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- EMDB-17964: Structure of GAPDH determined by cryoEM at 100 keV -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17964
タイトルStructure of GAPDH determined by cryoEM at 100 keV
マップデータ
試料
  • 複合体: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
キーワードGAPDH / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者McMullan G / Naydenova K / Mihaylov D / Peet MJ / Wilson H / Yamashita K / Dickerson JL / Chen S / Cannone G / Lee Y ...McMullan G / Naydenova K / Mihaylov D / Peet MJ / Wilson H / Yamashita K / Dickerson JL / Chen S / Cannone G / Lee Y / Hutchings KA / Gittins O / Sobhy M / Wells T / El-Gomati MM / Dalby J / Meffert M / Schulze-Briese C / Henderson R / Russo CJ
資金援助 英国, 6件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC UP 120117 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC U105184322 英国
Wellcome Trust220526/B/20/Z 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilR122522 英国
Innovate UK103806 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T003677/1 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structure determination by cryoEM at 100 keV.
著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A ...著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A Hutchings / Olivia Gittins / Mohamed A Sobhy / Torquil Wells / Mohamed M El-Gomati / Jason Dalby / Matthias Meffert / Clemens Schulze-Briese / Richard Henderson / Christopher J Russo /
要旨: Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose- ...Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose-built instrument operating at 100 keV-including advances in electron optics, detection, and processing-that makes structure determination fast and simple at a fraction of current costs. The instrument attains its theoretical performance limits, allowing atomic resolution imaging of gold test specimens and biological molecular structure determination in hours. We demonstrate its capabilities by determining the structures of eleven different specimens, ranging in size from 140 kDa to 2 MDa, using a fraction of the data normally required. CryoEM with a microscope designed specifically for high-efficiency, on-the-spot imaging of biological molecules will expand structural biology to a wide range of previously intractable problems.
履歴
登録2023年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2023年12月6日-
現状2023年12月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17964.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.424 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.424 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 215.424 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8415 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.12177872 - 0.21569552
平均 (標準偏差)0.00012889736 (±0.0062382407)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 215.424 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17964_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17964_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17964_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

全体名称: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
要素
  • 複合体: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

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超分子 #1: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

超分子名称: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

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分子 #1: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

分子名称: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
由来(天然)生物種: Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
分子量理論値: 38.059484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHSSG RENLYFQGTL GINGFGRIGR LVLRACMERN DITVVAINDP FMDVEYMAYL LKYDSVHGNF NGTVEVSGKD LCINGKVVK VFQAKDPAEI PWGASGAQIV CESTGVFTTE EKASLHLKGG AKKVIISAPP KDNVPMYVMG VNNTEYDPSK F NVISNASC ...文字列:
MHHHHHHSSG RENLYFQGTL GINGFGRIGR LVLRACMERN DITVVAINDP FMDVEYMAYL LKYDSVHGNF NGTVEVSGKD LCINGKVVK VFQAKDPAEI PWGASGAQIV CESTGVFTTE EKASLHLKGG AKKVIISAPP KDNVPMYVMG VNNTEYDPSK F NVISNASC TTNCLAPLAK IINDKFGIVE GLMTTVHSLT ANQLTVDGPS KGGKDWRAGR CAGNNIIPAS TGAAKAVGKV IP ALNGKLT GMAIRVPTPD VSVVDLTCKL AKPASIEEIY QAVKEASNGP MKGIMGYTSD DVVSTDFIGC KYSSIFDKNA CIA LNDSFV KLISWYDNES GYSNRLVDLA VYVASRGL

UniProtKB: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

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分子 #2: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: NAD
分子量理論値: 663.425 Da
Chemical component information

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1400/HR + YPS FEG
撮影フィルム・検出器のモデル: DECTRIS SINGLA (1k x 1k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

13256

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19411
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3cps


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL
得られたモデル

PDB-8pvf:
Structure of GAPDH determined by cryoEM at 100 keV

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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