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- EMDB-23146: Bacterial cellulose synthase BcsB hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23146
タイトルBacterial cellulose synthase BcsB hexamer
マップデータ
試料
  • 複合体: Bacterial cellulose synthase BcsB hexamer
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic di-GMP-binding protein
機能・相同性Cellulose synthase, subunit B / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / cellulose biosynthetic process / UDP-glucose metabolic process / plasma membrane / Cyclic di-GMP-binding protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Acheson JF / Zimmer J
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM101001 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24-GM116790 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F32GM126647-01 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Molecular organization of the E. coli cellulose synthase macrocomplex.
著者: Justin F Acheson / Ruoya Ho / Nicolette F Goularte / Lynette Cegelski / Jochen Zimmer /
要旨: Cellulose is frequently found in communities of sessile bacteria called biofilms. Escherichia coli and other enterobacteriaceae modify cellulose with phosphoethanolamine (pEtN) to promote host tissue ...Cellulose is frequently found in communities of sessile bacteria called biofilms. Escherichia coli and other enterobacteriaceae modify cellulose with phosphoethanolamine (pEtN) to promote host tissue adhesion. The E. coli pEtN cellulose biosynthesis machinery contains the catalytic BcsA-B complex that synthesizes and secretes cellulose, in addition to five other subunits. The membrane-anchored periplasmic BcsG subunit catalyzes pEtN modification. Here we present the structure of the roughly 1 MDa E. coli Bcs complex, consisting of one BcsA enzyme associated with six copies of BcsB, determined by single-particle cryo-electron microscopy. BcsB homo-oligomerizes primarily through interactions between its carbohydrate-binding domains as well as intermolecular beta-sheet formation. The BcsB hexamer creates a half spiral whose open side accommodates two BcsG subunits, directly adjacent to BcsA's periplasmic channel exit. The cytosolic BcsE and BcsQ subunits associate with BcsA's regulatory PilZ domain. The macrocomplex is a fascinating example of cellulose synthase specification.
履歴
登録2020年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月24日-
マップ公開2021年3月24日-
更新2021年3月24日-
現状2021年3月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7l2z
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-0.96168786 - 2.351905
平均 (標準偏差)0.0015793882 (±0.056786753)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 388.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z388.800388.800388.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.9622.3520.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23146_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacterial cellulose synthase BcsB hexamer

全体名称: Bacterial cellulose synthase BcsB hexamer
要素
  • 複合体: Bacterial cellulose synthase BcsB hexamer
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic di-GMP-binding protein

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超分子 #1: Bacterial cellulose synthase BcsB hexamer

超分子名称: Bacterial cellulose synthase BcsB hexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Periplasmic domain of BcsB refined using masked local refinement and signal subtraction and from E coli BCS inner-membrane complex projections.
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 細胞中の位置: periplasm innermembrane
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: C43 / 組換プラスミド: petduet_BcsA_BcsB_AdrA
分子量理論値: 481 KDa

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分子 #1: Cyclic di-GMP-binding protein

分子名称: Cyclic di-GMP-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 84.304906 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: WSHPQFEKTP ATQPLINAEP AVAAQTEQNP QVGQVMPGVQ GADAPVVAQN GPSRDVKLTF AQIAPPPGSM VLRGINPNGS IEFGMRSDE VVTKAMLNLE YTPSPSLLPV QSQLKVYLND ELMGVLPVTK EQLGKKTLAQ MPINPLFISD FNRVRLEFVG H YQDVCEKP ...文字列:
WSHPQFEKTP ATQPLINAEP AVAAQTEQNP QVGQVMPGVQ GADAPVVAQN GPSRDVKLTF AQIAPPPGSM VLRGINPNGS IEFGMRSDE VVTKAMLNLE YTPSPSLLPV QSQLKVYLND ELMGVLPVTK EQLGKKTLAQ MPINPLFISD FNRVRLEFVG H YQDVCEKP ASTTLWLDVG RSSGLDLTYQ TLNVKNDLSH FPVPFFDPSD NRTNTLPMVF AGAPDVGLQQ ASAIVASWFG SR SGWRGQN FPVLYNQLPD RNAIVFATND KRPDFLRDHP AVKAPVIEMI NHPQNPYVKL LVVFGRDDKD LLQAAKGIAQ GNI LFRGES VVVNEVKPLL PRKPYDAPNW VRTDRPVTFG ELKTYEEQLQ SSGLEPAAIN VSLNLPPDLY LMRSTGIDMD INYR YTMPP VKDSSRMDIS LNNQFLQSFN LSSKQEANRL LLRIPVLQGL LDGKTDVSIP ALKLGATNQL RFDFEYMNPM PGGSV DNCI TFQPVQNHVV IGDDSTIDFS KYYHFIPMPD LRAFANAGFP FSRMADLSQT ITVMPKAPNE AQMETLLNTV GFIGAQ TGF PAINLTVTDD GSTIQGKDAD IMIIGGIPDK LKDDKQIDLL VQATESWVKT PMRQTPFPGI VPDESDRAAE TRSTLTS SG AMAAVIGFQS PYNDQRSVIA LLADSPRGYE MLNDAVNDSG KRATMFGSVA VIRESGINSL RVGDVYYVGH LPWFERVW Y ALANHPILLA VLAAISVILL AWVLWRLLRI ISRRRLNPDN E

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
0.5 mMC12H22O11cellobiose
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.003 %C47H88O22LMNG
0.0006 %C43H80O22DMNG
0.0006 %C31H50O4CHS

詳細: All buffers made fresh from concentrated stock. A 10% LMNG 2% DMNG 2% CHS solution was made made in milliQ water without buffer. After rocking for one day at room temp the solution was ...詳細: All buffers made fresh from concentrated stock. A 10% LMNG 2% DMNG 2% CHS solution was made made in milliQ water without buffer. After rocking for one day at room temp the solution was briefly sonicated to completely dissolve the CHS.
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 2 drops of amylamine were added to the chamber
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3.5 uL applied to c-flat 1.2/1.3 300 mesh grids incubated for 30s then blotted using force 6 for 12 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2964 / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 / 詳細: movie mode 40 frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 409611
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 115289
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 3次元分類クラス数: 1
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 101.45 / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-7l2z:
Bacterial cellulose synthase BcsB hexamer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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