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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3408 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM of nanoscale DNA assemblies | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of DNA tetrahedron, 63-bp edge length | |||||||||
試料 |
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キーワード | Scaffolded DNA origami | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage M13 (ファージ) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang K / Chiu W / Veneziano R / Ratanalert S / Zhang F / Yan H / Bathe M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2016 タイトル: Designer nanoscale DNA assemblies programmed from the top down. 著者: Rémi Veneziano / Sakul Ratanalert / Kaiming Zhang / Fei Zhang / Hao Yan / Wah Chiu / Mark Bathe / 要旨: Scaffolded DNA origami is a versatile means of synthesizing complex molecular architectures. However, the approach is limited by the need to forward-design specific Watson-Crick base pairing manually ...Scaffolded DNA origami is a versatile means of synthesizing complex molecular architectures. However, the approach is limited by the need to forward-design specific Watson-Crick base pairing manually for any given target structure. Here, we report a general, top-down strategy to design nearly arbitrary DNA architectures autonomously based only on target shape. Objects are represented as closed surfaces rendered as polyhedral networks of parallel DNA duplexes, which enables complete DNA scaffold routing with a spanning tree algorithm. The asymmetric polymerase chain reaction is applied to produce stable, monodisperse assemblies with custom scaffold length and sequence that are verified structurally in three dimensions to be high fidelity by single-particle cryo-electron microscopy. Their long-term stability in serum and low-salt buffer confirms their utility for biological as well as nonbiological applications. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3408.map.gz | 36.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3408-v30.xml emd-3408.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3408.png | 138.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3408 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3408 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3408_validation.pdf.gz | 195 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3408_full_validation.pdf.gz | 194.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3408_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3408 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3408 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3409C 3410C 3411C 3412C 3413C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10066 (タイトル: Designer nanoscale DNA assemblies programmed from the top down Data size: 3.7 / Data #1: DNA tetrahedron [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of DNA tetrahedron, 63-bp edge length | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.51 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : DNA tetrahedron, 52-bp edge length
全体 | 名称: DNA tetrahedron, 52-bp edge length |
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要素 |
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-超分子 #1000: DNA tetrahedron, 52-bp edge length
超分子 | 名称: DNA tetrahedron, 52-bp edge length / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Monodisperse and pure sample were prepared by overnight folding reaction and purified using centrifugal filter (MWCO 100KDa) 集合状態: monomer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 560 KDa / 理論値: 560 KDa / 手法: Calculation |
-分子 #1: M13mp18 phage genome segment
分子 | 名称: M13mp18 phage genome segment / タイプ: dna / ID: 1 / Name.synonym: Scaffold strand / 詳細: amplified using assymetric PCR / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage M13 (ファージ) / 株: M13mp18 / 別称: M13 phage |
分子量 | 実験値: 310 KDa / 理論値: 310 KDa |
配列 | 文字列: GTCTCGCTGG TGAAAAGAAA AACCACCCTG GCGCCCAATA CGCAAACCGC CTCTCCCCGC GCGTTGGCCG ATTCATTAAT GCAGCTGGCA CGACAGGTTT CCCGACTGGA AAGCGGGCAG TGAGCGCAAC GCAATTAATG TGAGTTAGCT CACTCATTAG GCACCCCAGG ...文字列: GTCTCGCTGG TGAAAAGAAA AACCACCCTG GCGCCCAATA CGCAAACCGC CTCTCCCCGC GCGTTGGCCG ATTCATTAAT GCAGCTGGCA CGACAGGTTT CCCGACTGGA AAGCGGGCAG TGAGCGCAAC GCAATTAATG TGAGTTAGCT CACTCATTAG GCACCCCAGG CTTTACACTT TATGCTTCCG GCTCGTATGT TGTGTGGAAT TGTGAGCGGA TAACAATTTC ACACAGGAAA CAGCTATGAC CATGATTACG AATTCGAGCT CGGTACCCGG GGATCCTCTA GAGTCGACCT GCAGGCATGC AAGCTTGGCA CTGGCCGTCG TTTTACAACG TCGTGACTGG GAAAACCCTG GCGTTACCCA ACTTAATCGC CTTGCAGCAC ATCCCCCTTT CGCCAGCTGG CGTAATAGCG AAGAGGCCCG CACCGATCGC CCTTCCCAAC AGTTGCGCAG CCTGAATGGC GAATGGCGCT TTGCCTGGTT TCCGGCACCA GAAGCGGTGC CGGAAAGCTG GCTGGAGTGC GATCTTCCTG AGGCCGATAC GGTCGTCGTC CCCTCAAACT GGCAGATGCA CGGTTACGAT GCGCCCATCT ACACCAACGT AACCTATCCC ATTACGGTCA ATCCGCCGTT TGTTCCCACG GAGAATCCGA CGGGTTGTTA CTCGCTCACA TTTAATGTTG ATGAAAGCTG GCTACAGGAA GGCCAGACGC GAATTATTTT TGATGGCGTT CCTATTGGTT AAAAAATGAG CTGATTTAAC AAAAATTTAA CGCGAATTTT AACAAAATAT TAACGTTTAC AATTTAAATA TTTGCTTATA CAATCTTCCT GTTTTTGGGG CTTTTCTGAT TATCAACCGG GGTACATATG ATTGACATGC TAGTTTTACG ATTACCGTTC ATCGATTCTC TTGTTTGCTC CAGACTCTCA GGCAATGACC TGATAGCCTT TGTAGATCTC TCAAAAATAG CTACCCTCTC CGGCATTAAT |
-分子 #2: Synthetic DNA oligonucleotides
分子 | 名称: Synthetic DNA oligonucleotides / タイプ: dna / ID: 2 / Name.synonym: Staple strand 詳細: TCCGTGGGAACTTTTTAAACGGCGGAGCGATTAAGTTTTTTTGGGTAACGCCGTAGCCAGCTTTTTTTTCATCAACAT CCATCAAAAATTGTAAAACGACGGCCAGTGCCAATAGGAACG TGGCCTTCCTAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTAATTCGCGTC ...詳細: TCCGTGGGAACTTTTTAAACGGCGGAGCGATTAAGTTTTTTTGGGTAACGCCGTAGCCAGCTTTTTTTTCATCAACAT CCATCAAAAATTGTAAAACGACGGCCAGTGCCAATAGGAACG TGGCCTTCCTAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTAATTCGCGTC CAAGCTTGCATTTTTTGCCTGCAGGTAATTCGTAATCTTTTTATGGTCATAGTAAATCAGCTCTTTTTATTTTTTAAC CTAACTCACATTTTTTTAATTGCGTTTGAATCGGCCATTTTTACGCGCGGGGAACATACGAGCTTTTTCGGAAGCATA GTGAAATTGTCGCCAGGGTGGTTATTTTTGTCTGTTTCCTGT AATTCCACACAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGTATCCGCTCAC GCTGCGCAGGCAAAGCGCCATTCGCCGGGTAC CGAGCTCGCGACTCTAGAGGATCCCCATTCAG ACTGTTGGGACCGGAAACCA TCGTGCCACCCGCTTTCCAGTCGGACAACCCG TCGGATTCTAAATGTGAGCGAGTAGAAACCTG GCTGCATTAAGCGCTCACTG GGGATAGGTTGAAAGGGGGATGTGCTGCAAGTTGACCGTAAT GATGGGCGCATTCGCTATTACGCCAGCTGGCACGTTGGTGTA AGGGCGATCGGTTTTTTGCGGGCCTCTCGTAACCGTGTTTTTCATCTGCCAGTTTCCGGCACCTTTTTGCTTCTGGTG GATCGCACCGACGACCGTATCGGCGTGCCTAA TGAGTGAGAAGTGTAAAGCCTGGGCTCAGGAA TCCAGCCAGCTTTGAGGGGA 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 実験値: 250 KDa / 理論値: 250 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.56 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 40 mM Tris-HCl, 20 mM acetic acid, 2 mM EDTA |
グリッド | 詳細: Quantifoil 200 mesh grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1.5 second before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: JEOL |
詳細 | 5k * 4k |
日付 | 2015年9月17日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 実像数: 91 / 平均電子線量: 63 e/Å2 詳細: Every image is the average of 60 frames recorded by the direct electron detecto |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 25000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | The particles were selected manually using EMAN2 |
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CTF補正 | 詳細: each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 2183 |