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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25180 | |||||||||
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タイトル | SMARCAD1-nucleosome map 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.49 Å | |||||||||
データ登録者 | Markert J / Luger K | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: SMARCAD1 is an ATP-dependent histone octamer exchange factor with de novo nucleosome assembly activity. 著者: Jonathan Markert / Keda Zhou / Karolin Luger / 要旨: The adenosine 5′-triphosphate (ATP)–dependent chromatin remodeler SMARCAD1 acts on nucleosomes during DNA replication, repair, and transcription, but despite its implication in disease, ...The adenosine 5′-triphosphate (ATP)–dependent chromatin remodeler SMARCAD1 acts on nucleosomes during DNA replication, repair, and transcription, but despite its implication in disease, information on its function and biochemical activities is scarce. Chromatin remodelers use the energy of ATP hydrolysis to slide nucleosomes, evict histones, or exchange histone variants. Here, we show that SMARCAD1 transfers the entire histone octamer from one DNA segment to another in an ATP-dependent manner but is also capable of de novo nucleosome assembly from histone octamer because of its ability to simultaneously bind all histones. We present a low-resolution cryo–electron microscopy structure of SMARCAD1 in complex with a nucleosome and show that the adenosine triphosphatase domains engage their substrate unlike any other chromatin remodeler. Our biochemical and structural data provide mechanistic insights into SMARCAD1-induced nucleosome disassembly and reassembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25180.map.gz | 49.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25180-v30.xml emd-25180.xml | 8.1 KB 8.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_25180.png | 33.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25180 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25180 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25180_validation.pdf.gz | 342.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25180_full_validation.pdf.gz | 341.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25180_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25180_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25180 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25180 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10939 (タイトル: Cryo electron microscopy SMARCAD1 with nucleosome in ADP-BeF3 bound state Data size: 6.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of SMARCAD1-nucleosome with ADP-BeF3 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25180.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SMARCAD1-nucleosome
全体 | 名称: SMARCAD1-nucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1: SMARCAD1-nucleosome
超分子 | 名称: SMARCAD1-nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: SMARCAD1
超分子 | 名称: SMARCAD1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-超分子 #3: nucleosome histones
超分子 | 名称: nucleosome histones / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #4: nucleosome DNA
超分子 | 名称: nucleosome DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20135 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |