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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4184 | |||||||||
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タイトル | RNA Polymerase III pre-initiation complex | |||||||||
マップデータ | Map of the RNA Pol III pre-initiation complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Vorlaender MK / Khatter H / Wetzel R / Hagen WJ / Mueller CW | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Molecular mechanism of promoter opening by RNA polymerase III. 著者: Matthias K Vorländer / Heena Khatter / Rene Wetzel / Wim J H Hagen / Christoph W Müller / 要旨: RNA polymerase III (Pol III) and transcription factor IIIB (TFIIIB) assemble together on different promoter types to initiate the transcription of small, structured RNAs. Here we present structures ...RNA polymerase III (Pol III) and transcription factor IIIB (TFIIIB) assemble together on different promoter types to initiate the transcription of small, structured RNAs. Here we present structures of Pol III preinitiation complexes, comprising the 17-subunit Pol III and the heterotrimeric transcription factor TFIIIB, bound to a natural promoter in different functional states. Electron cryo-microscopy reconstructions, varying from 3.7 Å to 5.5 Å resolution, include two early intermediates in which the DNA duplex is closed, an open DNA complex, and an initially transcribing complex with RNA in the active site. Our structures reveal an extremely tight, multivalent interaction between TFIIIB and promoter DNA, and explain how TFIIIB recruits Pol III. Together, TFIIIB and Pol III subunit C37 activate the intrinsic transcription factor-like activity of the Pol III-specific heterotrimer to initiate the melting of double-stranded DNA, in a mechanism similar to that of the Pol II system. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4184.map.gz | 2.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4184-v30.xml emd-4184.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4184_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4184.png | 66.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4184 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4184 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4184_validation.pdf.gz | 264.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4184_full_validation.pdf.gz | 263.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4184_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4184 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4184 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4180C 4181C 4182C 4183C 6f40C 6f41C 6f42C 6f44C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10168 (タイトル: RNA Polymerase III pre-initiation complex / Data size: 4.0 TB / Data #1: Movie frames [micrographs - multiframe] Data #2: Aligned sums of the movie frames without doseweighting [micrographs - single frame] Data #3: Doseweighted aligned sums of the movie frames [micrographs - multiframe] Data #4: Movie frames [micrographs - multiframe] Data #5: Aligned sums of the movie frames without doseweighting [micrographs - single frame] Data #6: Doseweighted aligned sums of the movie frames [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4184.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of the RNA Pol III pre-initiation complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RNA Polymerase III pre-initiation complex
全体 | 名称: RNA Polymerase III pre-initiation complex |
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要素 |
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-超分子 #1: RNA Polymerase III pre-initiation complex
超分子 | 名称: RNA Polymerase III pre-initiation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Map obtained before seperation into open DNA complex (OC) and closed DNA complex (CC) |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 893 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Crosslinked with glutaraldehyde |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 110 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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