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- EMDB-53265: Composite map: Ternary complex of the human 20S proteasome in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53265
タイトルComposite map: Ternary complex of the human 20S proteasome in complex with Importin-9 and two homodimers of Akirin-2
マップデータComposite map
試料
  • 複合体: Ternary complex of the human 20S proteasome in complex with two dimers of Akirin-2 and Importin-9
    • タンパク質・ペプチド: Importin-9
    • タンパク質・ペプチド: Akirin-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
キーワード20S proteasome / 20S / proteasome / nuclear iport / akirin / akirin2 / importin 9 / importin / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome localization / regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of B cell activation / histone chaperone activity / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / positive regulation of adaptive immune response / purine ribonucleoside triphosphate binding / embryo development ending in birth or egg hatching / Antigen processing: Ub, ATP-independent proteasomal degradation / positive regulation of innate immune response ...proteasome localization / regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of B cell activation / histone chaperone activity / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / positive regulation of adaptive immune response / purine ribonucleoside triphosphate binding / embryo development ending in birth or egg hatching / Antigen processing: Ub, ATP-independent proteasomal degradation / positive regulation of innate immune response / sperm glycocalyx / nuclear import signal receptor activity / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / proteasome core complex / perinuclear theca / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / myofibril / sperm head-tail coupling apparatus / immune system process / NF-kappaB binding / proteasome core complex, alpha-subunit complex / transcription repressor complex / ciliary tip / : / proteasome complex / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / sarcomere / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / transcription coregulator activity / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / centriole / sperm end piece / P-body / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / lipopolysaccharide binding / Degradation of DVL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of CRY and PER proteins / Degradation of AXIN / Hh mutants are degraded by ERAD / Activation of NF-kappaB in B cells / G2/M Checkpoints / Hedgehog ligand biogenesis / Degradation of GLI1 by the proteasome / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Hedgehog 'on' state / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / cerebral cortex development / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / Degradation of CDH1 / positive regulation of interleukin-6 production / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / ABC-family protein mediated transport / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / FCERI mediated NF-kB activation / response to virus / small GTPase binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / nuclear matrix / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / protein import into nucleus / Regulation of RAS by GAPs / Regulation of RUNX2 expression and activity / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / UCH proteinases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Downstream TCR signaling / nuclear envelope / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / sperm principal piece / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / ER-Phagosome pathway / Neddylation / regulation of inflammatory response
類似検索 - 分子機能
: / Importin-11-like, TPR repeats / : / Importin-9 central HEAT repeats / Akirin / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Proteasome subunit alpha 1 ...: / Importin-11-like, TPR repeats / : / Importin-9 central HEAT repeats / Akirin / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit alpha type-6 / Akirin-2 / Importin-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Brunner HL / Grundmann L / David H
資金援助European Union, オーストリア, 2件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission847548European Union
Austrian Science Fund10.55776/F79 オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: A multivalent adaptor mechanism drives the nuclear import of proteasomes.
著者: Hanna L Brunner / Robert W Kalis / Lorenz Grundmann / Zuzana Hodáková / Zuzana Koskova / Irina Grishkovskaya / Melanie de Almeida / Matthias Hinterndorfer / Hannah Knaudt / Simon Höfflin / ...著者: Hanna L Brunner / Robert W Kalis / Lorenz Grundmann / Zuzana Hodáková / Zuzana Koskova / Irina Grishkovskaya / Melanie de Almeida / Matthias Hinterndorfer / Hannah Knaudt / Simon Höfflin / Florian Andersch / Harald Kotisch / Achim Dickmanns / Sara Cuylen-Haering / Johannes Zuber / David Haselbach /
要旨: Nuclear protein homeostasis, including transcription factor turnover, critically depends on the nuclear proteasomes that must be imported after cell division. This dynamic process requires AKIRIN2, a ...Nuclear protein homeostasis, including transcription factor turnover, critically depends on the nuclear proteasomes that must be imported after cell division. This dynamic process requires AKIRIN2, a small unstructured protein whose mechanistic role has remained elusive despite its essential function. Using an integrated approach combining protein-wide saturation mutagenesis screens, cryo-EM, and biochemical reconstitution, we characterize AKIRIN2 as a scaffold protein that coordinates the assembly of an importin cluster around the proteasome. AKIRIN2 binds in multiple copies to the 20S proteasome and simultaneously interacts with importin IPO9 and the KPNA2/KPNB1 heterodimer. In the nucleus, RanGTP triggers importin dissociation, releasing the proteasome, while AKIRIN2 undergoes ubiquitin-independent degradation. Our findings reveal how AKIRIN2's multivalency facilitates the recruitment of multiple importins to the proteasome, a critical adaptation for transporting this large macromolecular complex into the nucleus and maintaining the nuclear proteome.
履歴
登録2025年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53265.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53265.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.43 Å/pix.
x 300 pix.
= 429. Å		1.43 Å/pix.
x 300 pix.
= 429. Å		1.43 Å/pix.
x 300 pix.
= 429. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.43 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.3
最小 - 最大-0.0028245961 - 51.671973999999999
平均 (標準偏差)0.025774129 (±0.6029648)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 428.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of the human 20S proteasome in complex with two d...

全体名称: Ternary complex of the human 20S proteasome in complex with two dimers of Akirin-2 and Importin-9
要素
  • 複合体: Ternary complex of the human 20S proteasome in complex with two dimers of Akirin-2 and Importin-9
    • タンパク質・ペプチド: Importin-9
    • タンパク質・ペプチド: Akirin-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1

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超分子 #1: Ternary complex of the human 20S proteasome in complex with two d...

超分子名称: Ternary complex of the human 20S proteasome in complex with two dimers of Akirin-2 and Importin-9
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Importin-9

分子名称: Importin-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: ...詳細: MGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKTAGLEVLFQGPAAAAAAGAASGLPGPVAQGLKEALVDTLTGILSPVQEVRAAAEEQIKVLEVTEEFGVHLAELTVDPQGALAIRQLASVILKQYVETHWCAQSEKFRPPETTERAKIVIRELLPNGLRESISKVRSSVAYAVSAIAHWDWPEAWPQLFNLLMEMLVSGDLNAVHGAMRVLTEFTREVTDTQMPLVAPVILPEMYKIFTMAEVYGIRTRSRAVEIFTTCAHMICNMEELEKGAAKVLIFPVVQQFTEAFVQALQIPDGPTSDSGFKMEVLKAVTALVKNFPKHMVSSMQQILPIVWNTLTESAAFYVRTEVNYTEEVEDPVDSDGEVLGFENLVFSIFEFVHALLENSKFKSTVKKALPELIYYIILYMQITEEQIKVWTANPQQFVEDEDDDTFSYTVRIAAQDLLLAVATDFQNESAAALAAAATRHLQEAEQTKNSGTEHWWKIHEACMLALGSVKAIITDSVKNGRIHFDMHGFLTNVILADLNLSVSPFLLGRALWAASRFTVAMSPELIQQFLQATVSGLHETQPPSVRISAVRAIWGYCDQLKVSESTHVLQPFLPSILDGLIHLAAQFSSEVLNLVMETLCIVCTVDPEFTASMESKICPFTIAIFLKYSNDPVVASLAQDIFKELSQIEACQGPMQMRLIPTLVSIMQAPADKIPAGLCATAIDILTTVVRNTKPPLSQLLICQAFPAVAQCTLHTDDNATMQNGGECLRAYVSVTLEQVAQWHDEQGHNGLWYVMQVVSQLLDPRTSEFTAAFVGRLVSTLISKAGRELGENLDQILRAILSKMQQAETLSVMQSLIMVFAHLVHTQLEPLLEFLCSLPGPTGKPALEFVMAEWTSRQHLFYGQYEGKVSSVALCKLLQHGINADDKRLQDIRVKGEEIYSMDEGIRTRSKSAKNPERWTNIPLLVKILKLIINELSNVMEANAARQATPAEWSQDDSNDMWEDQEEEEEEEEDGLAGQLLSDILATSKYEEDYYEDDEEDDPDALKDPLYQIDLQAYLTDFLCQFAQQPCYIMFSGHLNDNERRVLQTIGI
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 116.06232 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAAAAAGAA SGLPGPVAQG LKEALVDTLT GILSPVQEVR AAAEEQIKVL EVTEEFGVHL AELTVDPQGA LAIRQLASVI LKQYVETHW CAQSEKFRPP ETTERAKIVI RELLPNGLRE SISKVRSSVA YAVSAIAHWD WPEAWPQLFN LLMEMLVSGD L NAVHGAMR ...文字列:
MAAAAAAGAA SGLPGPVAQG LKEALVDTLT GILSPVQEVR AAAEEQIKVL EVTEEFGVHL AELTVDPQGA LAIRQLASVI LKQYVETHW CAQSEKFRPP ETTERAKIVI RELLPNGLRE SISKVRSSVA YAVSAIAHWD WPEAWPQLFN LLMEMLVSGD L NAVHGAMR VLTEFTREVT DTQMPLVAPV ILPEMYKIFT MAEVYGIRTR SRAVEIFTTC AHMICNMEEL EKGAAKVLIF PV VQQFTEA FVQALQIPDG PTSDSGFKME VLKAVTALVK NFPKHMVSSM QQILPIVWNT LTESAAFYVR TEVNYTEEVE DPV DSDGEV LGFENLVFSI FEFVHALLEN SKFKSTVKKA LPELIYYIIL YMQITEEQIK VWTANPQQFV EDEDDDTFSY TVRI AAQDL LLAVATDFQN ESAAALAAAA TRHLQEAEQT KNSGTEHWWK IHEACMLALG SVKAIITDSV KNGRIHFDMH GFLTN VILA DLNLSVSPFL LGRALWAASR FTVAMSPELI QQFLQATVSG LHETQPPSVR ISAVRAIWGY CDQLKVSEST HVLQPF LPS ILDGLIHLAA QFSSEVLNLV METLCIVCTV DPEFTASMES KICPFTIAIF LKYSNDPVVA SLAQDIFKEL SQIEACQ GP MQMRLIPTLV SIMQAPADKI PAGLCATAID ILTTVVRNTK PPLSQLLICQ AFPAVAQCTL HTDDNATMQN GGECLRAY V SVTLEQVAQW HDEQGHNGLW YVMQVVSQLL DPRTSEFTAA FVGRLVSTLI SKAGRELGEN LDQILRAILS KMQQAETLS VMQSLIMVFA HLVHTQLEPL LEFLCSLPGP TGKPALEFVM AEWTSRQHLF YGQYEGKVSS VALCKLLQHG INADDKRLQD IRVKGEEIY SMDEGIRTRS KSAKNPERWT NIPLLVKILK LIINELSNVM EANAARQATP AEWSQDDSND MWEDQEEEEE E EEDGLAGQ LLSDILATSK YEEDYYEDDE EDDPDALKDP LYQIDLQAYL TDFLCQFAQQ PCYIMFSGHL NDNERRVLQT IG I

UniProtKB: Importin-9

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分子 #2: Akirin-2

分子名称: Akirin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.525582 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MACGATLKRT LDFDPLLSPA SPKRRRCAPL SAPTSAAASP LSAAAATAAS FSAAAASPQK YLRMEPSPFG DVSSRLTTEQ ILYNIKQEY KRMQKRRHLE TSFQQTDPCC TSDAQPHAFL LSGPASPGTS SAASSPLKKE QPLFTLRQVG MICERLLKER E EKVREEYE ...文字列:
MACGATLKRT LDFDPLLSPA SPKRRRCAPL SAPTSAAASP LSAAAATAAS FSAAAASPQK YLRMEPSPFG DVSSRLTTEQ ILYNIKQEY KRMQKRRHLE TSFQQTDPCC TSDAQPHAFL LSGPASPGTS SAASSPLKKE QPLFTLRQVG MICERLLKER E EKVREEYE EILNTKLAEQ YDAFVKFTHD QIMRRYGEQP ASYVS

UniProtKB: Akirin-2

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分子 #3: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.469252 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSSIGTGYDL SASTFSPDGR VFQVEYAMKA VENSSTAIGI RCKDGVVFGV EKLVLSKLYE EGSNKRLFNV DRHVGMAVAG LLADARSLA DIAREEASNF RSNFGYNIPL KHLADRVAMY VHAYTLYSAV RPFGCSFMLG SYSVNDGAQL YMIDPSGVSY G YWGCAIGK ...文字列:
MSSIGTGYDL SASTFSPDGR VFQVEYAMKA VENSSTAIGI RCKDGVVFGV EKLVLSKLYE EGSNKRLFNV DRHVGMAVAG LLADARSLA DIAREEASNF RSNFGYNIPL KHLADRVAMY VHAYTLYSAV RPFGCSFMLG SYSVNDGAQL YMIDPSGVSY G YWGCAIGK ARQAAKTEIE KLQMKEMTCR DIVKEVAKII YIVHDEVKDK AFELELSWVG ELTNGRHEIV PKDIREEAEK YA KESLKEE DESDDDNM

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3

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分子 #4: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.432459 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA ...文字列:
MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA GVKQTESTSF LEKKVKKKFD WTFEQTVETA ITCLSTVLSI DFKPSEIEVG VVTVENPKFR ILTEAEIDAH LV ALAERD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6

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分子 #5: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.927535 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAERGYSFSL TTFSPSGKLV QIEYALAAVA GGAPSVGIKA ANGVVLATEK KQKSILYDER SVHKVEPITK HIGLVYSGMG PDYRVLVHR ARKLAQQYYL VYQEPIPTAQ LVQRVASVMQ EYTQSGGVRP FGVSLLICGW NEGRPYLFQS DPSGAYFAWK A TAMGKNYV ...文字列:
MAERGYSFSL TTFSPSGKLV QIEYALAAVA GGAPSVGIKA ANGVVLATEK KQKSILYDER SVHKVEPITK HIGLVYSGMG PDYRVLVHR ARKLAQQYYL VYQEPIPTAQ LVQRVASVMQ EYTQSGGVRP FGVSLLICGW NEGRPYLFQS DPSGAYFAWK A TAMGKNYV NGKTFLEKRY NEDLELEDAI HTAILTLKES FEGQMTEDNI EVGICNEAGF RRLTPTEVKD YLAAIA

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2

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分子 #6: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.525842 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSRRYDSRTT IFSPEGRLYQ VEYAMEAIGH AGTCLGILAN DGVLLAAERR NIHKLLDEVF FSEKIYKLNE DMACSVAGIT SDANVLTNE LRLIAQRYLL QYQEPIPCEQ LVTALCDIKQ AYTQFGGKRP FGVSLLYIGW DKHYGFQLYQ SDPSGNYGGW K ATCIGNNS ...文字列:
MSRRYDSRTT IFSPEGRLYQ VEYAMEAIGH AGTCLGILAN DGVLLAAERR NIHKLLDEVF FSEKIYKLNE DMACSVAGIT SDANVLTNE LRLIAQRYLL QYQEPIPCEQ LVTALCDIKQ AYTQFGGKRP FGVSLLYIGW DKHYGFQLYQ SDPSGNYGGW K ATCIGNNS AAAVSMLKQD YKEGEMTLKS ALALAIKVLN KTMDVSKLSA EKVEIATLTR ENGKTVIRVL KQKEVEQLIK KH EEEEAKA EREKKEKEQK EKDK

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-4

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分子 #7: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.929891 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGS TAVGVRGRDI VVLGVEKKSV AKLQDERTVR KICALDDNVC MAFAGLTADA RIVINRARV ECQSHRLTVE DPVTVEYITR YIASLKQRYT QSNGRRPFGI SALIVGFDFD GTPRLYQTDP SGTYHAWKAN A IGRGAKSV ...文字列:
MSYDRAITVF SPDGHLFQVE YAQEAVKKGS TAVGVRGRDI VVLGVEKKSV AKLQDERTVR KICALDDNVC MAFAGLTADA RIVINRARV ECQSHRLTVE DPVTVEYITR YIASLKQRYT QSNGRRPFGI SALIVGFDFD GTPRLYQTDP SGTYHAWKAN A IGRGAKSV REFLEKNYTD EAIETDDLTI KLVIKALLEV VQSGGKNIEL AVMRRDQSLK ILNPEEIEKY VAEIEKEKEE NE KKKQKKA S

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-7

+
分子 #8: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.435977 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR ...文字列:
MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR AIGSASEGAQ SSLQEVYHKS MTLKEAIKSS LIILKQVMEE KLNATNIELA TVQPGQNFHM FTKEELEEVI KD I

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-5

+
分子 #9: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.595627 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA ...文字列:
MFRNQYDNDV TVWSPQGRIH QIEYAMEAVK QGSATVGLKS KTHAVLVALK RAQSELAAHQ KKILHVDNHI GISIAGLTAD ARLLCNFMR QECLDSRFVF DRPLPVSRLV SLIGSKTQIP TQRYGRRPYG VGLLIAGYDD MGPHIFQTCP SANYFDCRAM S IGARSQSA RTYLERHMSE FMECNLNELV KHGLRALRET LPAEQDLTTK NVSIGIVGKD LEFTIYDDDD VSPFLEGLEE RP QRKAQPA QPADEPAEKA DEPMEH

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 44.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 61740
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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