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万見
- EMDB-2411: Hsc70-induced Changes in Clathrin-Auxilin Cage Structure Suggest ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2411
タイトルHsc70-induced Changes in Clathrin-Auxilin Cage Structure Suggest a Role for Clathrin Light Chains in Cage Disassembly
マップデータMap of Clathrin-Auxilin complex. Sharpened to match a Fourier amplitude profile derived from a model of the hexagonal barrel (the biological unit) created from the crystal structure atomic model pdb id1XI5. Fourier filtered to 30 Angstroms.
試料
  • 試料: Clathrin bound to auxilin
  • タンパク質・ペプチド: Clathrin
  • タンパク質・ペプチド: Auxilin
キーワードEndocytosis / coated vesicles / clathrin / auxilin
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 31.0 Å
データ登録者Young A / Stoilova-McPhie S / Rothnie A / Vallis Y / Harvey-Smith P / Ranson N / Kent H / Brodsky FM / Pearse BM / Roseman A / Smith CJ
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2004
タイトル: Location of auxilin within a clathrin cage.
著者: Corinne J Smith / Timothy R Dafforn / Helen Kent / Catherine A Sims / Kavita Khubchandani-Aswani / Lin Zhang / Helen R Saibil / Barbara M F Pearse /
要旨: The Dna J homologue, auxilin, acts as a co-chaperone for Hsc70 in the uncoating of clathrin-coated vesicles during endocytosis. Biochemical studies have aided understanding of the uncoating mechanism ...The Dna J homologue, auxilin, acts as a co-chaperone for Hsc70 in the uncoating of clathrin-coated vesicles during endocytosis. Biochemical studies have aided understanding of the uncoating mechanism but until now there was no structural information on how auxilin interacts with the clathrin cage. Here we have determined the three-dimensional structure of a complex of auxilin with clathrin cages by cryo-electron microscopy and single particle analysis. We show that auxilin forms a discrete shell of density on the inside of the clathrin cage. Peptide competition assays confirm that a candidate clathrin box motif in auxilin, LLGLE, can bind to a clathrin construct containing the beta-propeller domain and also displace the well-characterised LLNLD clathrin box motif derived from the beta-adaptin hinge region. The means by which auxilin could both aid clathrin coat assembly and displace clathrin from AP2 during uncoating is discussed.
履歴
登録2013年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月10日-
マップ公開2013年7月10日-
更新2013年8月14日-
現状2013年8月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 29
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 29
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2411.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2411.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of Clathrin-Auxilin complex. Sharpened to match a Fourier amplitude profile derived from a model of the hexagonal barrel (the biological unit) created from the crystal structure atomic model pdb id1XI5. Fourier filtered to 30 Angstroms.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.4 Å/pix.
x 256 pix.
= 1638.4 Å		6.4 Å/pix.
x 256 pix.
= 1638.4 Å		6.4 Å/pix.
x 256 pix.
= 1638.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 29.0 / ムービー #1: 29
最小 - 最大-57.857616419999999 - 109.673622129999998
平均 (標準偏差)0.0 (±5.80865669)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1638.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.46.46.4
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1638.4001638.4001638.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-57.858109.674-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Clathrin bound to auxilin

全体名称: Clathrin bound to auxilin
要素
  • 試料: Clathrin bound to auxilin
  • タンパク質・ペプチド: Clathrin
  • タンパク質・ペプチド: Auxilin

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超分子 #1000: Clathrin bound to auxilin

超分子名称: Clathrin bound to auxilin / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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分子 #1: Clathrin

分子名称: Clathrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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分子 #2: Auxilin

分子名称: Auxilin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
詳細: 20 mM Mes (pH 6.0), 2 mM magnesium acetate, 25 mM KCl, 10 mM (NH4)2SO4, 1 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
日付2000年2月2日
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
日付2000年2月23日
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Whole micrographs
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 31.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC, SPIDER, FREALIGN
詳細: Sharpened to match a Fourier amplitude profile derived from a model of the hexagonal barrel (the biological unit) created from the crystal structure atomic model pdb id1XI5. Fourier filtered to 30 Angstroms.
使用した粒子像数: 1745

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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