:
TYGQSTYSRQ IKQVEDDIQQ LLKKINELTG IKESDTGLAP PALWDLAADK QTLQSEQPLQ VARCTKIINA DSEDPKYIIN VKQFAKFVV DLSDQVAPTD IEEGMRVGVD RNKYQIHIPL PPKIDPTVTM MQVEEKPDVT YSDVGGCKEQ IEKLREVVET P LLHPERFV NLGIEPPKGV LLFGPPGTGK TLCARAVANR TDACFIRVIG SELVQKYVGE GARMVRELFE MARTKKACLI FF DEIDAIG GARFDDGAGG DNEVQRTMLE LINQLDGFDP RGNIKVLMAT NRPDTLDPAL MRPGRLDRKI EFSLPDLEGR THI FKIHAR SMSVERDIRF ELLARLCPNS TGAEIRSVCT EAGMFAIRAR RKIATEKDFL EAVNKVIKSY AKFSATPRYM TYN

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 7

+
分子 #27: 26S proteasome regulatory subunit 4

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.890246 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VTPHTQCRLK LLKLERIKDY LLMEEEFIRN QEQMKPLEEK QEEERSKVDD LRGTPMSVGT LEEIIDDNHA IVSTSVGSEH YVSILSFVD KDLLEPGCSV LLNHKVHAVI GVLMDDTDPL VTVMKVEKAP QETYADIGGL DNQIQEIKES VELPLTHPEY Y EEMGIKPP ...文字列:
VTPHTQCRLK LLKLERIKDY LLMEEEFIRN QEQMKPLEEK QEEERSKVDD LRGTPMSVGT LEEIIDDNHA IVSTSVGSEH YVSILSFVD KDLLEPGCSV LLNHKVHAVI GVLMDDTDPL VTVMKVEKAP QETYADIGGL DNQIQEIKES VELPLTHPEY Y EEMGIKPP KGVILYGPPG TGKTLLAKAV ANQTSATFLR VVGSELIQKY LGDGPKLVRE LFRVAEEHAP SIVFIDEIDA IG TKRYDSN SGGEREIQRT MLELLNQLDG FDSRGDVKVI MATNRIETLD PALIRPGRID RKIEFPLPDE KTKKRIFQIH TSR MTLADD VTLDDLIMAK DDLSGADIKA ICTEAGLMAL RERRMKVTNE DFKKSKENVL YKKQEGTPEG LYL

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 4

+
分子 #28: 26S proteasome regulatory subunit 8

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.034086 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LEEGKAGSGL RQYYLSKIEE LQLIVNDKSQ NLRRLQAQRN ELNAKVRLLR EELQLLQEQG SYVGEVVRAM DKKKVLVKVH PEGKFVVDV DKNIDINDVT PNCRVALRND SYTLHKILPN KVDPLVSLMM VEKVPDSTYE MIGGLDKQIK EIKEVIELPV K HPELFEAL ...文字列:
LEEGKAGSGL RQYYLSKIEE LQLIVNDKSQ NLRRLQAQRN ELNAKVRLLR EELQLLQEQG SYVGEVVRAM DKKKVLVKVH PEGKFVVDV DKNIDINDVT PNCRVALRND SYTLHKILPN KVDPLVSLMM VEKVPDSTYE MIGGLDKQIK EIKEVIELPV K HPELFEAL GIAQPKGVLL YGPPGTGKTL LARAVAHHTD CTFIRVSGSE LVQKFIGEGA RMVRELFVMA REHAPSIIFM DE IDSIGSS RLEGGSGGDS EVQRTMLELL NQLDGFEATK NIKVIMATNR IDILDSALLR PGRIDRKIEF PPPNEEARLD ILK IHSRKM NLTRGINLRK IAELMPGASG AEVKGVCTEA GMYALRERRV HVTQEDFEMA VAKVMQKDSE KNMSIK

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 8

+
分子 #29: 26S proteasome regulatory subunit 6B

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 6B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.303543 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DLYSRYKKLQ QELEFLEVQE EYIKDEQKNL KKEFLHAQEE VKRIQSIPLV IGQFLEAVDQ NTAIVGSTTG SNYYVRILST IDRELLKPN ASVALHKHSN ALVDVLPPEA DSSIMMLTSD QKPDVMYADI GGMDIQKQEV REAVELPLTH FELYKQIGID P PRGVLMYG ...文字列:
DLYSRYKKLQ QELEFLEVQE EYIKDEQKNL KKEFLHAQEE VKRIQSIPLV IGQFLEAVDQ NTAIVGSTTG SNYYVRILST IDRELLKPN ASVALHKHSN ALVDVLPPEA DSSIMMLTSD QKPDVMYADI GGMDIQKQEV REAVELPLTH FELYKQIGID P PRGVLMYG PPGCGKTMLA KAVAHHTTAA FIRVVGSEFV QKYLGEGPRM VRDVFRLAKE NAPAIIFIDE IDAIATKRFD AQ TGADREV QRILLELLNQ MDGFDQNVNV KVIMATNRAD TLDPALLRPG RLDRKIEFPL PDRRQKRLIF STITSKMNLS EEV DLEDYV ARPDKISGAD INSICQESGM LAVRENRYIV LAKDFEKAYK TVIKKDEQEH EFYK

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 6B

+
分子 #30: 26S proteasome regulatory subunit 10B

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 10B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.548078 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KLLEHKEIDG RLKELREQLK ELTKQYEKSE NDLKALQSVG QIVGEVLKQL TEEKFIVKAT NGPRYVVGCR RQLDKSKLKP GTRVALDMT TLTIMRYLPR EVDPLVYNMS HEDPGNVSYS EIGGLSEQIR ELREVIELPL TNPELFQRVG IIPPKGCLLY G PPGTGKTL ...文字列:
KLLEHKEIDG RLKELREQLK ELTKQYEKSE NDLKALQSVG QIVGEVLKQL TEEKFIVKAT NGPRYVVGCR RQLDKSKLKP GTRVALDMT TLTIMRYLPR EVDPLVYNMS HEDPGNVSYS EIGGLSEQIR ELREVIELPL TNPELFQRVG IIPPKGCLLY G PPGTGKTL LARAVASQLD CNFLKVVSSS IVDKYIGESA RLIREMFNYA RDHQPCIIFM DEIDAIGGRR FSEGTSADRE IQ RTLMELL NQMDGFDTLH RVKMIMATNR PDTLDPALLR PGRLDRKIHI DLPNEQARLD ILKIHAGPIT KHGEIDYEAI VKL SDGFNG ADLRNVCTEA GMFAIRADHD FVVQEDFMKA VRKVADSKKL ESKLDYKPV

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 10B

+
分子 #31: 26S proteasome regulatory subunit 6A

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.378 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RTRLLDSEIK IMKSEVLRVT HELQAMKDKI KENSEKIKVN KTLPYLVSNV IELLDVDPND QEEDGANIDL DSQRKGKCAV IKTSTRQTY FLPVIGLVDA EKLKPGDLVG VNKDSYLILE TLPTEYDSRV KAMEVDERPT EQYSDIGGLD KQIQELVEAI V LPMNHKEK ...文字列:
RTRLLDSEIK IMKSEVLRVT HELQAMKDKI KENSEKIKVN KTLPYLVSNV IELLDVDPND QEEDGANIDL DSQRKGKCAV IKTSTRQTY FLPVIGLVDA EKLKPGDLVG VNKDSYLILE TLPTEYDSRV KAMEVDERPT EQYSDIGGLD KQIQELVEAI V LPMNHKEK FENLGIQPPK GVLMYGPPGT GKTLLARACA AQTKATFLKL AGPQLVQMFI GDGAKLVRDA FALAKEKAPS II FIDELDA IGTKRFDSEK AGDREVQRTM LELLNQLDGF QPNTQVKVIA ATNRVDILDP ALLRSGRLDR KIEFPMPNEE ARA RIMQIH SRKMNVSPDV NYEELARCTD DFNGAQCKAV CVEAGMIALR RGATELTHED YMEGILEVQA KKKANLQYYA

UniProtKB: 26S proteasome regulatory subunit 6A

+
分子 #32: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100.313625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEEGGRDKAP VQPQQSPAAA PGGTDEKPSG KERRDAGDKD KEQELSEEDK QLQDELEMLV ERLGEKDTSL YRPALEELRR QIRSSTTSM TSVPKPLKFL RPHYGKLKEI YENMAPGENK RFAADIISVL AMTMSGEREC LKYRLVGSQE ELASWGHEYV R HLAGEVAK ...文字列:
MEEGGRDKAP VQPQQSPAAA PGGTDEKPSG KERRDAGDKD KEQELSEEDK QLQDELEMLV ERLGEKDTSL YRPALEELRR QIRSSTTSM TSVPKPLKFL RPHYGKLKEI YENMAPGENK RFAADIISVL AMTMSGEREC LKYRLVGSQE ELASWGHEYV R HLAGEVAK EWQELDDAEK VQREPLLTLV KEIVPYNMAH NAEHEACDLL MEIEQVDMLE KDIDENAYAK VCLYLTSCVN YV PEPENSA LLRCALGVFR KFSRFPEALR LALMLNDMEL VEDIFTSCKD VVVQKQMAFM LGRHGVFLEL SEDVEEYEDL TEI MSNVQL NSNFLALARE LDIMEPKVPD DIYKTHLENN RFGGSGSQVD SARMNLASSF VNGFVNAAFG QDKLLTDDGN KWLY KNKDH GMLSAAASLG MILLWDVDGG LTQIDKYLYS SEDYIKSGAL LACGIVNSGV RNECDPALAL LSDYVLHNSN TMRLG SIFG LGLAYAGSNR EDVLTLLLPV MGDSKSSMEV AGVTALACGM IAVGSCNGDV TSTILQTIME KSETELKDTY ARWLPL GLG LNHLGKGEAI EAILAALEVV SEPFRSFANT LVDVCAYAGS GNVLKVQQLL HICSEHFDSK EKEEDKDKKE KKDKDKK EA PADMGAHQGV AVLGIALIAM GEEIGAEMAL RTFGHLLRYG EPTLRRAVPL ALALISVSNP RLNILDTLSK FSHDADPE V SYNSIFAMGM VGSGTNNARL AAMLRQLAQY HAKDPNNLFM VRLAQGLTHL GKGTLTLCPY HSDRQLMSQV AVAGLLTVL VSFLDVRNII LGKSHYVLYG LVAAMQPRML VTFDEELRPL PVSVRVGQAV DVVGQAGKPK TITGFQTHTT PVLLAHGERA ELATEEFLP VTPILEGFVI LRKNPNYDL

UniProtKB: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2

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分子 #33: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #34: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 4 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 33278
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る