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万見
- EMDB-22217: Drosophila Flight Muscle Thick Filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22217
タイトルDrosophila Flight Muscle Thick Filament
マップデータ
試料
  • 複合体: Thick filaments
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Daneshparvar N / Taylor DW / O'Leary T / Rahmani H / Abbasi Yeganeh F / Taylor KA / Previs MJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM30598 米国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2020
タイトル: CryoEM structure of flight muscle thick filaments at 7 Å resolution.
著者: Nadia Daneshparvar / Dianne W Taylor / Thomas S O'Leary / Hamidreza Rahmani / Fatemeh Abbasiyeganeh / Michael J Previs / Kenneth A Taylor /
要旨: Striated muscle thick filaments are composed of myosin II and several non-myosin proteins. Myosin II's long α-helical coiled-coil tail forms the dense protein backbone of filaments, whereas its N- ...Striated muscle thick filaments are composed of myosin II and several non-myosin proteins. Myosin II's long α-helical coiled-coil tail forms the dense protein backbone of filaments, whereas its N-terminal globular head containing the catalytic and actin-binding activities extends outward from the backbone. Here, we report the structure of thick filaments of the flight muscle of the fruit fly at 7 Å resolution. Its myosin tails are arranged in curved molecular crystalline layers identical to flight muscles of the giant water bug Four non-myosin densities are observed, three of which correspond to ones found in ; one new density, possibly stretchin-mlck, is found on the backbone outer surface. Surprisingly, the myosin heads are disordered rather than ordered along the filament backbone. Our results show striking myosin tail similarity within flight muscle filaments of two insect orders separated by several hundred million years of evolution.
履歴
登録2020年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2020年7月8日-
現状2020年7月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22217.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22217.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 610.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.02 Å/pix.
x 1000 pix.
= 2020. Å		2.02 Å/pix.
x 400 pix.
= 808. Å		2.02 Å/pix.
x 400 pix.
= 808. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.4 / ムービー #1: 0.9
最小 - 最大-1.9042462 - 30.961557
平均 (標準偏差)0.08168053 (±0.8589653)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin3003000
サイズ4004001000
Spacing4004001000
セルA: 808.0 Å / B: 808.0 Å / C: 2020.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.022.022.02
M x/y/z4004001000
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z808.000808.0002020.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ777686
NX/NY/NZ10710993
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS3003000
NC/NR/NS4004001000
D min/max/mean-1.90430.9620.082

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Thick filaments

全体名称: Thick filaments
要素
  • 複合体: Thick filaments

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超分子 #1: Thick filaments

超分子名称: Thick filaments / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 500 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
グリッドモデル: Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
平均電子線量: 26.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 149000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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