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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6393 | |||||||||
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タイトル | Structural basis for TBC-DEG assembly with TBCC and soluble tubulin dimer | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of TBC-DEG:TBCC:tubulin complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Tubulin cofactors / Microtubule dynamics / Chaperones / tubulin biogenesis or degradation / tubulin dimer / TBC-DEG / TBCC | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Nithianantham S / Le S / Seto E / Jia W / Leary J / Corbett KD / Moore JK / Al-Bassam J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2015 タイトル: Tubulin cofactors and Arl2 are cage-like chaperones that regulate the soluble αβ-tubulin pool for microtubule dynamics. 著者: Stanley Nithianantham / Sinh Le / Elbert Seto / Weitao Jia / Julie Leary / Kevin D Corbett / Jeffrey K Moore / Jawdat Al-Bassam / 要旨: Microtubule dynamics and polarity stem from the polymerization of αβ-tubulin heterodimers. Five conserved tubulin cofactors/chaperones and the Arl2 GTPase regulate α- and β-tubulin assembly into ...Microtubule dynamics and polarity stem from the polymerization of αβ-tubulin heterodimers. Five conserved tubulin cofactors/chaperones and the Arl2 GTPase regulate α- and β-tubulin assembly into heterodimers and maintain the soluble tubulin pool in the cytoplasm, but their physical mechanisms are unknown. Here, we reconstitute a core tubulin chaperone consisting of tubulin cofactors TBCD, TBCE, and Arl2, and reveal a cage-like structure for regulating αβ-tubulin. Biochemical assays and electron microscopy structures of multiple intermediates show the sequential binding of αβ-tubulin dimer followed by tubulin cofactor TBCC onto this chaperone, forming a ternary complex in which Arl2 GTP hydrolysis is activated to alter αβ-tubulin conformation. A GTP-state locked Arl2 mutant inhibits ternary complex dissociation in vitro and causes severe defects in microtubule dynamics in vivo. Our studies suggest a revised paradigm for tubulin cofactors and Arl2 functions as a catalytic chaperone that regulates soluble αβ-tubulin assembly and maintenance to support microtubule dynamics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6393.map.gz | 7.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6393-v30.xml emd-6393.xml | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6393.gif 80_6393.gif | 24.9 KB 3.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6393 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6393 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6393_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6393_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6393_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6393 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6393 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6390C 6391C 6392C 5cyaC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10034 (タイトル: Tubulin Chaperone complexes TBC-DEG Q73L: alpha beta-tubulin:TBCC complex Data size: 1.0 Data #1: CTF-corrected particle images of tubulin chaperone complexes TBC-DEG Q73L: alpha beta-tubulin:TBCC complex [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6393.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of TBC-DEG:TBCC:tubulin complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tubulin cofactor complex (TBC-DEG) with TBCC and tubulin dimer
全体 | 名称: Tubulin cofactor complex (TBC-DEG) with TBCC and tubulin dimer |
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要素 |
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-超分子 #1000: Tubulin cofactor complex (TBC-DEG) with TBCC and tubulin dimer
超分子 | 名称: Tubulin cofactor complex (TBC-DEG) with TBCC and tubulin dimer タイプ: sample / ID: 1000 詳細: TBC-DEG:TBCC:tubulin complex behaves as a single biochemical entity. 集合状態: One heterotrimer of TBC-DEG binds to TBCC and tubulin dimer Number unique components: 6 |
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分子量 | 実験値: 340 KDa / 理論値: 345 KDa / 手法: SEC-MALS |
-分子 #1: tubulin folding cofactor D
分子 | 名称: tubulin folding cofactor D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TBCD / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDEST |
-分子 #2: tubulin folding cofactor E
分子 | 名称: tubulin folding cofactor E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TBCE / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDEST |
-分子 #3: ARL2 GTPase, Q73L mutant
分子 | 名称: ARL2 GTPase, Q73L mutant / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: DEG(Q73L) / 詳細: Arl2 locked mutant (Q73L) in a GTP-like state / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDEST |
-分子 #4: tubulin binding cofactor C
分子 | 名称: tubulin binding cofactor C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: TBCC / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDEST |
-分子 #5: alpha tubulin
分子 | 名称: alpha tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-分子 #6: beta tubulin
分子 | 名称: beta tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 詳細: 50 mM HEPES, 100 mM KCl, 0.1 mM GTP, 3 mM b-mercaptoethanol |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: The proteins were incubated on carbon-coated grids, briefly washed, and stained with 1% uranyl formate. |
グリッド | 詳細: glow-discharged 200 mesh gold grid with thin carbon support |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100F |
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日付 | 2014年7月25日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 3.7 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 9 e/Å2 / ビット/ピクセル: 5 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50050 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL |
-画像解析
詳細 | TBC-DEG:TBCC:tubulin complex particles were picked semi-automatically using e2boxer.py. |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, EMAN2 / 使用した粒子像数: 19500 |
最終 2次元分類 | クラス数: 400 |