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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20907 | |||||||||
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タイトル | 2.6 Angstrom reconstruction of apo-state streptavidin | |||||||||
マップデータ | 2.6 Angstrom resolution reconstruction of apo-state streptavidin | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Han Y / Fan X / Yan N | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: High-yield monolayer graphene grids for near-atomic resolution cryoelectron microscopy. 著者: Yimo Han / Xiao Fan / Haozhe Wang / Fang Zhao / Christopher G Tully / Jing Kong / Nan Yao / Nieng Yan / 要旨: Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become one of the most powerful techniques to reveal the atomic structures and working mechanisms of biological macromolecules. New designs of the cryo-EM ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become one of the most powerful techniques to reveal the atomic structures and working mechanisms of biological macromolecules. New designs of the cryo-EM grids-aimed at preserving thin, uniform vitrified ice and improving protein adsorption-have been considered a promising approach to achieving higher resolution with the minimal amount of materials and data. Here, we describe a method for preparing graphene cryo-EM grids with up to 99% monolayer graphene coverage that allows for more than 70% grid squares for effective data acquisition with improved image quality and protein density. Using our graphene grids, we have achieved 2.6-Å resolution for streptavidin, with a molecular weight of 52 kDa, from 11,000 particles. Our graphene grids increase the density of examined soluble, membrane, and lipoproteins by at least 5-fold, affording the opportunity for structural investigation of challenging proteins which cannot be produced in large quantity. In addition, our method employs only simple tools that most structural biology laboratories can access. Moreover, this approach supports customized grid designs targeting specific proteins, owing to its broad compatibility with a variety of nanomaterials. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20907.map.gz | 1.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20907-v30.xml emd-20907.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20907_fsc.xml | 4.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20907.png | 153 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20907 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20907 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20907_validation.pdf.gz | 77.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20907_full_validation.pdf.gz | 77 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20907_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20907 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20907 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10335 (タイトル: Apo-state Streptavidin / Data size: 922.4 Data #1: Unaligned 32-frame micrographs of 2.6 angstrom apo-state streptavidin on graphene [micrographs - multiframe] Data #2: Polished particle stacks of 2.6 angstrom apo-state streptavidin on graphene [picked particles - single frame - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 2.6 Angstrom resolution reconstruction of apo-state streptavidin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.072 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Streptavidin
全体 | 名称: Streptavidin |
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要素 |
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-超分子 #1: Streptavidin
超分子 | 名称: Streptavidin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.3 nm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 0 Blot time 5s. |
詳細 | NEB N7021S |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1086 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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