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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22223 | ||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-33 Antibody | ||||||||||||||||||
マップデータ | Eastern Equine Encephalitis Virus (EEEV)_Fab33 complex | ||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.24 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Williamson LE / Gilliland T / Yadav PK / Binshtein E / Bombardi R / Kose N / Nargi RS / Sutton RM / Armstrong E / Carnahan RH ...Williamson LE / Gilliland T / Yadav PK / Binshtein E / Bombardi R / Kose N / Nargi RS / Sutton RM / Armstrong E / Carnahan RH / Walker LM / Kim AS / Fox J / Diamond MS / Ohi M / Klimstra WB / Crowe JE | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Human Antibodies Protect against Aerosolized Eastern Equine Encephalitis Virus Infection. 著者: Lauren E Williamson / Theron Gilliland / Pramod K Yadav / Elad Binshtein / Robin Bombardi / Nurgun Kose / Rachel S Nargi / Rachel E Sutton / Clarissa L Durie / Erica Armstrong / Robert H ...著者: Lauren E Williamson / Theron Gilliland / Pramod K Yadav / Elad Binshtein / Robin Bombardi / Nurgun Kose / Rachel S Nargi / Rachel E Sutton / Clarissa L Durie / Erica Armstrong / Robert H Carnahan / Lauren M Walker / Arthur S Kim / Julie M Fox / Michael S Diamond / Melanie D Ohi / William B Klimstra / James E Crowe / 要旨: Eastern equine encephalitis virus (EEEV) is one of the most virulent viruses endemic to North America. No licensed vaccines or antiviral therapeutics are available to combat this infection, which has ...Eastern equine encephalitis virus (EEEV) is one of the most virulent viruses endemic to North America. No licensed vaccines or antiviral therapeutics are available to combat this infection, which has recently shown an increase in human cases. Here, we characterize human monoclonal antibodies (mAbs) isolated from a survivor of natural EEEV infection with potent (<20 pM) inhibitory activity of EEEV. Cryo-electron microscopy reconstructions of two highly neutralizing mAbs, EEEV-33 and EEEV-143, were solved in complex with chimeric Sindbis/EEEV virions to 7.2 Å and 8.3 Å, respectively. The mAbs recognize two distinct antigenic sites that are critical for inhibiting viral entry into cells. EEEV-33 and EEEV-143 protect against disease following stringent lethal aerosol challenge of mice with highly pathogenic EEEV. These studies provide insight into the molecular basis for the neutralizing human antibody response against EEEV and can facilitate development of vaccines and candidate antibody therapeutics. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22223.map.gz | 1.7 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22223-v30.xml emd-22223.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22223_fsc.xml | 28.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22223.png | 229.7 KB | ||
その他 | emd_22223_additional_1.map.gz | 190.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22223 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22223 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22223_validation.pdf.gz | 373.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22223_full_validation.pdf.gz | 372.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22223_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22223 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22223 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6xo4C 6xobC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10890 (タイトル: Motion corrected micrographs - purified SINV/EEEV particles and recombinant anti-EEEV Fab (EEEV-33) Data size: 111.8 Data #1: Motion corrected micrographs Chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-33 Antibody [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Eastern Equine Encephalitis Virus (EEEV)_Fab33 complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Eastern Equine Encephalitis Virus (EEEV) Fab33 complex
ファイル | emd_22223_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Eastern Equine Encephalitis Virus (EEEV)_Fab33 complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Eastern equine encephalitis virus
全体 | 名称: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Eastern equine encephalitis virus
超分子 | 名称: Eastern equine encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Virus was purified from mammalian cell culture. / NCBI-ID: 11021 / 生物種: Eastern equine encephalitis virus / Sci species strain: Sindbis / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SUBSPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Culiseta melanura (カ) |
Host system | 生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 組換細胞: C6/36 cells |
分子量 | 理論値: 6 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Eastern equine encephalitis virus / 直径: 850.0 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Solutions were made fresh | ||||||||||
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 10 seconds before plunging. | ||||||||||
詳細 | Purified SINV/EEEV particles and recombinant Fab mixture |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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詳細 | Preliminary grid screening was performed manually |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2200 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 18000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |