[日本語] English
万見
- EMDB-28008: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Putative PhuZ Filament -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28008
タイトルErwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Putative PhuZ Filament
マップデータ
試料
  • 複合体: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Putative PhuZ Filament
キーワードBacteriophage / structural protein / viral tubulin / VIRAL PROTEIN
生物種Erwinia phage vB_EamM_RAY (ファージ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Laughlin TG / Villa E
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM129245 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI 1920374 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Identifying the core genome of the nucleus-forming bacteriophage family and characterization of Erwinia phage RAY.
著者: Prichard A / Lee J / Laughlin TG / Lee A / Thomas KP / Sy A / Spencer T / Asavavimol A / Cafferata A / Cameron M / Chiu N / Davydov D / Desai I / Diaz G / Guereca M / Hearst K / Huang L / ...著者: Prichard A / Lee J / Laughlin TG / Lee A / Thomas KP / Sy A / Spencer T / Asavavimol A / Cafferata A / Cameron M / Chiu N / Davydov D / Desai I / Diaz G / Guereca M / Hearst K / Huang L / Jacobs E / Johnson A / Kahn S / Koch R / Martinez A / Norquist M / Pau T / Prasad G / Saam K / Sandhu M / Sarabia AJ / Schumaker S / Sonin A / Uyeno A / Zhao A / Corbett K / Pogliano K / Meyer J / Grose JH / Villa E / Dutton R / Pogliano J
履歴
登録2022年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28008.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 549.8 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.265 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.20427513 - 0.32070324
平均 (標準偏差)0.013343188 (±0.079479314)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ525252
Spacing525252
セルA=B=C: 221.78 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Putative PhuZ Filament

全体名称: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Putative PhuZ Filament
要素
  • 複合体: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Putative PhuZ Filament

-
超分子 #1: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Putative PhuZ Filament

超分子名称: Erwinia phage vB_EamM_RAY (RAY) Putative PhuZ Filament
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Erwinia phage vB_EamM_RAY (ファージ)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: Lysogeny Broth containing 5% trehalose
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.019 kPa / 詳細: 20 mA in PELCO EasiGLO
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細cell suspension

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 2.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用したサブトモグラム数: 3080
抽出トモグラム数: 26 / 使用した粒子像数: 5000 / 手法: manual tracing and over-sampling
ソフトウェア: (名称: IMOD, Dynamo (ver. 1.1514), MATLAB (ver. 2019b))
詳細: Manually picked the start and end points of filaments using IMOD and generated over-sampled cropping models using Dynamo.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る