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- EMDB-3457: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome map reconstructed with Wa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3457
タイトルThermoplasma acidophilum 20S proteasome map reconstructed with Warp and Relion 2.0 from defocused Volta phase plate cryo-EM data
マップデータThermoplasma acidophilum 20S proteasome map reconstructed with Warp and Relion 2.0 from defocused Volta phase plate cryo-EM data.
試料
  • 複合体: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Danev R / Tegunov D / Baumeister W
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Using the Volta phase plate with defocus for cryo-EM single particle analysis.
著者: Radostin Danev / Dimitry Tegunov / Wolfgang Baumeister /
要旨: Previously, we reported an in-focus data acquisition method for cryo-EM single-particle analysis with the Volta phase plate (Danev and Baumeister, 2016). Here, we extend the technique to include a ...Previously, we reported an in-focus data acquisition method for cryo-EM single-particle analysis with the Volta phase plate (Danev and Baumeister, 2016). Here, we extend the technique to include a small amount of defocus which enables contrast transfer function measurement and correction. This hybrid approach simplifies the experiment and increases the data acquisition speed. It also removes the resolution limit inherent to the in-focus method thus allowing 3D reconstructions with resolutions better than 3 Å.
履歴
登録2016年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月16日-
マップ公開2016年11月16日-
更新2020年9月30日-
現状2020年9月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.070896216
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3457.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3457.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Thermoplasma acidophilum 20S proteasome map reconstructed with Warp and Relion 2.0 from defocused Volta phase plate cryo-EM data.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.53 Å/pix.
x 512 pix.
= 271.488 Å		0.53 Å/pix.
x 512 pix.
= 271.488 Å		0.53 Å/pix.
x 512 pix.
= 271.488 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.53025 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.19681475 - 0.30746633
平均 (標準偏差)-0.00000385837 (±0.009239589)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 271.488 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.530250.530250.53025
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.488271.488271.488
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ212211153
NX/NY/NZ80102186
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.1970.307-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Thermoplasma acidophilum 20S proteasome

全体名称: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome
要素
  • 複合体: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome

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超分子 #1: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome

超分子名称: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
組換プラスミド: pT7-7
分子量理論値: 700 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 25 mM Tris-HCL
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.1 kPa
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: 3 ul of 0.5 mg/ml protein solution was applied on a grid in the Vitrobot chamber set to 95% RH at 20 degC then blotted for 5 s and plunged.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-24 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 468 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 39.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 0.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 倍率（補正後）: 47000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.62 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 90000
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp
ソフトウェア - 詳細: CTF fitting with a tilted plane geometry
詳細: Relion 2.0 CTF correction
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3347


詳細: 60 A low-pass filtered initial reference
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
詳細: particle polishing was performed in the Warp software
使用した粒子像数: 66627
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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