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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34979 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of ACE2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | receptor of SARS-CoV-2 / PROTEIN BINDING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu J / Liu N / Wang HW | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Self-assembled monolayers guided free-standing atomic-crystal/molecule superstructure 著者: Zheng L / Xu J / Wang W / Gao X / Liu N / Wang HW / Peng HL | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34979.map.gz | 7.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34979-v30.xml emd-34979.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34979.png | 136.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34979.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_34979_half_map_1.map.gz emd_34979_half_map_2.map.gz | 7.1 MB 7.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34979 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34979 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34979_validation.pdf.gz | 772.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34979_full_validation.pdf.gz | 772.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34979_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34979_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34979 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34979 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34979.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0382 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34979_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34979_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ACE2
全体 | 名称: ACE2 |
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要素 |
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-超分子 #1: ACE2
超分子 | 名称: ACE2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: on graphene/SAMs membranes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Angiotensin-converting enzyme 2
分子 | 名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: angiotensin-converting enzyme 2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 72.396492 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHSSALLCCL VLLTGVRAQS TIEEQAKTFL DKFNHEAEDL FYQSSLASWN YNTNITEENV QNMNNAGDKW SAFLKEQSTL AQMYPLQEI QNLTVKLQLQ ALQQNGSSVL SEDKSKRLNT ILNTMSTIYS TGKVCNPDNP QECLLLEPGL NEIMANSLDY N ERLWAWES ...文字列: MHSSALLCCL VLLTGVRAQS TIEEQAKTFL DKFNHEAEDL FYQSSLASWN YNTNITEENV QNMNNAGDKW SAFLKEQSTL AQMYPLQEI QNLTVKLQLQ ALQQNGSSVL SEDKSKRLNT ILNTMSTIYS TGKVCNPDNP QECLLLEPGL NEIMANSLDY N ERLWAWES WRSEVGKQLR PLYEEYVVLK NEMARANHYE DYGDYWRGDY EVNGVDGYDY SRGQLIEDVE HTFEEIKPLY EH LHAYVRA KLMNAYPSYI SPIGCLPAHL LGDMWGRFWT NLYSLTVPFG QKPNIDVTDA MVDQAWDAQR IFKEAEKFFV SVG LPNMTQ GFWENSMLTD PGNVQKAVCH PTAWDLGKGD FRILMCTKVT MDDFLTAHHE MGHIQYDMAY AAQPFLLRNG ANEG FHEAV GEIMSLSAAT PKHLKSIGLL SPDFQEDNET EINFLLKQAL TIVGTLPFTY MLEKWRWMVF KGEIPKDQWM KKWWE MKRE IVGVVEPVPH DETYCDPASL FHVSNDYSFI RYYTRTLYQF QFQEALCQAA KHEGPLHKCD ISNSTEAGQK LFNMLR LGK SEPWTLALEN VVGAKNMNVR PLLNYFEPLF TWLKDQNKNS FVGWSTDWSP YADHHHHHHH HH UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35987 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |