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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the A.aeolicus WzmWzt transporter bound to ATP | |||||||||
![]() | sharpened | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() lipopolysaccharide transport / ABC-type transporter activity / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Spellmon N / Zimmer J / Vlach J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for polysaccharide recognition and modulated ATP hydrolysis by the O antigen ABC transporter. 著者: Nicholas Spellmon / Artur Muszyński / Ireneusz Górniak / Jiri Vlach / David Hahn / Parastoo Azadi / Jochen Zimmer / ![]() 要旨: O antigens are ubiquitous protective extensions of lipopolysaccharides in the extracellular leaflet of the Gram-negative outer membrane. Following biosynthesis in the cytosol, the lipid-linked ...O antigens are ubiquitous protective extensions of lipopolysaccharides in the extracellular leaflet of the Gram-negative outer membrane. Following biosynthesis in the cytosol, the lipid-linked polysaccharide is transported to the periplasm by the WzmWzt ABC transporter. Often, O antigen secretion requires the chemical modification of its elongating terminus, which the transporter recognizes via a carbohydrate-binding domain (CBD). Here, using components from A. aeolicus, we identify the O antigen structure with methylated mannose or rhamnose as its cap. Crystal and cryo electron microscopy structures reveal how WzmWzt recognizes this cap between its carbohydrate and nucleotide-binding domains in a nucleotide-free state. ATP binding induces drastic conformational changes of its CBD, terminating interactions with the O antigen. ATPase assays and site directed mutagenesis reveal reduced hydrolytic activity upon O antigen binding, likely to facilitate polymer loading into the ABC transporter. Our results elucidate critical steps in the recognition and translocation of polysaccharides by ABC transporters. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() ![]() ![]() ![]() | 8.8 KB 8.8 KB 8.8 KB 8.8 KB | 表示 表示 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 65.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8dneMC ![]() 8dkuC ![]() 8dkyC ![]() 8dl0C ![]() 8dn8C ![]() 8dncC ![]() 8douC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_27564_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_27564_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : O antigen ABC transporter
全体 | 名称: O antigen ABC transporter |
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要素 |
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-超分子 #1: O antigen ABC transporter
超分子 | 名称: O antigen ABC transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: ABC transporter
分子 | 名称: ABC transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 46.28441 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGIRVFDVWK KYKYYKKPQD RLKEIIFRKP FHEELWVLKG INLEIEKGEV LGIVGPNGAG KSTLLKVITG VTEPDKGFVE RSGKVVGLL ELGTGFNYEL SGLENIYVNA SLLGLSRREI DEKLESIIEF SELDDFINKP LKTYSSGMIM RLAFSIAIHT E PECFIIDE ...文字列: MGIRVFDVWK KYKYYKKPQD RLKEIIFRKP FHEELWVLKG INLEIEKGEV LGIVGPNGAG KSTLLKVITG VTEPDKGFVE RSGKVVGLL ELGTGFNYEL SGLENIYVNA SLLGLSRREI DEKLESIIEF SELDDFINKP LKTYSSGMIM RLAFSIAIHT E PECFIIDE ALAVGDAHFQ QKCFRKLKEH KQKGGSIIFV SHDMNAVKIL CDRAILLHKG EIIEEGSPET VTQAYYKLMA SL ENKEGIT FLQNGYGNFK AVIKEVRLKS EHGYTNNFPS GDTLFIELDV EAKEDLQDVV AGILIRDRFG QDIFGINTYL MEK KVELKK GKYLFTFKMP LNLAPGKYTL TVALHKGMDH AQECYHWIDN VCNFEVNGFK KEQFVGVCYL PTEFNYRKIP KLHH HHHH UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: Transport permease protein
分子 | 名称: Transport permease protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 30.027871 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNLSLILELV RQEIKNRYAD TVLGIWWAFL WPILLVLIYT LIFSHLIGAK LGHENTVYAY SIYLSSGIFP WFFFSNSLSR ITGIFTEKK FLFTKIPIRL EVFPVVVIIS ELINYLIGIS LVTLISFITL GFEGIKYFYL FPVALYLMIV YSFSIGMVLG T LNVFFRDI ...文字列: MNLSLILELV RQEIKNRYAD TVLGIWWAFL WPILLVLIYT LIFSHLIGAK LGHENTVYAY SIYLSSGIFP WFFFSNSLSR ITGIFTEKK FLFTKIPIRL EVFPVVVIIS ELINYLIGIS LVTLISFITL GFEGIKYFYL FPVALYLMIV YSFSIGMVLG T LNVFFRDI KEIIGVFLQI FFWFTPIVYT LDILPPFVKK LIYYNPMYPV VSIHHLVFVN YLDLHLYSLL GFLLASPLVF FV SYYFFKK LEKDIKDFA UniProtKB: Transport permease protein |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | WzmWzt nanodisc incubated with the native A.aeolicus O antigen (~1 mg/mL) and ATP for 1 hour |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |