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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22474 | |||||||||||||||
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タイトル | Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) in complex with a monoclonal antibody (F3F5 mAb5) | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cone matrix sheath / The retinoid cycle in cones (daylight vision) / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / all-trans-retinol binding / oleic acid binding / retinal binding / retinol binding / serine-type peptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Bos taurus (ウシ) / Bovine (ウシ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Sears AE / Albiez S / Gulati S / Wang B / Kiser P / Kovacik L / Engel A / Stahlberg H / Palczewski K | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, 4件
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引用 | ジャーナル: FASEB J / 年: 2020 タイトル: Single particle cryo-EM of the complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody. 著者: Avery E Sears / Stefan Albiez / Sahil Gulati / Benlian Wang / Philip Kiser / Lubomir Kovacik / Andreas Engel / Henning Stahlberg / Krzysztof Palczewski / 要旨: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) is a highly expressed protein secreted by rod and cone photoreceptors that has major roles in photoreceptor homeostasis as well as retinoid and ...Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) is a highly expressed protein secreted by rod and cone photoreceptors that has major roles in photoreceptor homeostasis as well as retinoid and polyunsaturated fatty acid transport between the neural retina and retinal pigment epithelium. Despite two crystal structures reported on fragments of IRBP and decades of research, the overall structure of IRBP and function within the visual cycle remain unsolved. Here, we studied the structure of native bovine IRBP in complex with a monoclonal antibody (mAb5) by cryo-electron microscopy, revealing the tertiary and quaternary structure at sufficient resolution to clearly identify the complex components. Complementary mass spectrometry experiments revealed the structure and locations of N-linked carbohydrate post-translational modifications. This work provides insight into the structure of IRBP, displaying an elongated, flexible three-dimensional architecture not seen among other retinoid-binding proteins. This work is the first step in elucidation of the function of this enigmatic protein. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22474.map.gz | 2.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22474-v30.xml emd-22474.xml | 22.7 KB 22.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22474_fsc.xml emd_22474_fsc_2.xml emd_22474_fsc_3.xml emd_22474_fsc_4.xml | 8.2 KB 8.3 KB 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22474.png | 124.8 KB | ||
マスクデータ | emd_22474_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22474 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22474 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22474_validation.pdf.gz | 334.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22474_full_validation.pdf.gz | 334.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22474_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22474_validation.cif.gz | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22474 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22474 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7jtiMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10388 (タイトル: Single particle cryo-EM of the complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody Data size: 729.9 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of IRBP and antibody [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22474.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.662 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_22474_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a...
全体 | 名称: Complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a...
超分子 | 名称: Complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 実験値: 193 KDa |
-超分子 #2: monoclonal antibody F3F5 mAb5
超分子 | 名称: monoclonal antibody F3F5 mAb5 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-超分子 #3: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP)
超分子 | 名称: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: mAb5 Fab light chain
分子 | 名称: mAb5 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 22.596021 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSSTGAVT TSNYANWVQE KPDHLFTGLI GGTNNRAPGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYSNHWV FGGGTKLTVL GQPKSSPSVT LFPPSSEELE TNKATLVCTI TDFYPGVVTV DWKVDGTPVT Q GMETTQPS ...文字列: QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSSTGAVT TSNYANWVQE KPDHLFTGLI GGTNNRAPGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYSNHWV FGGGTKLTVL GQPKSSPSVT LFPPSSEELE TNKATLVCTI TDFYPGVVTV DWKVDGTPVT Q GMETTQPS KQSNNKYMAS SYLTLTARAW ERHSSYSCQV THEGHTVEKS LS |
-分子 #2: mAb5 Fab heavy chain
分子 | 名称: mAb5 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.777783 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFLLI SNGVHWVRQP PGKGLEWLGV IWAGGNTNYN SALMSRVSIS KDNSKSQVFL KMKSLQTDD TAMYYCARDF YDYDVFYYAM DYWGQGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL ...文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFLLI SNGVHWVRQP PGKGLEWLGV IWAGGNTNYN SALMSRVSIS KDNSKSQVFL KMKSLQTDD TAMYYCARDF YDYDVFYYAM DYWGQGTSVT VSSAKTTPPS VYPLAPGSAA QTNSMVTLGC LVKGYFPEPV T VTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVPSSTWP SETVTCNVAH PASSTKVDKK IVP |
-分子 #3: Retinol-binding protein 3
分子 | 名称: Retinol-binding protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bovine (ウシ) / 器官: eye / 組織: retina |
分子量 | 理論値: 33.267301 KDa |
配列 | 文字列: VIQRLQEALR EYYTLVDRVP ALLSHLAAMD LSSVVSEDDL VTKLNAGLQA VSEDPRLQVQ VVRPKEASSG PEEEAEEPPE AVPEVPEDE AVRRALVDSV FQVSVLPGNV GYLRFDSFAD ASVLEVLGPY ILHQVWEPLQ DTEHLIMDLR QNPGGPSSAV P LLLSYFQS ...文字列: VIQRLQEALR EYYTLVDRVP ALLSHLAAMD LSSVVSEDDL VTKLNAGLQA VSEDPRLQVQ VVRPKEASSG PEEEAEEPPE AVPEVPEDE AVRRALVDSV FQVSVLPGNV GYLRFDSFAD ASVLEVLGPY ILHQVWEPLQ DTEHLIMDLR QNPGGPSSAV P LLLSYFQS PDASPVRLFS TYDRRTNITR EHFSQTELLG RPYGTQRGVY LLTSHRTATA AEELAFLMQS LGWATLVGEI TA GSLLHTH TVSLLETPEG GLALTVPVLT FIDNHGECWL GGGVVPDAIV LAEEALDRAQ EVLEFH |
-分子 #4: Retinol-binding protein 3
分子 | 名称: Retinol-binding protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bovine (ウシ) |
分子量 | 理論値: 33.386637 KDa |
配列 | 文字列: FSPTLIADMA KIFMDNYCSP EKLTGMEEAI DAASSNTEIL SISDPTMLAN VLTDGVKKTI SDSRVKVTYE PDLILAAPPA MPDIPLEHL AAMIKGTVKV EILEGNIGYL KIQHIIGEEM AQKVGPLLLE YIWDKILPTS AMILDFRSTV TGELSGIPYI V SYFTDPEP ...文字列: FSPTLIADMA KIFMDNYCSP EKLTGMEEAI DAASSNTEIL SISDPTMLAN VLTDGVKKTI SDSRVKVTYE PDLILAAPPA MPDIPLEHL AAMIKGTVKV EILEGNIGYL KIQHIIGEEM AQKVGPLLLE YIWDKILPTS AMILDFRSTV TGELSGIPYI V SYFTDPEP LIHIDSVYDR TADLTIELWS MPTLLGKRYG TSKPLIILTS KDTLGIAEDV AYCLKNLKRA TIVGENTAGG TV KMSKMKV GDTDFYVTVP VAKSINPITG KSWEINGVAP DVDVAAEDAL DAAIAIIKLR AEIPALAQAA AT |
-分子 #5: Retinol-binding protein 3
分子 | 名称: Retinol-binding protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bovine (ウシ) |
分子量 | 理論値: 32.399768 KDa |
配列 | 文字列: SLGELVEGTG RLLEAHYARP EVVGQMGALL RAKLAQGAYR TAVDLESLAS QLTADLQEMS GDHRLLVFHS PGEMVAEEAP PPPPVVPSP EELSYLIEAL FKTEVLPGQL GYLRFDAMAE LETVKAVGPQ LVQLVWQKLV DTAALVVDLR YNPGSYSTAV P LLCSYFFE ...文字列: SLGELVEGTG RLLEAHYARP EVVGQMGALL RAKLAQGAYR TAVDLESLAS QLTADLQEMS GDHRLLVFHS PGEMVAEEAP PPPPVVPSP EELSYLIEAL FKTEVLPGQL GYLRFDAMAE LETVKAVGPQ LVQLVWQKLV DTAALVVDLR YNPGSYSTAV P LLCSYFFE AEPRRHLYSV FDRATSRVTE VWTLPHVTGQ RYGSHKDLYV LVSHTSGSAA EAFAHTMQDL QRATIIGEPT AG GALSVGI YQVGSSALYA SMPTQMAMSA STGEAWDLAG VEPDITVPMS VALSTARDIV TLR |
-分子 #6: Retinol-binding protein 3
分子 | 名称: Retinol-binding protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bovine (ウシ) |
分子量 | 理論値: 32.192508 KDa |
配列 | 文字列: PTVLQTAGKL VADNYASPEL GVKMAAELSG LQSRYARVTS EAALAELLQA DLQVLSGDPH LKTAHIPEDA KDRIPGIVPM QIPSPEVFE DLIKFSFHTN VLEGNVGYLR FDMFGDCELL TQVSELLVEH VWKKIVHTDA LIVDMRFNIG GPTSSISALC S YFFDEGPP ...文字列: PTVLQTAGKL VADNYASPEL GVKMAAELSG LQSRYARVTS EAALAELLQA DLQVLSGDPH LKTAHIPEDA KDRIPGIVPM QIPSPEVFE DLIKFSFHTN VLEGNVGYLR FDMFGDCELL TQVSELLVEH VWKKIVHTDA LIVDMRFNIG GPTSSISALC S YFFDEGPP ILLDKIYNRP NNSVSELWTL SQLEGERYGS KKSMVILTST LTAGAAEEFT YIMKRLGRAL VIGEVTSGGC QP PQTYHVD DTDLYLTIPT ARSVGAADGS SWEGVGVVPD VAVPAEAALT RAQEMLQHT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1.12 nm | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging.. | |||||||||||||||
詳細 | The sample had minor aggregation but was overall monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 1000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1000 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 2649 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie mode at 35 frames per second. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |