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万見
- EMDB-6310: A Virus that Infects a Hyperthermophile Encapsidates A-Form DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6310
タイトルA Virus that Infects a Hyperthermophile Encapsidates A-Form DNA
マップデータReconstruction of SIRV2
試料
  • 試料: SIRV2
  • ウイルス: Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 (ウイルス)
キーワードarchaeal virus / helical symmetry
機能・相同性Sulfolobus virus, coat protein, C-terminal / Sulfolobus virus coat protein C terminal / helical viral capsid / DNA binding / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者DiMaio F / Yu X / Rensen E / Krupovic M / Prangishvili D / Egelman E
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Virology. A virus that infects a hyperthermophile encapsidates A-form DNA.
著者: Frank DiMaio / Xiong Yu / Elena Rensen / Mart Krupovic / David Prangishvili / Edward H Egelman /
要旨: Extremophiles, microorganisms thriving in extreme environmental conditions, must have proteins and nucleic acids that are stable at extremes of temperature and pH. The nonenveloped, rod-shaped virus ...Extremophiles, microorganisms thriving in extreme environmental conditions, must have proteins and nucleic acids that are stable at extremes of temperature and pH. The nonenveloped, rod-shaped virus SIRV2 (Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2) infects the hyperthermophilic acidophile Sulfolobus islandicus, which lives at 80°C and pH 3. We have used cryo-electron microscopy to generate a three-dimensional reconstruction of the SIRV2 virion at ~4 angstrom resolution, which revealed a previously unknown form of virion organization. Although almost half of the capsid protein is unstructured in solution, this unstructured region folds in the virion into a single extended α helix that wraps around the DNA. The DNA is entirely in the A-form, which suggests a common mechanism with bacterial spores for protecting DNA in the most adverse environments.
履歴
登録2015年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月8日-
マップ公開2015年6月3日-
更新2015年6月3日-
現状2015年6月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j9x
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j9x
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j9x
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6310.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6310.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 31.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of SIRV2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 134.4 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.8 Å		1.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 268.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.14
最小 - 最大-0.24791992 - 0.3934437
平均 (標準偏差)0.01061555 (±0.06525622)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-64
サイズ256256128
Spacing256256128
セルA: 268.8 Å / B: 268.8 Å / C: 134.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z256256128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z268.800268.800134.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-64
NC/NR/NS256256128
D min/max/mean-0.2480.3930.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SIRV2

全体名称: SIRV2
要素
  • 試料: SIRV2
  • ウイルス: Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 (ウイルス)

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超分子 #1000: SIRV2

超分子名称: SIRV2 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2

超分子名称: Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: SIRV2 / NCBI-ID: 157899 / 生物種: Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: SIRV2
宿主生物種: Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性) / 別称: ARCHAEA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2014年9月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 437 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細IHRSR
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.9 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 24.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider
CTF補正詳細: multiply images by CTF, divide reconstruction by sum of CTF**2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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