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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3233 | |||||||||
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タイトル | Volta phase plate cryo-EM of the small protein complex Prx3 | |||||||||
マップデータ | Volta phase plate reconstruction of hPrx3 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Peroxidase / antioxidant | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Khoshouei M / Radjainia M / Phillips AJ / Gerrard JA / Mitra AK / Plitzko JM / Baumeister W / Danev R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Volta phase plate cryo-EM of the small protein complex Prx3. 著者: Maryam Khoshouei / Mazdak Radjainia / Amy J Phillips / Juliet A Gerrard / Alok K Mitra / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Radostin Danev / 要旨: Cryo-EM of large, macromolecular assemblies has seen a significant increase in the numbers of high-resolution structures since the arrival of direct electron detectors. However, sub-nanometre ...Cryo-EM of large, macromolecular assemblies has seen a significant increase in the numbers of high-resolution structures since the arrival of direct electron detectors. However, sub-nanometre resolution cryo-EM structures are rare compared with crystal structure depositions, particularly for relatively small particles (<400 kDa). Here we demonstrate the benefits of Volta phase plates for single-particle analysis by time-efficient cryo-EM structure determination of 257 kDa human peroxiredoxin-3 dodecamers at 4.4 Å resolution. The Volta phase plate improves the applicability of cryo-EM for small molecules and accelerates structure determination. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3233.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3233-v30.xml emd-3233.xml | 8.8 KB 8.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3233_fsc.xml | 5.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | EMD-3233.tif | 260.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3233 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3233 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3233_validation.pdf.gz | 240.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3233_full_validation.pdf.gz | 239.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3233_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3233 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3233 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10050 (タイトル: Volta phase plate cryo-EM of the small protein complex Prx3 Data size: 612.5 / Data #1: VPP_Prx3_4.4res [micrographs - multiframe] / Data #2: VPP_Prx3_7.3res [micrographs - multiframe] / Data #3: No_VPP_mrc_files [micrographs - single frame] / Data #4: No_VPP_dat_files [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 13.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Volta phase plate reconstruction of hPrx3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.74 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human peroxiredoxin 3
全体 | 名称: Human peroxiredoxin 3 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human peroxiredoxin 3
超分子 | 名称: Human peroxiredoxin 3 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Dodecamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 257 KDa |
-分子 #1: Peroxiredoxin 3
分子 | 名称: Peroxiredoxin 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 集合状態: Dodecamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Matrix |
分子量 | 理論値: 257 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET |
配列 | UniProtKB: Peroxiredoxin 3 isoform a variant |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 150mM NaCl, 20mM Hepes |
グリッド | 詳細: Quantifoil R1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blotting time: 4seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Quantum post-column energy filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
詳細 | Volta Phase Plate |
日付 | 2015年7月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 28700 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |