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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7623 | |||||||||
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タイトル | Apoferritin with spot-to-plunge time of 100ms | |||||||||
マップデータ | Apoferritin with spot-to-plunge time of 100ms | |||||||||
試料 |
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生物種 | Tabanus atratus (昆虫) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Noble AJ / Wei H / Dandey VP / Zhang Z / Potter CS / Carragher B | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2018 タイトル: Reducing effects of particle adsorption to the air-water interface in cryo-EM. 著者: Alex J Noble / Hui Wei / Venkata P Dandey / Zhening Zhang / Yong Zi Tan / Clinton S Potter / Bridget Carragher / 要旨: Most protein particles prepared in vitreous ice for single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) are adsorbed to air-water or substrate-water interfaces, which can cause the particles to adopt ...Most protein particles prepared in vitreous ice for single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) are adsorbed to air-water or substrate-water interfaces, which can cause the particles to adopt preferred orientations. By using a rapid plunge-freezing robot and nanowire grids, we were able to reduce some of the deleterious effects of the air-water interface by decreasing the dwell time of particles in thin liquid films. We demonstrated this by using single-particle cryo-EM and cryo-electron tomography (cryo-ET) to examine hemagglutinin, insulin receptor complex, and apoferritin. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7623.map.gz | 1.7 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7623-v30.xml emd-7623.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7623.png | 413.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7623 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7623 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7623_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7623_full_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7623_validation.xml.gz | 499 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7623 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7623 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7624C 7625C 7627C 7628C 7629C 7630C 7788C 7791C 7792C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10169 (タイトル: CryoET of apoferritin single particle with spot-to-plunge time of 100ms Data size: 119.3 / Data #1: K2 tilt-series frames [micrographs - multiframe] Data #2: Whole-frame aligned tilt images along with all other magnification images from the collection [micrographs - single frame] Data #3: Manual particle picking in Dynamo [particle picking] Data #4: Appion-Protomo tilt-series alignments [tilt series]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7623.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Apoferritin with spot-to-plunge time of 100ms | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.16423 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Apoferritin
全体 | 名称: Apoferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: Apoferritin
超分子 | 名称: Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Tabanus atratus (昆虫) |
組換発現 | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 0.0001 |
グリッド | モデル: Homemade |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER 詳細: The value given for _emd_vitrification.instrument is SPOTITON. This is not in a list of allowed values set(['FEI VITROBOT MARK I', 'GATAN CRYOPLUNGE 3', 'LEICA PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK ...詳細: The value given for _emd_vitrification.instrument is SPOTITON. This is not in a list of allowed values set(['FEI VITROBOT MARK I', 'GATAN CRYOPLUNGE 3', 'LEICA PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK II', 'HOMEMADE PLUNGER', 'LEICA EM CPC', 'LEICA KF80', 'FEI VITROBOT MARK III', 'LEICA EM GP', 'OTHER', 'REICHERT-JUNG PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK IV']) so OTHER is written into the XML file. |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D / ソフトウェア - 詳細: SIRT, 30 iterations / 使用した粒子像数: 30 |
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